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- PDB-7zxs: Crystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zxs
タイトルCrystal structure of DPP9 in complex with a 4-oxo-b-lactam based inhibitor, A295
要素(Dipeptidyl peptidase ...) x 2
キーワードHYDROLASE / DIPEPTIDYL PEPTIDASE / DPP9
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding ...dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / pyroptotic inflammatory response / cell leading edge / aminopeptidase activity / serine-type peptidase activity / microtubule / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family ...Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / : / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KBO / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Dipeptidyl peptidase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Ross, B. / Huber, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2022
タイトル: Chemoproteomics-Enabled Identification of 4-Oxo-beta-Lactams as Inhibitors of Dipeptidyl Peptidases 8 and 9.
著者: Carvalho, L.A.R. / Ross, B. / Fehr, L. / Bolgi, O. / Wohrle, S. / Lum, K.M. / Podlesainski, D. / Vieira, A.C. / Kiefersauer, R. / Felix, R. / Rodrigues, T. / Lucas, S.D. / Gross, O. / Geiss- ...著者: Carvalho, L.A.R. / Ross, B. / Fehr, L. / Bolgi, O. / Wohrle, S. / Lum, K.M. / Podlesainski, D. / Vieira, A.C. / Kiefersauer, R. / Felix, R. / Rodrigues, T. / Lucas, S.D. / Gross, O. / Geiss-Friedlander, R. / Cravatt, B.F. / Huber, R. / Kaiser, M. / Moreira, R.
履歴
登録2022年5月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 9
B: Dipeptidyl peptidase 9
C: Dipeptidyl peptidase 9
D: Dipeptidyl peptidase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,29952
ポリマ－389,6014
非ポリマー4,69848
水29,7791653
1
A: Dipeptidyl peptidase 9
C: Dipeptidyl peptidase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,89522
ポリマ－194,8172
非ポリマー2,07820
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dipeptidyl peptidase 9
D: Dipeptidyl peptidase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,40430
ポリマ－194,7852
非ポリマー2,61928
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.350, 106.176, 121.127
Angle α, β, γ (deg.)65.250, 70.430, 75.860
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA22 - 8653 - 846
21BB22 - 8653 - 846
12AA22 - 8653 - 846
22CC22 - 8653 - 846
13AA22 - 8653 - 846
23DD22 - 8653 - 846
14BB21 - 8652 - 846
24CC21 - 8652 - 846
15BB22 - 8643 - 845
25DD22 - 8643 - 845
16CC22 - 8653 - 846
26DD22 - 8653 - 846

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
Dipeptidyl peptidase ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 9 / DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / ...DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / Dipeptidyl peptidase-like protein 9 / DPLP9


分子量: 97408.328 Da / 分子数: 2 / 断片: extcolor{red}{>FRAGMENT<} / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV
#2: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 9 / DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / ...DP9 / Dipeptidyl peptidase IV-related protein 2 / DPRP-2 / Dipeptidyl peptidase IX / DPP IX / Dipeptidyl peptidase-like protein 9 / DPLP9


分子量: 97392.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP9, DPRP2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86TI2, dipeptidyl-peptidase IV

-
非ポリマー , 4種, 1701分子

#3: 化合物
ChemComp-KBO / 2-ethyl-2-methanoyl-~{N}-[3-[[4-(quinolin-8-ylmethyl)piperazin-1-yl]methyl]phenyl]butanamide


分子量: 458.595 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H34N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The crystal is grown in a condition containing PEG 2K MME buffered by Tris pH 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.807→106.9 Å / Num. obs: 220955 / % possible obs: 64.6 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.807→1.955 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 11048 / Rsym value: 0.459 / % possible all: 15.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
X-GENデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6EOR

6eor


解像度: 1.81→106.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.678 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2031 1707 0.8 %RANDOM
Rwork0.1752 ---
obs0.1754 219248 64.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 114.39 Å2 / Biso mean: 34.669 Å2 / Biso min: 16.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20.07 Å2-0.02 Å2
2---0.04 Å2-0.06 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→106.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数27210 0 281 1653 29144
Biso mean--47.4 39.52 -
残基数----3364
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01327958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.01725440
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3571.64937983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1911.57358559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.18853417
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.95522.1471439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.978154295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.17915147
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.23454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0231833
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.026645
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A97910.03
12B97910.03
21A97650.03
22C97650.03
31A96960.03
32D96960.03
41B98450.03
42C98450.03
51B97900.03
52D97900.03
61C98170.02
62D98170.02
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.854 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 10 -
Rwork0.284 1059 -
obs--4.22 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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