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万見
- PDB-7zw4: Crystal structure of Talin R7R8 domains with Caskin-2 LD-peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zw4
タイトルCrystal structure of Talin R7R8 domains with Caskin-2 LD-peptide
要素
  • Caskin-2
  • Talin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / TALIN / CASKIN-2 / FOCAL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / Smooth Muscle Contraction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Platelet degranulation / vinculin binding / integrin activation ...GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / Smooth Muscle Contraction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / LIM domain binding / Platelet degranulation / vinculin binding / integrin activation / cell-substrate junction assembly / cortical actin cytoskeleton organization / phosphatidylserine binding / ruffle / phosphatidylinositol binding / integrin-mediated signaling pathway / adherens junction / structural constituent of cytoskeleton / cell-cell adhesion / ruffle membrane / actin filament binding / integrin binding / cytoskeleton / focal adhesion / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caskin2, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / : ...Caskin2, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / : / Talin, R4 domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, N-terminal F0 domain / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Talin-1 / Caskin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Celie, P.H.N. / Joosten, R.P. / Sonnenberg, A. / Perrakis, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Cell.Sci. / 年: 2024
タイトル: Caskin2 is a novel talin- and Abi1-binding protein that promotes cell motility.
著者: Wang, W. / Atherton, P. / Kreft, M. / Te Molder, L. / van der Poel, S. / Hoekman, L. / Celie, P. / Joosten, R.P. / Fassler, R. / Perrakis, A. / Sonnenberg, A.
履歴
登録2022年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年6月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Talin-1
B: Caskin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6132
ポリマ－34,6132
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.656, 61.348, 98.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Talin-1


分子量: 31830.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BI21(DE3) / 参照: UniProt: P26039
#2: タンパク質・ペプチド Caskin-2 / CASK-interacting protein 2


分子量: 2782.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WXE0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M bis-Tris propane pH 7.0, 0.1 M NaBr and 24% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→49.09 Å / Num. obs: 8032 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.72→2.85 Å / 冗長度: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 2.599 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1021 / CC1/2: 0.605 / Rpim(I) all: 0.722 / Rrim(I) all: 2.7 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5fzt

5fzt


解像度: 2.72→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 46.926 / SU ML: 0.392 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2694 424 5.3 %RANDOM
Rwork0.24226 ---
obs0.24381 7580 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.632 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.54 Å20 Å2
3---3.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2382 0 0 0 2382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0182412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8071.8773271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9422.7465331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.045321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.10523.826115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.99115408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.6341514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0440.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3655.9451290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3655.9431289
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3038.9121609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3028.9151610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4676.1991122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.4696.1931119
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.4919.2061661
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.06310235
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.06310235
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.789 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 30 -
Rwork0.334 536 -
obs--98.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.15192.9885-1.90764.1868-0.65682.94760.11840.07570.21870.0548-0.09230.2464-0.0169-0.0536-0.0260.3450.113-0.02220.0427-0.01330.0177.31913.216.671
28.88185.081-0.148.46061.38183.64030.04140.49670.1817-0.4440.18770.17490.0348-0.0856-0.2290.56030.0904-0.02480.26230.12570.082612.1951.513-24.807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1361 - 1457
2X-RAY DIFFRACTION1A1585 - 1658
3X-RAY DIFFRACTION2A1458 - 1584
4X-RAY DIFFRACTION2B1177 - 1201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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