PDB-7zug: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1, qRRM2 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zug

タイトル

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1, qRRM2 domain

要素

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H, N-terminally processed

キーワード

RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質)

機能・相同性

機能・相同性情報

poly(U) RNA binding / FGFR2 alternative splicing /

regulation of RNA splicing / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA /

転写後修飾 / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway /

mRNA splicing, via spliceosome /

ribonucleoprotein complex /

RNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.075 Å

データ登録者

Winter, N. / Kumar, M. / Isupov, M.N. / Wiener, R.

資金援助

イスラエル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H1, qRRM2 domain
著者: Winter, N. / Kumar, M. / Isupov, M.N. / Wiener, R.

履歴

登録	2022年5月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zug.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zug.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zug	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H, N-terminally processed

ヘテロ分子

11.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.295, 81.295, 30.322
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-205- CL
2	1	AAA-393- HOH

#1: タンパク質	Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein H, N-terminally processed 分子量: 11444.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNRNPH1, HNRPH, HNRPH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31943
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド / ヨウ化物分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.33 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: KI 200 mM PEG 3350 20%

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8856 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.075→70.404 Å / Num. obs: 48313 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 9.6 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.075→1.09 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique obs: 2420 / CC_1/2: 0.304 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
CRANK2		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.075→70.404 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / WR_factor R_free: 0.207 / WR_factor R_work: 0.178 / SU B: 2.803 / SU ML: 0.05 / Average fsc free: 0.7934 / Average fsc work: 0.7936 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2008	2455	5.084 %
R_work	0.1659	45837	-
all	0.168	-	-
obs	-	48292	96.445 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.83 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.165 Å²	0.582 Å²	0 Å²
2-	-	1.165 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.778 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.075→70.404 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	690	0	5	108	803

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	823
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.715	1.66	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.387	1.59	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.659	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.123	20.508	59
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.696	15	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.557	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	983
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	223
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	357
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	349
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.124	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.215	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.232	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.513	2.515	382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.517	2.507	381
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.35	3.781	484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.349	3.787	485
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.782	3.011	441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.804	3.014	441
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.079	4.375	626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.093	4.378	626
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.268	31.529	925
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.005	30.932	904
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.186	3	1622

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.075-1.103	0.424	177	0.397	3492	0.399	3676	0.314	0.28	99.8096	0.396
1.103-1.133	0.317	155	0.369	3407	0.367	3571	0.33	0.331	99.748	0.357
1.133-1.166	0.329	194	0.334	3296	0.334	3493	0.598	0.637	99.9141	0.317
1.166-1.202	0.317	174	0.301	3206	0.302	3387	0.746	0.717	99.7933	0.279
1.202-1.241	0.265	172	0.278	3102	0.277	3276	0.816	0.822	99.9389	0.253
1.241-1.285	0.278	121	0.266	2353	0.266	3195	0.854	0.842	77.4335	0.242
1.285-1.333	0.262	175	0.235	2886	0.237	3061	0.89	0.888	100	0.211
1.333-1.388	0.228	177	0.218	2780	0.219	2958	0.899	0.907	99.9662	0.197
1.388-1.449	0.275	149	0.202	2688	0.206	2841	0.873	0.905	99.8592	0.182
1.449-1.52	0.235	139	0.182	2583	0.185	2722	0.89	0.923	100	0.168
1.52-1.602	0.225	117	0.169	2465	0.171	2582	0.921	0.942	100	0.157
1.602-1.699	0.201	120	0.15	2316	0.153	2436	0.945	0.956	100	0.143
1.699-1.817	0.192	106	0.146	2193	0.148	2299	0.947	0.961	100	0.143
1.817-1.962	0.212	65	0.146	1756	0.148	2140	0.943	0.958	85.0935	0.15
1.962-2.149	0.2	95	0.142	1541	0.146	2007	0.958	0.969	81.5147	0.151
2.149-2.403	0.143	96	0.124	1491	0.126	1786	0.972	0.974	88.8578	0.141
2.403-2.774	0.149	93	0.114	1413	0.116	1602	0.975	0.98	94.0075	0.139
2.774-3.396	0.159	59	0.141	1296	0.141	1355	0.965	0.972	100	0.179
3.396-4.797	0.175	45	0.128	989	0.129	1061	0.971	0.978	97.4552	0.171
4.797-70.404	0.26	26	0.245	583	0.246	613	0.947	0.95	99.3475	0.4

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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