PDB-7zv6: Crystal Structure of Aichivirus A 2A protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zv6

タイトル

Crystal Structure of Aichivirus A 2A protein

要素

Protein 2A

キーワード

VIRAL PROTEIN / unknown function / 2A protein / NlpC/P60 protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA helicase activity / RNA helicase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Aichi virus A846/88 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.83 Å

データ登録者

von Castelmur, E. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional repurposing of picornavirus H/NC-motif 2A proteins
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.

履歴

登録	2022年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zv6.cif.gz	182.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zv6.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zv6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zv6_validation.pdf.gz	448.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zv6_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	7zv6_validation.xml.gz	13.2 KB	表示
CIF形式データ	7zv6_validation.cif.gz	17.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zv1SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (9) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Protein 2A

A: Protein 2A

C: Protein 2A

43.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Protein 2A

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Protein 2A

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein 2A

登録者が定義した集合体
14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.456, 52.776, 61.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 108.632, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	B
3	2	B
4	2	B
5	3	B
6	3	B

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	VAL	VAL	9 - 119	12 - 122
2	1	1	VAL	VAL	9 - 119	12 - 122
3	2	2	ASP	ASP	10 - 119	13 - 122
4	2	2	ASP	ASP	10 - 119	13 - 122
5	3	3	ASP	ASP	10 - 119	13 - 122
6	3	3	ASP	ASP	10 - 119	13 - 122

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Protein 2A / P2A 分子量: 14644.486 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aichi virus A846/88 (ウイルス) / 株: Human/A846/88/1989 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O91464
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes-NaOH pH7.5 20% PEG1500 0.1M CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.83→49.76 Å / Num. obs: 11153 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.116 / Net I/σ(I): 6.6
反射シェル	解像度: 2.83→2.98 Å / R_merge(I) obs: 0.674 / Num. unique obs: 1247 / R_pim(I) all: 0.583

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ZV1

7zv1

解像度: 2.83→49.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.896 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.864 / SU B: 38.748 / SU ML: 0.334 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 6.808 / ESU R Free: 0.365 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2507	543	4.87 %
R_work	0.24	10608	-
all	0.241	-	-
obs	-	11151	95.397 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.262 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.583 Å²	0 Å²	0.807 Å²
2-	-	-0.497 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.83→49.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2618	0	0	27	2645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.012	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.716	1.629	3677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.249	1.57	5677
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.904	5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.451	13.75	24
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.791	10.111	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.055	10	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.034	0.2	421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	410
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.174	0.2	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.098	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.134	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.503	3.109	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.503	3.109	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.617	4.653	1706
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.617	4.654	1707
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.351	3.136	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.351	3.136	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.272	4.718	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.271	4.718	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.084	58.393	10650
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.084	58.398	10648
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.049	0.05	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.067	0.05	3372
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.074	0.05	3375

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04878	0.05011
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04878	0.05011
2	3	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06724	0.05011
2	4	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06724	0.05011
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07361	0.0501
3	6	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07361	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.83-2.899	0.348	14	0.379	564	X-RAY DIFFRACTION	67.5234
2.899-2.978	0.214	32	0.344	632	X-RAY DIFFRACTION	80.4848
2.978-3.064	0.356	29	0.346	707	X-RAY DIFFRACTION	90.7522
3.064-3.158	0.291	29	0.324	738	X-RAY DIFFRACTION	98.9677
3.158-3.261	0.319	43	0.266	735	X-RAY DIFFRACTION	99.8716
3.261-3.375	0.182	35	0.261	693	X-RAY DIFFRACTION	99.8628
3.375-3.502	0.316	49	0.26	676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.502-3.644	0.287	36	0.256	645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.644-3.805	0.287	38	0.254	613	X-RAY DIFFRACTION	99.6937
3.805-3.99	0.252	30	0.229	597	X-RAY DIFFRACTION	99.8408
3.99-4.204	0.203	40	0.202	565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.204-4.457	0.229	25	0.19	554	X-RAY DIFFRACTION	99.8276
4.457-4.762	0.205	22	0.168	510	X-RAY DIFFRACTION	100
4.762-5.14	0.192	26	0.182	480	X-RAY DIFFRACTION	99.8028
5.14-5.625	0.212	27	0.224	437	X-RAY DIFFRACTION	99.7849
5.625-6.279	0.283	10	0.23	414	X-RAY DIFFRACTION	100
6.279-7.231	0.324	19	0.216	354	X-RAY DIFFRACTION	99.7326
7.231-8.81	0.142	19	0.196	310	X-RAY DIFFRACTION	99.0964
8.81-12.268	0.235	13	0.174	233	X-RAY DIFFRACTION	99.5951
12.268-49.76	0.501	7	0.296	151	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.559	-1.2021	-0.2612	1.1204	0.4972	1.1267	-0.0662	0.0496	-0.0098	-0.0027	0.0185	0.0265	0.0712	-0.0009	0.0477	0.2699	-0.0256	0.1013	0.0282	0.0078	0.0501	14.7646	2.4732	63.2763
2	0.7211	0.6716	0.3675	1.0865	1.3037	2.2764	-0.0139	-0.0162	0.0162	-0.0121	-0.0205	0.0502	-0.1243	-0.0599	0.0344	0.2936	0.0191	0.1021	0.0262	0.0111	0.04	9.6029	-22.0936	80.1133
3	1.3684	-0.792	0.0622	0.7314	0.5926	4.0044	-0.0315	-0.2152	0.0763	0.0028	0.0184	-0.0786	0.219	0.3862	0.0131	0.09	0.0554	-0.0171	0.2503	0.036	0.0246	36.3171	-26.0824	80.9556

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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