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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zvh | ||||||
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タイトル | Penicillium expansum antifungal protein B | ||||||
![]() | Antifungal protein | ||||||
![]() | ANTIFUNGAL PROTEIN / Penicillium expansum / antifungal protein B | ||||||
機能・相同性 | Antifungal protein / Antifungal protein domain superfamily / Antifungal protein / defense response to fungus / killing of cells of another organism / Antifungal protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gallego del Sol, F. / Marina, A. / Manzanares, P. / Marcos, J.F. / Giner Llorca, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Rationally designed antifungal protein chimeras reveal new insights into structure-activity relationship. 著者: Giner-Llorca, M. / Del Sol, F.G. / Marcos, J.F. / Marina, A. / Manzanares, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 413.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 413.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6675.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.19 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月22日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.2→40.454 Å / Num. all: 17032 / Num. obs: 17032 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.074 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 151614 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7ZTF 解像度: 1.2→40.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.979 / SU B: 1.167 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.51 Å2 / Biso mean: 17.378 Å2 / Biso min: 8.91 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.2→40.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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