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- PDB-7zu4: Crystal Structure of Human Parechovirus 1 2A protein lacking the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zu4
タイトルCrystal Structure of Human Parechovirus 1 2A protein lacking the C-terminal oligomerisation helix
要素Protein 2A
キーワードVIRAL PROTEIN / 2A protein / unknown function / NlpC/P60 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain / LRAT domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain / LRAT domain profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human parechovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者von Castelmur, E. / Perrakis, A.
資金援助 オランダ, スウェーデン, 2件
組織認可番号
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Parechovirus 1 2A protein
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein 2A
B: Protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,07117
ポリマ-29,7742
非ポリマー1,29715
1,02757
1
A: Protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4217
ポリマ-14,8871
非ポリマー5346
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,65010
ポリマ-14,8871
非ポリマー7639
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.425, 76.425, 121.724
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 12 - 128 / Label seq-ID: 15 - 131

Dom-IDComponent-ID
11
22

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Protein 2A / P2A


分子量: 14886.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human parechovirus 1 (ウイルス) / : Harris / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66578
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.79 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 8000 0.5 M lithium sulphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→49.39 Å / Num. obs: 21802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 1.209 / Num. unique obs: 1740 / CC1/2: 0.624 / Rpim(I) all: 0.618

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0349精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZU3
解像度: 2.1→49.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 8.148 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.148 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2202 1082 4.976 %
Rwork0.1976 20661 -
all0.199 --
obs-21743 99.982 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 50.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.412 Å20 Å20 Å2
2--0.412 Å20 Å2
3----0.825 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→49.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1920 0 73 57 2050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0122020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0161868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.91.6342718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3221.5664341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.213105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.16310366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.6681085
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022162
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02394
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.170.21660
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2978
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0720.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2060.218
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1560.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1990.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0353.148960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.0253.149960
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8934.6931197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.8914.7011198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.5994.1391060
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.5994.1441061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.4415.8871520
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.4375.891521
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.75247.1522219
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.75147.1742217
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1650.053222
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.164940.05007
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.164940.05007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.1540.272820.2841474X-RAY DIFFRACTION99.9358
2.154-2.2130.259890.2571455X-RAY DIFFRACTION100
2.213-2.2770.295760.2371417X-RAY DIFFRACTION100
2.277-2.3470.25630.2131373X-RAY DIFFRACTION100
2.347-2.4240.233650.1961337X-RAY DIFFRACTION100
2.424-2.5090.223680.1941311X-RAY DIFFRACTION100
2.509-2.6030.227630.1851250X-RAY DIFFRACTION100
2.603-2.7090.238660.1711219X-RAY DIFFRACTION100
2.709-2.830.171540.151170X-RAY DIFFRACTION100
2.83-2.9670.194480.1611119X-RAY DIFFRACTION100
2.967-3.1270.225500.1821072X-RAY DIFFRACTION100
3.127-3.3160.223650.1911004X-RAY DIFFRACTION100
3.316-3.5440.201570.19942X-RAY DIFFRACTION100
3.544-3.8260.2490.179898X-RAY DIFFRACTION100
3.826-4.1890.134450.164828X-RAY DIFFRACTION100
4.189-4.6790.15370.147753X-RAY DIFFRACTION100
4.679-5.3950.222320.186689X-RAY DIFFRACTION100
5.395-6.5880.411330.303581X-RAY DIFFRACTION100
6.588-9.2350.24230.257470X-RAY DIFFRACTION100
9.235-49.390.246170.286299X-RAY DIFFRACTION99.6845
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66060.35210.33013.4157-0.69312.83630.08840.03930.0584-0.2287-0.03650.50090.121-0.5601-0.05190.1115-0.0165-0.0450.1402-0.00550.0852-33.251-8.9618-21.236
22.04810.46460.49693.6354-0.1582.96250.0575-0.24150.13990.3186-0.07110.50210.0531-0.52460.01360.0873-0.02290.04580.1063-0.02130.0723-30.245313.5334-16.8433
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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