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- PDB-7zx2: Tubulin-Pelophen B complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zx2
タイトルTubulin-Pelophen B complex
要素
  • (Tubulin beta-2B ...) x 2
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
キーワードCELL CYCLE/INHIBITOR / Tubulin / Pelophen / Peloruside / Laulimalide / CELL CYCLE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / protein modification process / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / growth cone / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / cilium / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. ...Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Helix hairpin bin / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Helix Hairpins / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-K9I / Tubulin tyrosine ligase / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Estevez-Gallego, J. / Diaz, J.F. / Van der Eycken, J. / Oliva, M.A.
資金援助 スペイン, European Union, 2件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-104545RBI00/AEI/10.13039/501100011033 スペイン
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionH2020-MSCA-ITN-2019 860070 TUBINTRAINEuropean Union
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Chemical modulation of microtubule structure through the laulimalide/peloruside site.
著者: Estevez-Gallego, J. / Alvarez-Bernad, B. / Pera, B. / Wullschleger, C. / Raes, O. / Menche, D. / Martinez, J.C. / Lucena-Agell, D. / Prota, A.E. / Bonato, F. / Bargsten, K. / Cornelus, J. / ...著者: Estevez-Gallego, J. / Alvarez-Bernad, B. / Pera, B. / Wullschleger, C. / Raes, O. / Menche, D. / Martinez, J.C. / Lucena-Agell, D. / Prota, A.E. / Bonato, F. / Bargsten, K. / Cornelus, J. / Gimenez-Abian, J.F. / Northcote, P. / Steinmetz, M.O. / Kamimura, S. / Altmann, K.H. / Paterson, I. / Gago, F. / Van der Eycken, J. / Diaz, J.F. / Oliva, M.A.
履歴
登録2022年5月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta-2B chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta-2B chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin beta-2B chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)271,07830
ポリマ－266,9126
非ポリマー4,16624
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.709, 156.973, 181.043
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ACE

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Alpha-tubulin-1B / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P81947
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 22125.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Stathmin-4 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043

-
Tubulin beta-2B ... , 2種, 3分子 BDF

#2: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Beta-tubulin-2B / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q6B856
#4: タンパク質 Tubulin beta-2B chain


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Tubulin tyrosin ligase / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 11種, 164分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 化合物 ChemComp-K9I / (3R,4S,7S,9S,11S)-3,4,11-trihydroxy-7-((R,Z)-4-(hydroxymethyl)hex-2-en-2-yl)-9-methoxy-12,12-dimethyl-6-oxa-1(1,3)-benzenacyclododecaphan-5-one


分子量: 464.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H40O7
#13: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#14: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Mes, imidazole, calcium chloride, magnesium chloride, L-tyrosine, glycerol, PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.66 Å / Num. obs: 103744 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 54.32 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 841601 / Scaling rejects: 79
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.548.31.0384222150730.6970.3841.1082100
13.69-49.666.70.07148427280.9940.030.0773498.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.16 Å49.61 Å
Translation8.16 Å49.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4O2B

4o2b


解像度: 2.5→49.66 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 5204 5.02 %
Rwork0.1971 98449 -
obs0.199 103653 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 166.92 Å2 / Biso mean: 67.1093 Å2 / Biso min: 26.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→49.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16666 0 256 140 17062
Biso mean--59.43 47.68 -
残基数----2105
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5-2.530.36091610.313332273388
2.53-2.560.33481730.286132333406
2.56-2.590.32371660.26932853451
2.59-2.620.27211750.264232383413
2.62-2.660.29161800.256132363416
2.66-2.690.30241690.26132653434
2.69-2.730.29741750.254432043379
2.73-2.770.32271690.251632793448
2.77-2.820.28861850.256632603445
2.82-2.860.30981530.259132433396
2.86-2.910.29021650.272232763441
2.91-2.960.33781890.283932083397
2.96-3.020.31321620.260332793441
3.02-3.080.29811730.249432753448
3.08-3.150.26361780.229132563434
3.15-3.220.27581830.234132203403
3.22-3.30.21951620.224432843446
3.3-3.390.28551660.222932823448
3.39-3.490.2531910.213532933484
3.49-3.610.2531770.216732353412
3.61-3.730.21111750.191833103485
3.73-3.880.20261920.176332283420
3.88-4.060.24871880.171332813469
4.06-4.270.20011500.162833163466
4.27-4.540.1941870.149833183505
4.54-4.890.18231620.14133063468
4.89-5.380.2011550.160933523507
5.38-6.160.22561810.17933533534
6.16-7.760.20031860.177233623548
7.76-49.660.1891760.173135453721
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3941-0.3221-0.22990.18530.15580.36850.02630.1265-0.0764-0.34920.14730.027-0.34630.27520.03060.6421-0.09090.09690.386-0.09740.377528.581898.577754.912
20.06540.0331-0.01210.0905-0.09360.0782-0.2784-0.0849-0.1893-0.580.190.0285-0.54780.0515-00.7828-0.13990.07970.4751-0.08850.415327.258489.304243.8378
30.974-0.36440.64550.2368-0.0430.80750.09110.44-0.2499-0.31490.3806-0.1409-0.0860.74580.30730.326-0.20270.18890.5933-0.21850.472337.735680.500846.1307
4-0.0171-0.1175-0.15390.42760.05110.63780.11130.0296-0.01610.15230.1245-0.03170.03590.17490.00330.4011-0.01420.00990.4855-0.18810.495432.862176.900857.6837
50.36530.16550.41891.07010.63721.03950.10910.05450.01180.2694-0.09880.0941-0.0626-0.0555-0.00030.40160.0160.05860.3116-0.09260.350817.998384.173566.521
60.79650.46730.46541.05380.10650.18730.1067-0.08960.06380.2273-0.14410.19530.0079-0.045800.63950.00410.04260.4386-0.12720.427617.490987.887676.6893
7-0.08530.20250.00140.846-0.0480.47190.0780.1957-0.13490.53450.1419-0.07440.48730.22110.00680.49060.1057-0.07530.4211-0.12620.418329.507961.842861.9782
80.9981-0.0947-0.21730.2925-0.07780.63210.02860.24840.1043-0.24130.00390.0653-0.2503-0.045700.45520.05020.02440.387-0.01340.413117.235867.887818.1867
90.3249-0.2223-0.14980.96911.21011.4167-0.01270.055-0.0703-0.0168-0.002-0.0241-0.05490.0219-0.00710.2484-0.0120.02130.3558-0.07470.361520.259953.654124.5203
100.4128-0.22010.05750.75070.58380.6998-0.043-0.05410.0710.1101-0.19630.03120.053-0.2348-0.03140.36930.01040.05230.4582-0.15750.43088.713461.278942.1381
11-0.22270.19930.20870.61950.38250.9172-0.04920.1208-0.04790.31610.00080.03070.34820.018700.38120.0176-0.01590.3489-0.0340.376821.318540.088232.3853
120.783-0.00750.27530.90990.25590.5309-0.03820.0878-0.0066-0.05940.0505-0.0276-0.03580.0654-00.3082-0.04110.01910.3657-0.02970.344318.279131.4187-11.3012
130.478-0.35120.00920.84310.69620.7999-0.00390.01240.08420.0726-0.0590.0050.1172-0.127100.3061-0.0430.02760.3258-0.03870.3558.379126.42964.156
140.07960.0966-0.1350.0779-0.01640.1043-0.32020.30070.0702-0.15170.3819-0.01090.0644-0.32760.00010.6184-0.15970.03610.8671-0.14080.449817.83814.901-40.4819
150.15550.0126-0.09910.13340.05470.0505-0.37690.41510.1136-0.15480.1974-0.1257-0.01590.06760.00020.6164-0.0551-0.02350.79860.04090.48713.9317.6443-42.5049
160.55930.0957-0.05440.4952-0.41050.5314-0.2270.4899-0.0031-0.29830.271-0.24050.06940.1578-0.05460.6267-0.09660.13180.7963-0.2570.492529.49560.8412-42.7684
170.5945-0.2845-0.17460.0916-0.04280.3437-0.30160.3663-0.1408-0.26560.3466-0.16140.32830.0759-0.01840.6598-0.11180.09060.5473-0.24030.538321.8671-8.7355-32.1337
180.1106-0.0427-0.4690.29530.09340.4355-0.08970.24250.0346-0.16160.1348-0.12290.1001-0.2235-0.00190.489-0.12090.01240.5659-0.10590.411813.16410.3953-29.9609
190.39-0.1677-0.0650.5474-0.0821.3502-0.19630.256-0.0662-0.04160.1416-0.01040.2928-0.31730.00250.5014-0.11750.03360.5161-0.14290.45768.0767-3.7552-21.9403
200.368-0.12150.14150.2585-0.15290.0347-0.00760.0503-0.38860.1706-0.0388-0.08260.34830.08770.00940.8210.06380.050.5781-0.24210.654630.4219-16.4921-24.1427
210.9005-0.0341-0.08130.0239-0.00320.01260.00430.53920.4380.35870.1332-0.1193-0.01520.07070.01570.6892-0.09510.01240.4115-0.12880.616424.686598.995582.1465
220.15180.14650.12780.07220.1330.0701-0.14640.1469-0.45010.63190.061-0.4848-0.12840.2967-0.00011.34810.0358-0.09340.8576-0.1290.671631.841882.271882.1935
230.206-0.4198-0.4430.10020.3459-0.0707-0.142-0.07470.04340.28240.11170.04320.48350.3367-0.09560.43510.02750.02880.5808-0.24310.506642.844129.40655.9317
242.2055-0.6076-0.32570.65740.03850.67640.18540.511-0.05070.6405-0.2488-0.05520.9198-0.5624-0.13371.1639-0.31390.1440.4737-0.19110.52046.323954.233569.9883
250.12010.1003-0.10960.0778-0.14190.1385-0.6854-0.4984-0.2337-0.1690.11960.0682-0.43410.872200.96240.0279-0.00570.96170.1120.730313.597663.172199.5685
260.19250.3381-0.39640.2401-0.21420.6132-0.32790.3442-0.46150.0182-0.0235-0.0170.2043-0.0775-0.1171.08070.03920.21030.62080.20550.8776-2.753450.5865101.2518
270.9333-0.1768-0.5567-0.0935-0.12140.4148-0.12070.0447-0.22280.180.53810.10060.1709-0.04950.00011.0382-0.09410.17040.652-0.01020.6851-0.926359.660987.7705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 64 )A1 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 88 )A65 - 88
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 128 )A89 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 129 through 197 )A129 - 197
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 198 through 306 )A198 - 306
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 307 through 381 )A307 - 381
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 382 through 437 )A382 - 437
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 102 )B1 - 102
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 103 through 238 )B103 - 238
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 239 through 372 )B239 - 372
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 373 through 438 )B373 - 438
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 1 through 223 )C1 - 223
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 224 through 440 )C224 - 440
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 27 )D1 - 27
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 28 through 64 )D28 - 64
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 65 through 160 )D65 - 160
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 161 through 214 )D161 - 214
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 215 through 266 )D215 - 266
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 267 through 401 )D267 - 401
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 402 through 441 )D402 - 441
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 6 through 20 )E6 - 20
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 21 through 46 )E21 - 46
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 47 through 140 )E47 - 140
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 1 through 66 )F1 - 66
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 67 through 147 )F67 - 147
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 148 through 283 )F148 - 283
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 284 through 380 )F284 - 380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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