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- PDB-7zus: Crystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zus
タイトルCrystal structure of ternary complex of Pol theta polymerase domain
要素
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
  • DNA polymerase theta
キーワードTRANSFERASE / DNA polymerase / protein-DNA complex / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / error-prone translesion synthesis / somatic hypermutation of immunoglobulin genes ...single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / single-stranded DNA helicase activity / replication fork processing / site of DNA damage / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / error-prone translesion synthesis / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / DNA helicase activity / base-excision repair / protein homooligomerization / RNA-directed DNA polymerase / RNA-directed DNA polymerase activity / double-strand break repair / site of double-strand break / DNA helicase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA damage response / chromatin binding / Golgi apparatus / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain ...DNA polymerase theta-like, helix-turn-helix domain / : / Helix-turn-helix domain / DNA_pol_Q helicase like region helical domain / DNA polymerase A / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase theta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者Krajewski, W.W. / Turnbull, A.P. / Willis, S. / Charles, M. / Stockley, M. / Heald, R.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery, Characterization, and Structure-Based Optimization of Small-Molecule In Vitro and In Vivo Probes for Human DNA Polymerase Theta.
著者: Stockley, M.L. / Ferdinand, A. / Benedetti, G. / Blencowe, P. / Boyd, S.M. / Calder, M. / Charles, M.D. / Edwardes, L.V. / Ekwuru, T. / Finch, H. / Galbiati, A. / Geo, L. / Grande, D. / ...著者: Stockley, M.L. / Ferdinand, A. / Benedetti, G. / Blencowe, P. / Boyd, S.M. / Calder, M. / Charles, M.D. / Edwardes, L.V. / Ekwuru, T. / Finch, H. / Galbiati, A. / Geo, L. / Grande, D. / Grinkevich, V. / Holliday, N.D. / Krajewski, W.W. / MacDonald, E. / Majithiya, J.B. / McCarron, H. / McWhirter, C.L. / Patel, V. / Pedder, C. / Rajendra, E. / Ranzani, M. / Rigoreau, L.J.M. / Robinson, H.M.R. / Schaedler, T. / Sirina, J. / Smith, G.C.M. / Swarbrick, M.E. / Turnbull, A.P. / Willis, S. / Heald, R.A.
履歴
登録2022年5月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: DNA polymerase theta
BBB: DNA polymerase theta
CCC: DNA polymerase theta
DDD: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
EEE: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')
FFF: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
GGG: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')
HHH: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
III: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)273,33915
ポリマ－271,7929
非ポリマー1,5466
水4,828268
1
AAA: DNA polymerase theta
DDD: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
EEE: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 91.1 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1135
ポリマ－90,5973
非ポリマー5152
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area29930 Å2
手法PISA
2
BBB: DNA polymerase theta
FFF: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
GGG: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 91.1 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1135
ポリマ－90,5973
非ポリマー5152
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5540 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area30330 Å2
手法PISA
3
CCC: DNA polymerase theta
HHH: DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')
III: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 91.1 kDa, 3 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,1135
ポリマ－90,5973
非ポリマー5152
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5600 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)288.810, 172.910, 58.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.890, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB
32AAA
42CCC
53BBB
63CCC
74DDD
84FFF
95DDD
105HHH
116EEE
126GGG
137EEE
147III
158FFF
168HHH
179GGG
189III

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERVALVALAAAA1824 - 25905 - 726
221SERSERVALVALBBBB1824 - 25905 - 726
332SERSERVALVALAAAA1824 - 25905 - 726
442SERSERVALVALCCCC1824 - 25905 - 726
553SERSERVALVALBBBB1824 - 25905 - 726
663SERSERVALVALCCCC1824 - 25905 - 726
774DTDTDCDCDDDD2 - 171 - 16
884DTDTDCDCFFFF2 - 171 - 16
995DTDTDCDCDDDD2 - 171 - 16
10105DTDTDCDCHHHH2 - 171 - 16
11116DGDGDDGDDGEEEE1 - 131 - 13
12126DGDGDDGDDGGGGG1 - 131 - 13
13137DGDGDDGDDGEEEE1 - 131 - 13
14147DGDGDDGDDGIIII1 - 131 - 13
15158DTDTDCDCFFFF2 - 171 - 16
16168DTDTDCDCHHHH2 - 171 - 16
17179DGDGDDGDDGGGGG1 - 131 - 13
18189DGDGDDGDDGIIII1 - 131 - 13

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12
7Local NCS retraints between domains: 13 14
8Local NCS retraints between domains: 15 16
9Local NCS retraints between domains: 17 18

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 AAABBBCCC

#1: タンパク質 DNA polymerase theta / DNA polymerase eta


分子量: 81771.719 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLQ, POLH / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: O75417, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 6分子 DDDFFFHHHEEEGGGIII

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*CP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4843.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*TP*TP*(DDG))-3')


分子量: 3982.596 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 274分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-DG3 / 2'-3'-DIDEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ddGTP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris propane pH 8.9, 0.2 M sodium citrate tribasic dihydrate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.26→84.1 Å / Num. obs: 132903 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.26→2.32 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 9766 / CC1/2: 0.551

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4X0Q

4x0q


解像度: 2.26→50.005 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 16.39 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.201 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2384 6680 5.027 %
Rwork0.2008 126211 -
all0.203 --
obs-132891 98.91 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 71.064 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.567 Å2-0 Å2-0.989 Å2
2---1.379 Å2-0 Å2
3---1.976 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→50.005 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14717 1764 93 268 16842
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01317090
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01515064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6321.65223526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2711.57334614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45351914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.81422.578706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.855152480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4351580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.22382
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023725
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.23196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1820.213432
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.28021
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.27862
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2381
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.170.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1590.223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2220.273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2170.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5084.3117698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5084.317697
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8996.4539598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8996.4549599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7724.6169391
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7724.6169388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3356.86613927
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3366.86613925
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.6249.71618901
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.6249.71518902
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0810.0519454
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0770.0519384
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.0670.0519655
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.0740.051249
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0620.051249
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.0780.051121
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_70.0790.051116
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_80.0630.051269
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_90.0210.051129
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.08080.05008
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.08080.05008
23AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.077380.05008
24CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.077380.05008
35BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.067350.05008
36CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.067350.05008
47DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073690.0501
48FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.073690.0501
59DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.062270.0501
510HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.062270.0501
611EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.078340.05011
612GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.078340.05011
713EEEX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.079360.05011
714IIIX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.079360.05011
815FFFX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.063340.0501
816HHHX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.063340.0501
917GGGX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.020630.05011
918IIIX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.020630.05011
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.26-2.3190.3324960.32792490.32898430.6950.71799.00440.299
2.319-2.3820.3344830.30690880.30796260.7420.76799.42860.269
2.382-2.4510.2934660.28989460.28994740.8110.81199.34560.252
2.451-2.5260.2994860.25584980.25790470.8370.8699.30360.219
2.526-2.6090.2684140.24384000.24488420.8760.87799.68330.206
2.609-2.70.2934190.23381110.23685410.8680.89399.87120.201
2.7-2.8020.2564310.2278540.22283110.8990.90999.68720.189
2.802-2.9160.2574080.21574820.21779110.9020.91799.73450.188
2.916-3.0450.2594020.20871770.21176110.9040.9299.57960.187
3.045-3.1930.2673520.20868750.21172860.9130.92599.19020.19
3.193-3.3650.2293560.19764810.19869280.9310.94298.68650.187
3.365-3.5680.2353380.261130.20265690.9280.94298.20370.195
3.568-3.8130.2133000.19157550.19261720.9440.94798.10430.191
3.813-4.1160.2182170.17953750.1857550.9380.94997.16770.184
4.116-4.5060.2042490.16149570.16353370.9480.95897.54540.171
4.506-5.0330.1862390.15844240.1647690.9580.96397.77730.172
5.033-5.8020.2311990.18639590.18842770.9470.95497.21770.202
5.802-7.0820.2761910.22533180.22835880.9070.92797.79820.246
7.082-9.9160.211540.17226320.17428360.9420.95398.2370.203
9.916-50.0050.253800.22315170.22516190.9140.92198.64110.256
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0449-1.0161-0.25612.32540.07971.0638-0.1136-0.1492-0.0680.03780.0312-0.16890.22540.21490.08240.05330.0452-0.00520.05180.04530.195827.113951.487820.0016
23.507-0.58650.18221.16730.11690.67910.089-0.09970.18170.11590.0646-0.1650.0481-0.069-0.15360.18810.0564-0.07280.0399-0.04840.212189.29318.01541.9841
32.47170.97850.23632.3724-0.11061.13820.0151-0.1319-0.33860.14730.06990.0531-0.0284-0.0761-0.0850.28720.0616-0.02580.05390.1090.3429.7656-17.992839.9654
43.09012.34491.82435.17562.70286.0038-0.05280.6751-0.765-0.49490.1340.60510.8089-0.6744-0.08120.4492-0.1205-0.18960.5279-0.12880.806416.931532.629716.3318
57.22631.21174.29441.52430.77422.9967-0.122-0.4189-0.423-0.28660.16830.66840.021-0.7636-0.04640.4071-0.028-0.06170.7501-0.01980.542518.298133.68212.6198
62.098-0.1791-0.00694.951-1.78875.2325-0.1160.29821.0384-0.36320.1672-0.1757-1.1137-0.2854-0.05110.41510.0518-0.01340.13210.08350.641980.765337.5792-2.0436
71.48082.1444-0.73836.8207-3.69022.93680.0375-0.00330.6218-0.152-0.3935-0.1244-0.46910.6350.3560.6377-0.11730.12420.3910.09050.565781.023835.7982-6.1263
83.6243-1.5117-2.28023.32171.24774.81950.07720.3338-0.5844-0.296-0.1385-0.76030.13370.90260.06130.43560.1172-0.01640.4072-0.11660.542450.5102-19.685436.5748
93.9531-4.2378-3.65057.59643.62393.8126-0.22650.234-0.44990.086-0.1428-0.55710.61990.09410.36940.56810.1282-0.06960.4183-0.15230.477248.5469-18.972932.9632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA1824 - 2590
2X-RAY DIFFRACTION2ALLBBB1824 - 2590
3X-RAY DIFFRACTION3ALLCCC1824 - 2590
4X-RAY DIFFRACTION4ALLDDD2 - 17
5X-RAY DIFFRACTION5ALLEEE1 - 13
6X-RAY DIFFRACTION6ALLFFF2 - 17
7X-RAY DIFFRACTION7ALLGGG1 - 13
8X-RAY DIFFRACTION8ALLHHH2 - 17
9X-RAY DIFFRACTION9ALLIII1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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