PDB-7zvs: Crystal structure of the Schistosoma mansoni VKR2 kinase domain i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zvs

タイトル

Crystal structure of the Schistosoma mansoni VKR2 kinase domain in an active-like state (ADP-bound)

要素

Venus kinase receptor 2

キーワード

TRANSFERASE / kinase / active-like state

機能・相同性

機能・相同性情報

guanylate cyclase activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / receptor complex / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.07 Å

データ登録者

Beis, K. / Mathavan, I.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2022
タイトル: Identification of Inhibitors of the Schistosoma mansoni VKR2 Kinase Domain.
著者: Mathavan, I. / Liu, L.J. / Robinson, S.W. / El-Sakkary, N. / Elatico, A.J.J. / Gomez, D. / Nellas, R. / Owens, R.J. / Zuercher, W. / Navratilova, I. / Caffrey, C.R. / Beis, K.

履歴

登録	2022年5月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2022年11月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zvs.cif.gz	374.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zvs.ent.gz	306.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zvs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zvs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zvs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oj9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (2) #199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Venus kinase receptor 2

B: Venus kinase receptor 2

C: Venus kinase receptor 2

ヘテロ分子

117 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Venus kinase receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer in the absence of nucleotides but dimer upon nucleotide binding
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Venus kinase receptor 2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Monomer in the absence of nucleotides but dimer upon nucleotide binding
39.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Venus kinase receptor 2

登録者が定義した集合体
38.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	206.258, 97.239, 72.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Venus kinase receptor 2 分子量: 38805.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: D5JEH1
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.8 M succinic acid, pH 7.0, 100mM KCl and 50mM NaF

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.06→102.24 Å / Num. obs: 16396 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 2.4
反射シェル	解像度: 3.06→3.29 Å / R_merge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 821 / CC_1/2: 0.42

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.18.2_3874: ???)	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OJ9

2oj9

解像度: 3.07→55.81 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2516	825	5.04 %
R_work	0.2173	-	-
obs	0.2192	16385	60.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.07→55.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7132	0	54	0	7186

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	7342
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.819	9956
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.818	988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1122
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.07-3.26	0.431	30	0.3467	591	X-RAY DIFFRACTION	14
3.26-3.51	0.3902	81	0.3108	1591	X-RAY DIFFRACTION	38
3.51-3.86	0.3278	116	0.2643	2324	X-RAY DIFFRACTION	54
3.86-4.42	0.248	147	0.2227	3042	X-RAY DIFFRACTION	71
4.42-5.57	0.2247	217	0.2116	3885	X-RAY DIFFRACTION	91
5.57-55.81	0.2354	234	0.1926	4127	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.752	-1.7187	-0.0956	6.8855	-0.1695	0.1705	0.1796	0.2412	0.3146	0.3154	-0.2142	1.0352	0.153	-0.204	-0.0028	0.8054	0.0445	-0.1724	0.6305	0.0312	0.9042	-58.4226	53.88	9.3693
2	3.4392	0.2089	-0.5665	4.1613	-0.8348	3.0696	0.2113	-0.0873	0.1834	-0.1654	-0.1149	0.4593	-0.1568	-0.0616	0.0608	0.4019	0.0754	-0.0026	0.3105	-0.0624	0.3259	-37.7061	55.7613	16.3188
3	3.3259	0.4087	-1.4345	2.9572	-0.338	2.6622	0.3982	-0.5926	0.1969	0.3587	-0.2827	-0.0775	-0.4907	0.4684	-0.146	0.7536	-0.1166	-0.0359	0.6389	-0.0502	0.3391	-24.1074	62.0609	22.4206
4	1.7843	1.2603	-0.7582	2.8202	-1.0492	1.9964	-0.104	-0.9518	0.9401	0.9624	-0.4813	1.2886	0.0132	-0.1526	0.0151	0.8113	-0.0926	0.3434	0.7807	-0.1945	0.626	-45.178	35.8823	42.2728
5	1.5471	0.0371	0.9083	2.5372	-0.248	2.5539	-0.1767	-0.1948	0.0359	-0.0099	-0.0133	0.1644	-0.0861	0.0352	0.0118	0.238	0.0099	0.0728	0.3649	-0.0651	0.3928	-43.6	27.0671	25.0122
6	2.4677	-0.0344	-1.166	1.8412	-0.9506	1.7973	-0.0269	0.1515	-0.3876	0.1819	-0.2649	0.743	-0.2825	-0.739	0.0027	0.3024	-0.1379	0.068	0.52	-0.1211	0.469	-60.44	18.9572	22.4925
7	2.7901	-0.851	-0.0882	2.9791	-0.305	2.8846	0.032	0.2528	-0.2211	-0.4537	-0.2534	0.4047	0.0887	-0.171	0.0475	0.4371	-0.0153	-0.156	0.4999	-0.1991	0.5453	-52.2008	13.9455	13.4879
8	2.5412	0.7899	1.1911	2.5711	1.3174	2.6094	-0.1806	-0.0729	-0.4156	-0.2974	0.0459	0.2025	0.1687	-0.3906	0.1219	0.4814	-0.0152	0.0737	0.5875	-0.1431	0.5629	-7.1704	-10.1089	16.0978
9	2.9642	-0.8272	-0.1645	1.509	0.9498	2.9444	-0.0822	0.0286	-0.4717	-0.0254	0.1228	-0.0898	-0.0727	0.3716	0.0115	0.4462	-0.0811	0.0048	0.3721	0.0256	0.3081	-16.4561	2.661	27.3427
10	3.7442	-0.1585	1.9743	1.9636	-0.072	4.0867	-0.1262	-0.8126	-0.626	0.4479	0.0582	0.7857	-0.0954	-0.1318	0.0075	0.4313	-0.0133	0.1824	0.5045	0.1504	0.5305	-32.5381	2.52	36.9333

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 943 through 1020 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1021 through 1188 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1189 through 1257 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 946 through 1018 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1019 through 1113 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1114 through 1204 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1205 through 1257 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 943 through 1018 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1019 through 1145 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 1146 through 1257 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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