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- PDB-7zvo: Structure of CBM BT0996-C from Bacteroides thetaiotaomicron -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zvo
タイトルStructure of CBM BT0996-C from Bacteroides thetaiotaomicron
要素Beta-galactosidase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CBM / Carbohydrate-binding Module / Carbohydrate / Rhamnogalacturonan II / bacterial / microbiome / human gut
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Malectin domain / Malectin domain / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 ...Malectin domain / Malectin domain / : / Glycoside hydrolase, family 2 / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycoside hydrolase family 2, catalytic domain / Glycosyl hydrolases family 2, sugar binding domain / Glycosyl hydrolases family 2, TIM barrel domain / Glycoside hydrolase, family 2, immunoglobulin-like beta-sandwich / Glycosyl hydrolases family 2 / Beta-Galactosidase/glucuronidase domain superfamily / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Galactose-binding-like domain superfamily / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ALANINE / BETA-MERCAPTOETHANOL / SERINE / Beta-galactosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Trovao, F. / Pinheiro, B.A. / Correia, V.G. / Palma, A.S. / Carvalho, A.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Other governmentPTDC/BIA-MIB/31730/2017
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2023
タイトル: The structure of a Bacteroides thetaiotaomicron carbohydrate-binding module provides new insight into the recognition of complex pectic polysaccharides by the human microbiome.
著者: Trovao, F. / Correia, V.G. / Lourenco, F.M. / Ribeiro, D.O. / Carvalho, A.L. / Palma, A.S. / Pinheiro, B.A.
履歴
登録2022年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-galactosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4168
ポリマ－15,9141
非ポリマー5017
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.978, 45.938, 85.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-galactosidase


分子量: 15914.272 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50
遺伝子: BT_0996 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A921

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非ポリマー , 7種, 136分子

#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-ALA / ALANINE / アラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.5 % / 解説: Long plates
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Amino acids mix (DL- Glu, Ala, Gly, Lys, Ser), 0.1 M Buffer system 3 (Tris, Bicine pH 8.5) and 37.5% Precipitant Mix 4 (25% MPD, 25% PEG 1000, 25% PEG 3350)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→42.91 Å / Num. obs: 31987 / % possible obs: 99.71 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.65→1.709 Å / Num. unique obs: 17221 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: from a previous seleno SAD model

解像度: 1.65→42.91 Å / SU ML: 0.2006 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 24.3958
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2252 1557 4.87 %
Rwork0.1736 30430 -
obs0.1759 31987 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1034 0 27 129 1190
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00661103
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87521483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0592161
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067186
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7622151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.70.33131350.27962751X-RAY DIFFRACTION99.65
1.7-1.760.28891620.23952753X-RAY DIFFRACTION99.52
1.76-1.830.30391180.22332797X-RAY DIFFRACTION99.69
1.83-1.920.26111560.22882749X-RAY DIFFRACTION99.45
1.92-2.020.23881490.19952747X-RAY DIFFRACTION99.52
2.02-2.150.24251530.18252760X-RAY DIFFRACTION99.45
2.15-2.310.21171350.18332793X-RAY DIFFRACTION99.32
2.31-2.540.25551250.18192770X-RAY DIFFRACTION99.9
2.54-2.910.23541560.17552763X-RAY DIFFRACTION99.45
2.91-3.670.23271340.1562754X-RAY DIFFRACTION99.69
3.67-42.910.15461340.13642793X-RAY DIFFRACTION99.8
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -6.4048665374 Å / Origin y: -1.0009252974 Å / Origin z: 13.565410281 Å
111213212223313233
T0.138152495574 Å20.0072488414897 Å2-0.0116120273739 Å2-0.150979237478 Å2-0.0151263775715 Å2--0.148868140707 Å2
L1.05685625759 °20.269991070173 °20.598462657034 °2-1.70358284228 °2-0.258821082874 °2--1.74134095744 °2
S-0.0505514890922 Å °-0.00227603778137 Å °0.0504075394889 Å °0.114420640496 Å °-0.000555251957985 Å °0.0547575013692 Å °-0.067000557316 Å °-0.0672489514476 Å °-0.00714645349834 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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