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- PDB-7ztw: Crystal Structure of Human Parechovirus 1 2A protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ztw
タイトルCrystal Structure of Human Parechovirus 1 2A protein
要素Protein 2A
キーワードVIRAL PROTEIN / 2A protein / unknown function / NlpC/P60 protein
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell ...host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Viral polyprotein, parechovirus P3B / Parechovirus Genome-linked protein / Viral polyprotein, parechovirus P3A / Picornaviridae P3A protein / LRAT domain profile. / LRAT domain / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human parechovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者von Castelmur, E. / Perrakis, A.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Parechovirus 1 2A protein
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.
履歴
登録2022年5月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein 2A
B: Protein 2A
C: Protein 2A
D: Protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1987
ポリマ－68,0934
非ポリマー1053
水3,081171
1
A: Protein 2A
B: Protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0703
ポリマ－34,0472
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
2
C: Protein 2A
D: Protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1294
ポリマ－34,0472
非ポリマー822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area13570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.548, 127.805, 54.282
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.190, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein 2A / P2A


分子量: 17023.285 Da / 分子数: 4 / 変異: I918M / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SPYGQQPQNRMMKLAYLDRGFYKHYGIIVGDHVYQLDSDDIFKTALTGKAKFTKTKLTSDWVIEEECELDYFRIKYLESA VDSEHIFSVDKNCETIAKDIFGTHTLSQHQAIGLVGTILLTAGLMSTIKTPVNAVTIKEFFNHAIDGDEQ
由来: (組換発現) Human parechovirus 1 (ウイルス) / 株: Harris / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q66578
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl 0.2M Na acetate 10% glycerol 28% PEG1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→42.6 Å / Num. obs: 42961 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2808 / CC1/2: 0.865 / Rpim(I) all: 0.579 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→42.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.31 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2384 2113 4.9 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
obs0.1867 40816 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.92 Å2 / Biso mean: 42.421 Å2 / Biso min: 19.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å2-0 Å20.04 Å2
2---1.86 Å2-0 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→42.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4530 0 6 171 4707
Biso mean--40.69 39.83 -
残基数----566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194625
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024419
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4111.9446243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.866310190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2585562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09924.857210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5415840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5251512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025138
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021054
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 159 -
Rwork0.315 2953 -
all-3112 -
obs--98.36 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8394-0.0664-0.5931.2940.10322.4190.0579-0.05630.08220.01260.0956-0.1763-0.05820.2026-0.15350.111-0.00360.00840.1265-0.03620.0358-0.940327.347425.5077
20.81330.2251-0.250.74120.22913.53190.0797-0.09130.06280.0594-0.04450.0544-0.2052-0.4894-0.03520.10290.03430.0130.1609-0.00420.0073-18.736928.338142.7251
30.45330.17230.29020.5895-0.3361.93380.03950.0091-0.0187-0.1312-0.0003-0.13710.15950.0726-0.03920.30180.02440.0690.0948-0.00220.0517-1.9189-4.756416.6063
40.478-0.3466-0.22420.52260.11153.13370.08310.082-0.06080.0124-0.01980.09340.2025-0.5603-0.06330.25-0.04890.04290.1680.00830.0309-16.131-4.0751-3.3137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3C6 - 146
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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