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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zvk | ||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-(2'F,2'dAMP-![]() Stimulator of interferon protein | ![]() ANTIVIRAL PROTEIN / sting / antiviral / activator | 機能・相同性 | ![]() 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle ...2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / reticulophagy / autophagosome membrane / positive regulation of macroautophagy / autophagosome assembly / positive regulation of type I interferon production / activation of innate immune response / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / cytoplasmic vesicle / defense response to virus / mitochondrial outer membrane / Golgi membrane / innate immune response / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm 類似検索 - 分子機能 生物種 | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Klima, M. / Smola, M. / Boura, E. | 資金援助 | 1件 |
![]() ![]() タイトル: Crystal structure of human STING in complex with 3',3'-c-(2'F,2'dAMP- 著者: Klima, M. / Smola, M. / Boura, E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 101.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ksyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23189.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-K1L / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Lithium acetate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.83→45.93 Å / Num. obs: 9289 / % possible obs: 99.84 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 70.95 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.2001 / Rpim(I) all: 0.07408 / Rrim(I) all: 0.2138 / Net I/σ(I): 9.77 |
反射 シェル | 解像度: 2.83→2.931 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 1.739 / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 898 / CC1/2: 0.488 / CC star: 0.81 / Rpim(I) all: 0.6284 / Rrim(I) all: 1.852 / % possible all: 99.78 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ksy 解像度: 2.83→45.93 Å / SU ML: 0.4121 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.7836 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.83→45.93 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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