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- PDB-7zw0: FAP-80S Complex - Rotated state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zw0
タイトルFAP-80S Complex - Rotated state
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 30
  • (60S ribosomal protein ...) x 42
  • 18S ribosomal RNA (RDN18-1)
  • 25S ribosomal RNA (RDN25-1)
  • 5.8S ribosomal RNA (RDN58-1)
  • 5S ribosomal RNA (RDN5-1)
  • FAP1 isoform 1
  • FK506-binding protein 1
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
  • RPS15 isoform 1
  • RPS29A isoform 1
  • Uncharacterized protein YIL161W
  • mRNA
  • tRNA
キーワードRIBOSOME / NRD / Ubiquitination / E3 ligase / Quality Control System
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of homoserine biosynthetic process / Calcineurin activates NFAT / negative regulation of homoserine biosynthetic process / : / macrolide binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity ...regulation of homoserine biosynthetic process / Calcineurin activates NFAT / negative regulation of homoserine biosynthetic process / : / macrolide binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of amino acid metabolic process / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of translational fidelity / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / pre-mRNA 5'-splice site binding / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / nonfunctional rRNA decay / response to cycloheximide / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA destabilization / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of translational frameshifting / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Formation of a pool of free 40S subunits / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational elongation / ribosomal large subunit export from nucleus / G-protein alpha-subunit binding / 90S preribosome / positive regulation of protein kinase activity / Ub-specific processing proteases / ribosomal subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translational termination / maturation of LSU-rRNA / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / rescue of stalled ribosome / protein folding chaperone / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ribosomal large subunit biogenesis / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P3 isomerase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat P6 isomerase activity / maturation of SSU-rRNA / peptidylprolyl isomerase / translational initiation / small-subunit processome / macroautophagy / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / protein folding / ribosome biogenesis / chromatin organization / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / G protein-coupled receptor signaling pathway / translation / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
FKBP12-associated protein 1, R3H domain / Transcription factor NFX1 family / NF-X1 type zinc finger / Zinc finger, NF-X1-type / ZnF_NFX / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. ...FKBP12-associated protein 1, R3H domain / Transcription factor NFX1 family / NF-X1 type zinc finger / Zinc finger, NF-X1-type / ZnF_NFX / Putative single-stranded nucleic acids-binding domain / R3H domain / R3H domain / R3H domain superfamily / R3H domain profile. / : / : / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein L1 signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / : / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L24e, conserved site / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Ribosomal protein L24e signature. / : / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L30e signature 1. / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
SPERMIDINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / FAP1 isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A ...SPERMIDINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / FAP1 isoform 1 / Small ribosomal subunit protein uS4A / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein eS17A / Large ribosomal subunit protein eL24A / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein eL6B / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL29 / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS11A / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein eL42A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4B / Small ribosomal subunit protein eS6B / Small ribosomal subunit protein eS8A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Small ribosomal subunit protein eS32A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / FK506-binding protein 1 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Large ribosomal subunit protein eL14A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL32 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS26A / Uncharacterized protein YIL161W / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein eS12 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein eL21A / Small ribosomal subunit protein eS10A / Large ribosomal subunit protein eL13A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ikeuchi, K. / Buschauer, R. / Berninghausen, O. / Becker, T. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)BE 1814/15-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)RTG1721 ドイツ
European Research Council (ERC)885711European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Sensing of individual stalled 80S ribosomes by Fap1 for nonfunctional rRNA turnover.
著者: Sihan Li / Ken Ikeuchi / Misaki Kato / Robert Buschauer / Takato Sugiyama / Shungo Adachi / Hideo Kusano / Tohru Natsume / Otto Berninghausen / Yoshitaka Matsuo / Thomas Becker / Roland ...著者: Sihan Li / Ken Ikeuchi / Misaki Kato / Robert Buschauer / Takato Sugiyama / Shungo Adachi / Hideo Kusano / Tohru Natsume / Otto Berninghausen / Yoshitaka Matsuo / Thomas Becker / Roland Beckmann / Toshifumi Inada /
要旨: Cells can respond to stalled ribosomes by sensing ribosome collisions and employing quality control pathways. How ribosome stalling is resolved without collisions, however, has remained elusive. ...Cells can respond to stalled ribosomes by sensing ribosome collisions and employing quality control pathways. How ribosome stalling is resolved without collisions, however, has remained elusive. Here, focusing on noncolliding stalling exhibited by decoding-defective ribosomes, we identified Fap1 as a stalling sensor triggering 18S nonfunctional rRNA decay via polyubiquitination of uS3. Ribosome profiling revealed an enrichment of Fap1 at the translation initiation site but also an association with elongating individual ribosomes. Cryo-EM structures of Fap1-bound ribosomes elucidated Fap1 probing the mRNA simultaneously at both the entry and exit channels suggesting an mRNA stasis sensing activity, and Fap1 sterically hinders the formation of canonical collided di-ribosomes. Our findings indicate that individual stalled ribosomes are the potential signal for ribosome dysfunction, leading to accelerated turnover of the ribosome itself.
履歴
登録2022年5月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
LA: 25S ribosomal RNA (RDN25-1)
LB: 60S ribosomal protein L1-A
2: 18S ribosomal RNA (RDN18-1)
sP: 40S ribosomal protein S0-A
sQ: 40S ribosomal protein S1-A
sE: RPS15 isoform 1
sR: 40S ribosomal protein S2
sA: 40S ribosomal protein S3
sS: 40S ribosomal protein S4-B
sB: 40S ribosomal protein S5
sT: 40S ribosomal protein S6-B
sU: 40S ribosomal protein S7-A
sV: 40S ribosomal protein S8-A
sW: 40S ribosomal protein S9-A
sC: 40S ribosomal protein S10-A
sX: 40S ribosomal protein S11-A
sD: 40S ribosomal protein S12
sY: 40S ribosomal protein S13
sZ: 40S ribosomal protein S14-A
sF: 40S ribosomal protein S16-A
sG: 40S ribosomal protein S17-A
sH: 40S ribosomal protein S18-A
sI: 40S ribosomal protein S19-A
sJ: 40S ribosomal protein S20
sa: 40S ribosomal protein S21-A
sb: 40S ribosomal protein S22-A
sc: 40S ribosomal protein S23-A
sd: 40S ribosomal protein S24-A
sK: 40S ribosomal protein S25-A
se: 40S ribosomal protein S26-A
sf: 40S ribosomal protein S27-A
sM: RPS29A isoform 1
sg: 40S ribosomal protein S30-A
sN: 40S ribosomal protein S31
sO: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
sL: 40S ribosomal protein S28-A
sj: Uncharacterized protein YIL161W
sk: FK506-binding protein 1
sm: mRNA
sl: tRNA
sn: tRNA
LC: 5S ribosomal RNA (RDN5-1)
LD: 5.8S ribosomal RNA (RDN58-1)
LE: 60S ribosomal protein L2-A
LF: 60S ribosomal protein L3
LG: 60S ribosomal protein L4-A
LH: 60S ribosomal protein L5
LI: 60S ribosomal protein L6-B
LJ: 60S ribosomal protein L7-A
LK: 60S ribosomal protein L8-A
LL: 60S ribosomal protein L9-A
LM: 60S ribosomal protein L10
LN: 60S ribosomal protein L11-A
LO: 60S ribosomal protein L13-A
LP: 60S ribosomal protein L14-A
LQ: 60S ribosomal protein L15-A
LR: 60S ribosomal protein L16-A
LS: 60S ribosomal protein L17-A
LT: 60S ribosomal protein L18-A
LU: 60S ribosomal protein L19-A
LV: 60S ribosomal protein L20-A
LW: 60S ribosomal protein L21-A
LX: 60S ribosomal protein L22-A
LY: 60S ribosomal protein L23-A
LZ: 60S ribosomal protein L24-A
La: 60S ribosomal protein L25
Lb: 60S ribosomal protein L26-A
Lc: 60S ribosomal protein L27-A
Ld: 60S ribosomal protein L28
Le: 60S ribosomal protein L29
Lf: 60S ribosomal protein L30
Lg: 60S ribosomal protein L31-A
Lh: 60S ribosomal protein L32
Li: 60S ribosomal protein L33-A
Lj: 60S ribosomal protein L34-A
Lk: 60S ribosomal protein L35-A
Ll: 60S ribosomal protein L36-A
Lm: 60S ribosomal protein L37-A
Ln: 60S ribosomal protein L38
Lo: 60S ribosomal protein L39
Lp: 60S ribosomal protein L40-A
Lq: 60S ribosomal protein L41-A
Lr: 60S ribosomal protein L42-A
Ls: 60S ribosomal protein L43-A
Lt: 60S ribosomal protein L41-A
sh: FAP1 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,333,332445
ポリマ－3,323,08886
非ポリマー10,244359
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 LA2smslsnLCLD

#1: RNA鎖 25S ribosomal RNA (RDN25-1)


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
#3: RNA鎖 18S ribosomal RNA (RDN18-1)


分子量: 579761.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
#39: RNA鎖 mRNA


分子量: 9439.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
#40: RNA鎖 tRNA


分子量: 24502.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
#41: RNA鎖 5S ribosomal RNA (RDN5-1)


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
#42: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA (RDN58-1)


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 43分子 LBLELFLGLHLILJLKLLLMLNLOLPLQLRLSLTLULVLWLXLYLZLaLbLcLdLeLfLg...

#2: タンパク質 60S ribosomal protein L1-A / L10a / Large ribosomal subunit protein uL1-A


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX43
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L2-A


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX45
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin ...Large ribosomal subunit protein uL3 / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14126
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L4-A / L2 / Large ribosomal subunit protein uL4-A / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P10664
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P26321
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L6-B / L17 / Large ribosomal subunit protein eL6-B / RP18 / YL16


分子量: 20024.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05739
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L7-A / L6 / Large ribosomal subunit protein uL30-A / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05737
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L8-A / L4 / L4-2 / L7a-1 / Large ribosomal subunit protein eL8-A / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P17076
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L9-A / L8 / Large ribosomal subunit protein uL6-A / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05738
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI- ...L9 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex subunit VI-requiring protein


分子量: 25410.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P41805
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L11-A / L16 / Large ribosomal subunit protein uL5-A / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0W9
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L13-A / Large ribosomal subunit protein eL13-A


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12690
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L14-A / Large ribosomal subunit protein eL14-A


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P36105
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L15-A / L13 / Large ribosomal subunit protein eL15-A / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05748
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L16-A / L13a / L21 / Large ribosomal subunit protein uL13-A / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26784
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L17-A / L20A / Large ribosomal subunit protein uL22-A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05740
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L18-A / Large ribosomal subunit protein eL18-A / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX49
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L19-A / L23 / Large ribosomal subunit protein eL19-A / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX82
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L20-A / L18a / Large ribosomal subunit protein eL20-A


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX23
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L21-A / Large ribosomal subunit protein eL21-A


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02753
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L22-A / L1c / Large ribosomal subunit protein eL22-A / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05749
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L23-A / L17a / Large ribosomal subunit protein uL14-A / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX41
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L24-A / L30 / Large ribosomal subunit protein eL24-A / RP29 / YL21


分子量: 17661.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04449
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / Large ribosomal subunit protein uL23 / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04456
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L26-A / L33 / Large ribosomal subunit protein uL24-A / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05743
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L27-A / Large ribosomal subunit protein eL27-A


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H6
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / L27a / L29 / Large ribosomal subunit protein uL15 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02406
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL29 / YL43


分子量: 6691.884 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05747
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / L32 / Large ribosomal subunit protein eL30 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P14120
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L31-A / L34 / Large ribosomal subunit protein eL31-A / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C2H8
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL32


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38061
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L33-A / L37 / Large ribosomal subunit protein eL33-A / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05744
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L34-A / Large ribosomal subunit protein eL34-A


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P87262
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L35-A / Large ribosomal subunit protein uL29-A


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX84
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L36-A / L39 / Large ribosomal subunit protein eL36-A / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05745
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L37-A / L43 / Large ribosomal subunit protein eL37-A / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49166
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L38 / Large ribosomal subunit protein eL38


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P49167
#79: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / L46 / Large ribosomal subunit protein eL39 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P04650
#80: タンパク質 60S ribosomal protein L40-A / CEP52 / Large ribosomal subunit protein eL40-A


分子量: 6032.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CH08
#81: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX86
#82: タンパク質 60S ribosomal protein L42-A / L41 / Large ribosomal subunit protein eL42-A / YL27 / YP44


分子量: 12246.658 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX27
#83: タンパク質 60S ribosomal protein L43-A / L37a / Large ribosomal subunit protein eL43-A / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX25

+
40S ribosomal protein ... , 30種, 30分子 sPsQsRsAsSsBsTsUsVsWsCsXsDsYsZsFsGsHsIsJsasbscsdsKsesfsgsNsL

#4: タンパク質 40S ribosomal protein S0-A / Nucleic acid-binding protein NAB1A / Small ribosomal subunit protein uS2-A


分子量: 28051.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32905
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S1-A / RP10A / Small ribosomal subunit protein eS1-A


分子量: 28798.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33442
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / Omnipotent suppressor protein SUP44 / RP12 / S4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / YS5


分子量: 27490.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25443
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / RP13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / YS3


分子量: 26542.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05750
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S4-B / RP5 / S7 / Small ribosomal subunit protein eS4-B / YS6


分子量: 29469.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX36
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / RP14 / S2 / Small ribosomal subunit protein uS7 / YS8


分子量: 25072.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26783
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S6-B / RP9 / S10 / Small ribosomal subunit protein eS6-B / YS4


分子量: 27054.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX38
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S7-A / RP30 / RP40 / Small ribosomal subunit protein eS7-A


分子量: 21658.209 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P26786
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S8-A


分子量: 22537.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX39
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S9-A


分子量: 22487.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: O13516
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S10-A / Small ribosomal subunit protein eS10-A


分子量: 12757.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08745
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S11-A


分子量: 17785.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0CX47
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 15488.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P48589
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / S27a / Small ribosomal subunit protein uS15 / YS15


分子量: 17059.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05756
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S14-A


分子量: 14562.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P06367
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S16-A / RP61R / Small ribosomal subunit protein uS9-A


分子量: 15877.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX51
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S17-A / RP51A / Small ribosomal subunit protein eS17-A


分子量: 15820.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P02407
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S18-A / Small ribosomal subunit protein uS13-A


分子量: 17071.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX55
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S19-A / RP55A / S16a / Small ribosomal subunit protein eS19-A / YP45 / YS16A


分子量: 15942.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P07280
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13929.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38701
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S21-A / S26 / Small ribosomal subunit protein eS21-A / YS25


分子量: 9758.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0C0V8
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S22-A


分子量: 14650.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P0C0W1
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S23-A / RP37 / S28 / Small ribosomal subunit protein uS12-A / YS14


分子量: 16073.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX29
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S24-A / RP50 / Small ribosomal subunit protein eS24-A


分子量: 15362.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX31
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S25-A / RP45 / S31 / Small ribosomal subunit protein eS25-A / YS23


分子量: 12067.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E792
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S26-A / Small ribosomal subunit protein eS26-A


分子量: 13538.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P39938
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S27-A / RP61 / Small ribosomal subunit protein eS27-A / YS20


分子量: 8893.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P35997
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S30-A / Small ribosomal subunit protein eS30-A


分子量: 7137.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P0CX33
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S31 / CEP76 / S37 / Small ribosomal subunit protein eS31 / YS24


分子量: 8703.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P05759
#36: タンパク質 40S ribosomal protein S28-A / S33 / Small ribosomal subunit protein eS28-A / YS27


分子量: 7605.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q3E7X9

-
タンパク質 , 6種, 6分子 sEsMsOsjsksh

#6: タンパク質 RPS15 isoform 1


分子量: 16031.907 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: Q01855
#32: タンパク質 RPS29A isoform 1


分子量: 6675.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: P41057
#35: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ...Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1 / RACK1 / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 34841.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38011
#37: タンパク質 Uncharacterized protein YIL161W


分子量: 27164.072 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40449
#38: タンパク質 FK506-binding protein 1 / FKBP / 12-kDa cytosolic FK506-binding protein / FKBP-12 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / ...FKBP / 12-kDa cytosolic FK506-binding protein / FKBP-12 / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase / Rapamycin-binding protein


分子量: 12169.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P20081, peptidylprolyl isomerase
#84: タンパク質 FAP1 isoform 1


分子量: 108662.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
参照: UniProt: A0A8H4BXZ5

-
非ポリマー , 3種, 359分子

#85: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 324 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#86: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#87: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Fap1-Yil161w-Fpr1-bound yeast 80S ribosome in rotated state
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#84 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 43.4 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 114964 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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