PDB-7zv1: Crystal Structure of Aichivirus A 2A protein L64M, L109M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zv1

タイトル

Crystal Structure of Aichivirus A 2A protein L64M, L109M mutant

要素

Protein 2A

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / unknown function / 2A protein / NlpC/P60 protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell Golgi membrane / : / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus /

picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression /

RNA helicase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Aichi virus A846/88 (アイチウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

von Castelmur, E. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and functional repurposing of picornavirus H/NC-motif 2A proteins
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.

履歴

登録	2022年5月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zv1.cif.gz	173.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zv1.ent.gz	108.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zv/7zv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zv6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (9) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein 2A

B: Protein 2A

C: Protein 2A

43.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein 2A

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein 2A

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Protein 2A

登録者が定義した集合体
14.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.569, 77.445, 98.858
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	A	11 - 119
2	1	1	A	11 - 119
3	2	2	A	11 - 119
4	2	2	A	11 - 119
5	3	3	A	11 - 119
6	3	3	A	11 - 119

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Protein 2A / P2A 分子量: 14469.345 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: L64M, L109M mutant 由来: (組換発現) Aichi virus A846/88 (アイチウイルス) 株: Human/A846/88/1989 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O91464
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH6.75 30% PEG 30000 10mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→41.67 Å / Num. obs: 41619 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / R_merge(I) obs: 1.093 / Num. unique obs: 2258 / CC_1/2: 0.536 / R_pim(I) all: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.74→41.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 4.831 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.1 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2181	2113	5.082 %
R_work	0.1977	39465	-
all	0.199	-	-
obs	-	41578	98.61 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.109 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.122 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.753 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.631 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→41.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2476	0	0	106	2582

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2571
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.329	1.633	3520
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.441	1.572	5435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.085	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.903	13.6	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.649	10.112	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.556	10	97
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	380
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1257
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.219	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.177	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.934	2.29	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.934	2.29	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.988	3.411	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.987	3.414	1612
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.37	2.493	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.37	2.495	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.557	3.664	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.556	3.666	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.64	35.367	2786
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.615	35.301	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	3382
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.11	0.05	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.124	0.05	2998

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09772	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09772	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11047	0.05008
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11047	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12427	0.05008
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12427	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.785	0.307	153	0.306	2883	X-RAY DIFFRACTION	99.77
1.785-1.834	0.333	145	0.278	2878	X-RAY DIFFRACTION	99.9009
1.834-1.887	0.254	160	0.253	2729	X-RAY DIFFRACTION	99.6894
1.887-1.945	0.242	130	0.232	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.6835
1.945-2.009	0.241	137	0.217	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.6691
2.009-2.079	0.196	146	0.202	2510	X-RAY DIFFRACTION	99.5502
2.079-2.157	0.23	124	0.197	2433	X-RAY DIFFRACTION	99.5716
2.157-2.245	0.214	117	0.191	2355	X-RAY DIFFRACTION	99.5971
2.245-2.345	0.213	125	0.184	2229	X-RAY DIFFRACTION	98.9491
2.345-2.459	0.219	109	0.176	2151	X-RAY DIFFRACTION	99.4281
2.459-2.591	0.182	99	0.175	2053	X-RAY DIFFRACTION	98.8516
2.591-2.748	0.239	107	0.189	1922	X-RAY DIFFRACTION	98.4474
2.748-2.936	0.21	105	0.204	1822	X-RAY DIFFRACTION	98.5174
2.936-3.17	0.206	80	0.214	1691	X-RAY DIFFRACTION	98.062
3.17-3.471	0.225	102	0.199	1536	X-RAY DIFFRACTION	96.8658
3.471-3.877	0.218	71	0.192	1414	X-RAY DIFFRACTION	96.8689
3.877-4.471	0.177	69	0.156	1240	X-RAY DIFFRACTION	95.9677
4.471-5.46	0.186	54	0.166	1067	X-RAY DIFFRACTION	95.3231
5.46-7.656	0.214	50	0.201	829	X-RAY DIFFRACTION	94.6179
7.656-41.67	0.278	30	0.247	445	X-RAY DIFFRACTION	83.7743

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3087	-0.0339	0.2196	2.2952	0.9407	0.9009	0.0593	0.0072	-0.0247	0.0812	-0.0071	-0.1471	-0.0839	0.0222	-0.0522	0.0951	-0.0127	-0.0134	0.0055	-0.0057	0.0668	10.0609	6.6732	103.8906
2	1.5528	0.8682	-0.4542	1.0085	-0.185	0.2947	0.0405	-0.0658	0.008	0.0608	-0.0979	-0.0042	-0.0036	-0.0066	0.0574	0.0378	-0.0032	-0.0102	0.0292	-0.0016	0.0687	-7.625	-16.1135	105.573
3	0.7493	-0.9171	0.6318	1.3655	-1.0207	2.0057	0.0674	0.0076	0.0507	-0.1056	-0.0157	0.0446	0.0425	-0.0007	-0.0518	0.0786	0.0127	-0.0361	0.0097	0.0024	0.0755	46.6352	9.089	84.8159

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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