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万見
- PDB-7zy3: Room temperature structure of Archaerhodopsin-3 obtained 110 ns a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zy3
タイトルRoom temperature structure of Archaerhodopsin-3 obtained 110 ns after photoexcitation
要素Archaerhodopsin-3
キーワードPROTON TRANSPORT / Membrane protein / Proton tranport / Rhodopsin / Lipidic cubic phase / SFX
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion channel activity / photoreceptor activity / phototransduction / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
nonane / PALMITIC ACID / HEXADECANE / RETINAL / Archaerhodopsin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Halorubrum sodomense (古細菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kwan, T.O.C. / Judge, P.J. / Moraes, I. / Watts, A. / Axford, D. / Bada Juarez, J.F.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Other government
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N006011/1 英国
Wellcome Trust202892/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2023
タイトル: A versatile approach to high-density microcrystals in lipidic cubic phase for room-temperature serial crystallography.
著者: Birch, J. / Kwan, T.O.C. / Judge, P.J. / Axford, D. / Aller, P. / Butryn, A. / Reis, R.I. / Bada Juarez, J.F. / Vinals, J. / Owen, R.L. / Nango, E. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / ...著者: Birch, J. / Kwan, T.O.C. / Judge, P.J. / Axford, D. / Aller, P. / Butryn, A. / Reis, R.I. / Bada Juarez, J.F. / Vinals, J. / Owen, R.L. / Nango, E. / Tanaka, R. / Tono, K. / Joti, Y. / Tanaka, T. / Owada, S. / Sugahara, M. / Iwata, S. / Orville, A.M. / Watts, A. / Moraes, I.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Archaerhodopsin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,44812
ポリマ－27,1031
非ポリマー1,34611
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area10830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.200, 48.300, 104.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Archaerhodopsin-3 / AR 3


分子量: 27102.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The PCA residue needs to be in position 7 in the protein chain as the PCA is a modified glutamine residue, so Gln7 has become PCA.
由来: (天然) Halorubrum sodomense (古細菌) / Variant: RD-26 / 組織: MEMBRANE / 参照: UniProt: P96787

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非ポリマー , 9種, 74分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#4: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#5: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: Plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5
詳細: 33% v/v polyethylene glycol 600, 100 mM MES buffer pH 5.5, 150 mM NaCl and 150 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.23 Å
検出器タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月31日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.23 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→28.29 Å / Num. obs: 26515 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 101.5 % / Biso Wilson estimate: 32.3 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 3.79
反射 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / 冗長度: 65.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.59 / Num. unique obs: 1299 / R split: 1.82 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALS1.10.1データスケーリング
PHASERv3.24位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AUZ

1auz


解像度: 1.8→28.149 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1818 1080 4.82 %
Rwork0.1654 21317 -
obs0.1663 22397 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.25 Å2 / Biso mean: 37.1892 Å2 / Biso min: 16.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→28.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1793 0 279 66 2138
Biso mean--54.55 47.34 -
残基数----238
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.8-1.88190.29221400.26812602
1.8819-1.98110.31881100.24132635
1.9811-2.10520.24631290.18142647
2.1052-2.26770.18581750.14072585
2.2677-2.49570.15451160.13012667
2.4957-2.85660.16611400.12182654
2.8566-3.59780.17091260.14312704
3.5978-28.140.16911440.19442823

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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