PDB-7zuo: Crystal Structure of Ljungan virus 4 2A2 protein, P212121 form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zuo

タイトル

Crystal Structure of Ljungan virus 4 2A2 protein, P212121 form

要素

Protein 2A

キーワード

VIRAL PROTEIN / 2A protein / unknown function / NlpC/P60 protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell cytoplasmic vesicle membrane / viral capsid / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Ljungan virus 64-7855 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

von Castelmur, E. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Plasticity of Parechovirus H/NC-motif 2A proteins
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zuo.cif.gz	392 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zuo.ent.gz	245.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zuo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zuo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zuaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Protein 2A

B: Protein 2A

C: Protein 2A

D: Protein 2A

E: Protein 2A

F: Protein 2A

ヘテロ分子

83.2 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein 2A

B: Protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering
27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein 2A

D: Protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Protein 2A

F: Protein 2A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.179, 100.314, 120.247
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Protein 2A 分子量: 13741.598 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljungan virus 64-7855 (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C0J6D4

-
非ポリマー , 6種, 348分子

#2: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.95 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH8.0 8% PEG 6000 0.15M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0,97818

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0	1
2	97818	1

反射

解像度: 2.07→48.775 Å / Num. obs: 61727 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度: 2.07→2.12 Å / R_merge(I) obs: 0.733 / Num. unique obs: 4511 / CC_1/2: 0.559 / R_pim(I) all: 0.638

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7ZUA

7zua

解像度: 2.07→48.775 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.188 / WR_factor R_work: 0.156 / SU B: 8.39 / SU ML: 0.109 / Average fsc free: 0.966 / Average fsc work: 0.9751 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2046	3050	4.945 %
R_work	0.1723	58629	-
all	0.174	-	-
obs	-	61679	99.519 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.499 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.432 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.841 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.274 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→48.775 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5749	0	47	341	6137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	5924
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.331	1.632	8002
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.451	1.554	12709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.178	5	737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.381	10	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.134	10	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.528	10	246
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	910
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.012	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6585
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	5127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	2924
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.078	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.079	2.255	2958
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.071	2.254	2957
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.542	3.358	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.541	3.36	3686
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.087	2.379	2966
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.088	2.38	2967
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.269	3.481	4315
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.269	3.482	4316
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.143	30.43	6700
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.143	30.432	6701

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.07-2.124	0.271	209	0.277	4293	0.277	4505	0.93	0.944	99.9334	0.261
2.124-2.182	0.275	205	0.254	4205	0.255	4416	0.946	0.954	99.8641	0.234
2.182-2.245	0.24	212	0.231	4067	0.231	4288	0.96	0.964	99.7901	0.205
2.245-2.314	0.247	206	0.213	3966	0.214	4185	0.963	0.97	99.6894	0.185
2.314-2.39	0.252	201	0.202	3809	0.205	4033	0.96	0.974	99.4297	0.173
2.39-2.473	0.247	192	0.194	3675	0.197	3895	0.962	0.976	99.2811	0.165
2.473-2.566	0.221	189	0.189	3591	0.191	3805	0.969	0.979	99.343	0.161
2.566-2.671	0.22	179	0.18	3412	0.182	3611	0.972	0.981	99.4461	0.153
2.671-2.789	0.251	177	0.178	3338	0.182	3529	0.961	0.982	99.6033	0.152
2.789-2.925	0.218	164	0.18	3130	0.182	3340	0.974	0.981	98.6228	0.156
2.925-3.082	0.197	157	0.18	3043	0.181	3203	0.979	0.98	99.9063	0.16
3.082-3.269	0.247	153	0.197	2874	0.2	3027	0.961	0.978	100	0.179
3.269-3.493	0.206	144	0.181	2712	0.183	2857	0.973	0.983	99.965	0.17
3.493-3.771	0.21	133	0.17	2531	0.172	2671	0.976	0.983	99.7379	0.163
3.771-4.129	0.181	123	0.139	2336	0.141	2469	0.979	0.989	99.595	0.138
4.129-4.612	0.166	111	0.126	2125	0.128	2243	0.985	0.991	99.6879	0.128
4.612-5.318	0.13	100	0.132	1881	0.132	1990	0.992	0.991	99.5477	0.135
5.318-6.494	0.203	85	0.155	1599	0.157	1717	0.977	0.989	98.078	0.154
6.494-9.103	0.154	67	0.131	1288	0.132	1367	0.987	0.99	99.1222	0.138
9.103-48.775	0.17	43	0.146	755	0.147	820	0.985	0.987	97.3171	0.163

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6829	0.0681	-0.0765	0.7046	-0.1546	0.6804	0.025	-0.0286	0.1121	0.0282	-0.0223	-0.0629	-0.0802	0.0052	-0.0028	0.2083	-0.0231	0.0117	0.1948	-0.0211	0.2727	1.1286	-8.8773	-7.9115
2	0.593	-0.2166	-0.2558	0.7466	-0.0529	0.4929	0.0792	0.038	-0.0313	-0.0568	-0.0911	0.0788	0.0591	0.0054	0.0118	0.2264	0.0035	-0.0235	0.2145	-0.0304	0.2291	-9.872	-31.0001	-14.8799
3	0.3511	0.2048	-0.0281	0.3199	-0.015	1.2637	-0.008	-0.0392	-0.0714	0.0299	-0.0791	-0.0227	-0.0734	0.1199	0.0871	0.195	-0.0221	-0.0303	0.2454	0.0302	0.2273	-18.6962	-18.7698	16.0838
4	1.2992	0.4714	-0.6925	0.9396	-0.1184	0.4898	0.2654	0.144	0.145	0.0421	-0.049	0.0637	-0.1356	-0.0597	-0.2163	0.2353	0.0498	0.064	0.2263	0.0225	0.2511	-30.3857	-6.1197	-3.8821
5	0.5921	-0.8281	0.7878	3.0617	-1.1579	1.1249	0.1886	-0.018	-0.0938	-0.2635	0.0078	0.3043	0.1889	0.0496	-0.1964	0.2324	0.0234	0.0137	0.2299	0.039	0.2231	-20.1457	-8.0047	-34.0306
6	1.2901	-0.6629	-0.4087	0.5809	-0.1844	2.358	0.5005	0.4025	0.1028	-0.2557	-0.4885	0.0548	0.2237	0.4255	-0.0119	0.3462	0.2421	0.1095	0.5322	-0.0579	0.0882	3.5392	-18.8532	-42.7975

精密化 TLSグループ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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