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- PDB-7zxv: Orange Carotenoid Protein Trp-288 BTA mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zxv
タイトルOrange Carotenoid Protein Trp-288 BTA mutant
要素Orange carotenoid-binding protein
キーワードPLANT PROTEIN / Orange Carotenoid Protein / photoconversion / non-canonical amino acids / 3-benzothienyl-L-alanine
機能・相同性
機能・相同性情報


light absorption / phycobilisome / chloride ion binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photoreceptor activity
類似検索 - 分子機能
Orange carotenoid-binding protein, N-terminal / Orange carotenoid-binding protein, N-terminal domain superfamily / Orange carotenoid protein, N-terminal / Orange carotenoid protein (OCP) N-terminal domain profile. / Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / NTF2-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta,beta-carotene-4,4'-dione / beta,beta-caroten-4-one / Orange carotenoid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Moldenhauer, M. / Tseng, H.-W. / Kraskov, A. / Tavraz, N.N. / Hildebrandt, P. / Hochberg, G. / Essen, L.-O. / Budisa, N. / Korf, L. / Maksimov, E.G. / Friedrich, T.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN764591European Union
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2023
タイトル: Parameterization of a single H-bond in Orange Carotenoid Protein by atomic mutation reveals principles of evolutionary design of complex chemical photosystems.
著者: Moldenhauer, M. / Tseng, H.W. / Kraskov, A. / Tavraz, N.N. / Yaroshevich, I.A. / Hildebrandt, P. / Sluchanko, N.N. / Hochberg, G.A. / Essen, L.O. / Budisa, N. / Korf, L. / Maksimov, E.G. / Friedrich, T.
履歴
登録2022年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orange carotenoid-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8534
ポリマ－34,7021
非ポリマー1,1513
水5,531307
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.195, 83.195, 88.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-714-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Orange carotenoid-binding protein / OCP


分子量: 34701.656 Da / 分子数: 1 / 変異: W288BTA / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: slr1963 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P74102
#2: 化合物 ChemComp-ECH / beta,beta-caroten-4-one / echinenone / (9′Z)-β-エキネノン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-45D / beta,beta-carotene-4,4'-dione / Isomer of Canthaxanthin / カンタキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH=7.0, 10 %(w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→72.05 Å / Num. obs: 32925 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 20.2 % / Biso Wilson estimate: 37.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 20.1 % / Rmerge(I) obs: 4.998 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 1940 / CC1/2: 0.477 / Rpim(I) all: 1.628 / Rrim(I) all: 5.574 / Χ2: 0.91 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5tuw

5tuw


解像度: 1.8→55.91 Å / SU ML: 0.2871 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.2344
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2223 1640 4.99 %
Rwork0.173 31224 -
obs0.1753 32864 98.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→55.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2400 0 84 307 2791
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07863565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0642390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.953976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.5271290.44762587X-RAY DIFFRACTION99.31
1.85-1.910.33271510.31912574X-RAY DIFFRACTION99.89
1.91-1.980.30011360.24762613X-RAY DIFFRACTION99.85
1.98-2.060.25871390.20332613X-RAY DIFFRACTION99.96
2.06-2.150.23391590.2092579X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.270.25011250.19642186X-RAY DIFFRACTION83.88
2.27-2.410.24531230.17732629X-RAY DIFFRACTION99.96
2.41-2.60.24561270.16342664X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.860.22891330.18952645X-RAY DIFFRACTION99.96
2.86-3.270.21681320.17942656X-RAY DIFFRACTION100
3.27-4.120.20691240.15962689X-RAY DIFFRACTION100
4.12-55.910.18941620.13892789X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6936473809-0.2045852032230.06881497922440.7797249544580.1594953622531.38834899188-0.103096794865-0.2490580891270.0858612883084-0.02046859202260.0446747173612-0.06256742765290.009382374752990.249761074693-3.09455341602E-50.2718290013830.03029269428660.01498499324710.322743242969-0.004850005337730.29273243324623.947702570410.5496491373-4.06104104105
21.04865318806-0.242977206042-0.1031986414920.222422044193-0.4049601801711.41095436872-0.238858121859-0.1750155823250.692271994088-0.09333796143340.004742333497330.413854588511-0.1785062028470.147794720345-0.01845424534090.3230719354650.0301533348592-0.0186235928620.359651590182-0.02871525374630.42381110592619.906467974116.0464862993-6.48005169902
32.65575066497-0.3235815948130.8694576252552.26948306336-0.3384446262552.48178404911-0.1560115626910.1928075057970.0841579122453-0.2038705419920.04294229394780.128664850094-0.1174880699320.114047769335-2.74573632419E-50.360718842321-0.0499023504797-0.04686502404510.2755760364870.02034449458420.27819204111211.55628224919.4338099312-24.4942849508
40.1394272066560.05143913322350.05924923781220.08919989438950.05021364261990.119974501361-0.25863808047-0.1585435941740.162155878196-0.0234838820032-0.0265027292167-0.0890439466869-0.314827646399-0.00669567184283-0.002597667832920.2602829670280.03612054512290.07627419674660.2827777753250.03991658487930.31746816607220.52334440711.481919534-12.8024960536
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 146 )A2 - 1461 - 145
22chain 'A' and (resid 147 through 169 )A147 - 169146 - 168
33chain 'A' and (resid 170 through 314 )A - C170 - 314169 - 313
44chain 'A' and (resid 401 through 402 )D - E401 - 402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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