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- PDB-7zud: Crystal structure of HIV-1 capsid IP6-CPSF6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zud
タイトルCrystal structure of HIV-1 capsid IP6-CPSF6 complex
要素
  • Capsid protein p24
  • Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex / cofactor / host-factor
機能・相同性
機能・相同性情報


exon-exon junction complex binding / : / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / interchromatin granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / perichromatin fibrils / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / paraspeckles ...exon-exon junction complex binding / : / positive regulation of RNA export from nucleus / mRNA cleavage factor complex / interchromatin granule / Processing of Intronless Pre-mRNAs / perichromatin fibrils / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA alternative polyadenylation / paraspeckles / mRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / RNA Polymerase II Transcription Termination / protein heterotetramerization / ribosomal large subunit binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / localization / Signaling by FGFR1 in disease / protein tetramerization / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / mRNA processing / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / nuclear speck / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / mRNA binding / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / RNA-binding domain superfamily / Reverse transcriptase thumb ...Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / CPSF6/7 family / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / RNA-binding domain superfamily / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / Gag-Pol polyprotein / Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Nicastro, G. / Taylor, I.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
The Francis Crick InstituteFC001178 英国
Wellcome Trust108014/Z/15/Z 英国
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: CP-MAS and Solution NMR Studies of Allosteric Communication in CA-assemblies of HIV-1.
著者: Nicastro, G. / Lucci, M. / Oregioni, A. / Kelly, G. / Frenkiel, T.A. / Taylor, I.A.
#1: ジャーナル: Cell / 年: 2009
タイトル: X-ray structures of the hexameric building block of the HIV capsid.
著者: Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Kelly, B.N. / Hua, Y. / Whitby, F.G. / Stout, C.D. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P. / Yeager, M.
#2: ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014
タイトル: Structural basis of HIV-1 capsid recognition by PF74 and CPSF6.
著者: Bhattacharya, A. / Alam, S.L. / Fricke, T. / Zadrozny, K. / Sedzicki, J. / Taylor, A.B. / Demeler, B. / Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. / Diaz-Griffero, F. / Ivanov, D.N. / Yeager, M.
#3: ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2014
タイトル: Host cofactors and pharmacologic ligands share an essential interface in HIV-1 capsid that is lost upon disassembly.
著者: Price, A.J. / Jacques, D.A. / McEwan, W.A. / Fletcher, A.J. / Essig, S. / Chin, J.W. / Halambage, U.D. / Aiken, C. / James, L.C.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Inositol phosphates are assembly co-factors for HIV-1.
著者: Dick, R.A. / Zadrozny, K.K. / Xu, C. / Schur, F.K.M. / Lyddon, T.D. / Ricana, C.L. / Wagner, J.M. / Perilla, J.R. / Ganser-Pornillos, B.K. / Johnson, M.C. / Pornillos, O. / Vogt, V.M.
履歴
登録2022年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein p24
M: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4044
ポリマ－27,0842
非ポリマー1,3202
水1086
1
A: Capsid protein p24
M: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,42524
ポリマ－162,50512
非ポリマー7,92012
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
crystal symmetry operation4_775-x+2,-y+2,z1
crystal symmetry operation5_565y,-x+y+1,z1
crystal symmetry operation6_655x-y+1,x,z1
Buried area30610 Å2
ΔGint-352 kcal/mol
Surface area59410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.741, 90.741, 56.588
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Space group name HallP6
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z
#3: y,-x+y,z
#4: -y,x-y,z
#5: -x+y,-x,z
#6: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

IHP

21A-501-

IHP

31A-502-

IHP

41A-604-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / CA


分子量: 25703.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate NY5 / 遺伝子: gag-pol / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12497
#2: タンパク質・ペプチド Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6 / Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Cleavage ...Cleavage and polyadenylation specificity factor 68 kDa subunit / CPSF 68 kDa subunit / Cleavage factor Im complex 68 kDa subunit / CFIm68 / Pre-mRNA cleavage factor Im 68 kDa subunit / Protein HPBRII-4/7


分子量: 1380.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16630
#3: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.3M Calcium chloride dihydrate, 0.3 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris hydrochloride pH 8.5, 0.1 M Bicine, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9688 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.93→78.58 Å / Num. obs: 5698 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 61.42 Å2 / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 2.93→3.23 Å / Num. unique obs: 1717 / CC1/2: 0.425

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCdata processing
STARANISOデータスケーリング
autoPROCデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3h47

3h47


解像度: 2.93→78.58 Å / SU ML: 0.5208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 39.819
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.336 511 8.97 %
Rwork0.2783 5187 -
obs0.2777 5698 98.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 69.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.93→78.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 0 72 6 1764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00461886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73992615
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0919288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091314
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d35.6444357
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.93-3.030.37261000.32681239X-RAY DIFFRACTION92.86
3.03-3.230.32761530.28151324X-RAY DIFFRACTION99.46
3.23-3.690.36451300.26541295X-RAY DIFFRACTION99.86
3.7-4.660.33781280.26371329X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 67.231075919 Å / Origin y: 88.3320904565 Å / Origin z: 11.0531490963 Å
111213212223313233
T0.194956933336 Å2-0.0359375316912 Å2-0.0446850291528 Å2-0.161863658763 Å2-0.0179216965141 Å2--0.459804951612 Å2
L0.745601760073 °2-0.555695840349 °20.80209377925 °2-0.707966931802 °2-1.18928771962 °2--1.83094518051 °2
S0.0778888726388 Å °-0.247960135006 Å °-0.00782812774307 Å °-0.200168814669 Å °-0.0882211650479 Å °-0.0573380079 Å °-0.0420770899002 Å °0.184916574786 Å °0.0469898876795 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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