PDB-7zu3: Crystal Structure of Human Parechovirus 1 2A protein lacking the ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zu3

タイトル

Crystal Structure of Human Parechovirus 1 2A protein lacking the C-terminal oligomerisation helix

要素

Protein 2A

キーワード

VIRAL PROTEIN / 2A protein / unknown function / NlpC/P60 protein

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Human parechovirus 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

von Castelmur, E. / Perrakis, A.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Parechovirus 1 2A protein
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.

履歴

登録	2022年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zu3.cif.gz	82.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zu3.ent.gz	47.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zu3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zu3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zu/7zu3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ztwC 7zu4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (11) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein 2A

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.692, 71.666, 32.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.104, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protein 2A / P2A 分子量: 15027.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human parechovirus 1 (ウイルス) / 株: Harris / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q66578
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Hepes-NAOH pH7.0 15% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→41.173 Å / Num. obs: 11948 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / R_merge(I) obs: 1.094 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 653 / CC_1/2: 0.651 / R_pim(I) all: 0.675

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.74→41.173 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 6.421 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.121 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	582	4.871 %
R_work	0.1992	11366	-
all	0.201	-	-
obs	-	11948	100 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.725 Å²	-0 Å²	-0.379 Å²
2-	-	1.272 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.846 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→41.173 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1007	0	0	36	1043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	1037
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.028	1.638	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.384	1.565	2234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.163	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.717	10	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.117	10	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.669	10	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	858
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	520
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	567
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.25	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.128	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.53	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.424	1.894	505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.422	1.894	505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.634	2.829	630
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.632	2.835	631
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.218	2.361	532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.215	2.368	533
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.897	3.388	767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.894	3.395	768
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.948	31.506	1163
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.954	31.479	1161

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	WR_factor R_work
1.74-1.785	0.291	46	0.301	820	0.301	866	0.951	0.934	0.282
1.785-1.834	0.317	37	0.271	855	0.273	892	0.928	0.951	0.247
1.834-1.887	0.201	37	0.246	782	0.244	819	0.979	0.96	0.22
1.887-1.945	0.308	43	0.208	761	0.213	804	0.942	0.973	0.179
1.945-2.009	0.216	46	0.202	735	0.203	781	0.975	0.975	0.179
2.009-2.079	0.185	33	0.202	727	0.202	760	0.976	0.974	0.179
2.079-2.157	0.213	32	0.199	694	0.2	726	0.975	0.977	0.18
2.157-2.245	0.166	33	0.177	668	0.177	701	0.976	0.98	0.155
2.245-2.345	0.229	33	0.181	658	0.183	691	0.973	0.98	0.161
2.345-2.459	0.246	37	0.195	607	0.198	644	0.966	0.977	0.174
2.459-2.591	0.25	30	0.205	585	0.207	615	0.963	0.974	0.19
2.591-2.748	0.207	14	0.2	573	0.201	587	0.98	0.976	0.188
2.748-2.936	0.29	19	0.238	525	0.24	544	0.953	0.966	0.221
2.936-3.17	0.207	37	0.21	479	0.21	516	0.972	0.973	0.202
3.17-3.471	0.252	19	0.197	444	0.199	463	0.967	0.976	0.194
3.471-3.877	0.27	19	0.2	409	0.203	428	0.947	0.978	0.204
3.877-4.47	0.168	23	0.157	356	0.158	379	0.986	0.985	0.168
4.47-5.459	0.198	27	0.174	306	0.176	333	0.987	0.983	0.189
5.459-7.653	0.271	9	0.23	237	0.232	246	0.968	0.975	0.244
7.653-41.173	0.24	8	0.173	144	0.176	152	0.968	0.977	0.206

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.2091 Å / Origin y: 25.5781 Å / Origin z: 13.5707 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0045 Å²	-0.0157 Å²	-0.0158 Å²	-	0.1204 Å²	0.0401 Å²	-	-	0.1065 Å²
L	1.613 °²	0.2515 °²	-0.1271 °²	-	1.81 °²	0.5535 °²	-	-	2.9923 °²
S	-0.0305 Å °	0.0472 Å °	-0.0368 Å °	-0.0486 Å °	0.1038 Å °	0.0971 Å °	0.0479 Å °	-0.3074 Å °	-0.0734 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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