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- PDB-7zw9: Crystal structure of a gamma-carbonic anhydrase from the pathogen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zw9
タイトルCrystal structure of a gamma-carbonic anhydrase from the pathogenic bacterium Burkholderia pseudomallei
要素Bacterial transferase hexapeptide family protein
キーワードLYASE / Bacterial target
機能・相同性: / : / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / transferase activity / BETA-MERCAPTOETHANOL / Bacterial transferase hexapeptide family protein
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Di Fiore, A. / De Simone, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2022
タイトル: Biochemical, structural, and computational studies of a gamma-carbonic anhydrase from the pathogenic bacterium Burkholderia pseudomallei.
著者: Di Fiore, A. / De Luca, V. / Langella, E. / Nocentini, A. / Buonanno, M. / Maria Monti, S. / Supuran, C.T. / Capasso, C. / De Simone, G.
履歴
登録2022年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterial transferase hexapeptide family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6213
ポリマ－22,4781
非ポリマー1442
水1,09961
1
A: Bacterial transferase hexapeptide family protein
ヘテロ分子

A: Bacterial transferase hexapeptide family protein
ヘテロ分子

A: Bacterial transferase hexapeptide family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8639
ポリマ－67,4333
非ポリマー4316
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area18260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.130, 90.130, 48.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-304-

HOH

21A-359-

HOH

31A-361-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bacterial transferase hexapeptide family protein / Gamma carbonic anhydrase family protein / Hexapeptide repeat-containing transferase


分子量: 22477.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
遺伝子: yrdA, BOC38_15155, CXQ84_07800, DF122_29500, DP49_2200, ERS012318_04959, SAMEA1968934_03882, X994_171
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069B6L3
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.15 M DL-malic acid pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 13267 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 127556
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.145.50.636580.8540.2920.6960.948100
2.14-2.186.30.6366440.8810.2750.6941.002100
2.18-2.226.80.4746640.9510.1960.5141.01100
2.22-2.267.40.4556520.9510.1810.490.959100
2.26-2.3180.4266770.9590.160.4560.991100
2.31-2.378.50.4076480.9650.1490.4341100
2.37-2.429.10.3686570.9860.1290.390.997100
2.42-2.499.70.3736620.990.1260.3940.995100
2.49-2.5610.80.3156540.9890.10.3310.996100
2.56-2.6510.90.2966600.9950.0940.3111.002100
2.65-2.7410.90.2636600.9920.0830.2761.032100
2.74-2.85110.2336670.9920.0740.2451.065100
2.85-2.98110.1746450.9960.0550.1831.048100
2.98-3.14110.1236680.9990.0390.1291.007100
3.14-3.33110.1076700.9990.0340.1121.021100
3.33-3.59110.0856590.9990.0270.0891.01100
3.59-3.95110.0716710.9990.0230.0741.089100
3.95-4.5210.90.0616750.9990.020.0641.025100
4.52-5.710.90.04967710.0160.0521.012100
5.7-5010.30.04669910.0160.0481.01799.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N27

4n27


解像度: 2.1→30.4 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 1005 7.6 %
Rwork0.1967 11556 -
obs-12561 94.6 %
溶媒の処理Bsol: 59.3305 Å2
原子変位パラメータBiso max: 55 Å2 / Biso mean: 22.6268 Å2 / Biso min: 7.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.218 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.218 Å2-0 Å2
3---4.435 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→30.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 5 61 1345
Biso mean--29.55 29.71 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.534
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2341.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3772
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8172
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3172.5
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.180.2903880.26391023111185.1
2.18-2.260.2853960.21271078117490
2.26-2.370.23841020.20821153125593.7
2.37-2.490.2352900.20091128121893
2.49-2.650.2398940.19981158125294.9
2.65-2.850.29061090.21241163127295.2
2.85-3.140.2097950.19761180127597.6
3.14-3.590.2216990.19721216131598.6
3.59-4.520.2068940.17041232132698.6
4.52-30.40.20971380.18781225136399.1
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION6bme_mod.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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