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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zy1 | ||||||
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タイトル | I567A Mutant of Recombinant CODH-II | ||||||
要素 | Carbon monoxide dehydrogenase 2 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / CLUSTER C / 4FE-4S / CYTOPLASM / IRON / IRON-SULFUR / MEMBRANE / METAL-BINDING / NICKEL / DEHYDROGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / response to hydrogen peroxide / peroxidase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.434 Å | ||||||
データ登録者 | Basak, Y. / Jeoung, J.H. / Dobbek, H. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022 タイトル: Substrate Activation at the Ni,Fe Cluster of CO Dehydrogenases: The Influence of the Protein Matrix 著者: Basak, Y. / Jeoung, J.H. / Domnik, L. / Ruickoldt, J. / Dobbek, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zy1.cif.gz | 400.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zy1.ent.gz | 330.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zy1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zy1_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zy1_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zy1_validation.xml.gz | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zy1_validation.cif.gz | 51.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zy1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/7zy1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zx3C 7zx5C 7zx6C 7zxcC 7zxjC 7zxlC 7zxxC 3b51S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 X
#1: タンパク質 | 分子量: 66978.406 Da / 分子数: 1 / 変異: I567A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 (バクテリア) 株: ATCC BAA-161 / DSM 6008 / Z-2901 / 遺伝子: cooS2, cooSII, CHY_0085 / プラスミド: PLASMID / 詳細 (発現宿主): PET28A / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSSETTA DE3 参照: UniProt: Q9F8A8, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-非ポリマー , 5種, 820分子
#2: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
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#3: 化合物 | ChemComp-FES / |
#4: 化合物 | ChemComp-WCC / |
#5: 化合物 | ChemComp-FE2 / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.64 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, PEG 3350 10-18%, Ammonium sulphate 0.18M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91841 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.43→41.01 Å / Num. obs: 100997 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.69 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 11.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.43→1.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.541 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 9818 / CC1/2: 0.707 / Rrim(I) all: 0.633 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3B51 解像度: 1.434→34.24 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.84 Å2 / Biso mean: 23.0375 Å2 / Biso min: 5.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.434→34.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 99.7683 Å / Origin y: 12.4188 Å / Origin z: 81.1639 Å
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精密化 TLSグループ |
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