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- PDB-7ztn: Crystal structure of fungal CE16 acetyl xylan esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ztn
タイトルCrystal structure of fungal CE16 acetyl xylan esterase
要素Carbohydrate esterase family 16 protein
キーワードHYDROLASE / acetyl xylan esterase / fungal / hemicellulose
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, acting on ester bonds / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / THIOCYANATE ION / Carbohydrate esterase family 16 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermothelomyces thermophilus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Dimarogona, M. / Kosinas, C. / Pentari, C. / Zerva, A. / Topakas, E.
資金援助 ギリシャ, European Union, 2件
組織認可番号国
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)328 ギリシャ
European Union (EU)871037European Union
引用ジャーナル: Carbohydr Polym / 年: 2024
タイトル: The role of CE16 exo-deacetylases in hemicellulolytic enzyme mixtures revealed by the biochemical and structural study of the novel TtCE16B esterase.
著者: Pentari, C. / Zerva, A. / Kosinas, C. / Karampa, P. / Puchart, V. / Dimarogona, M. / Topakas, E.
履歴
登録2022年5月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Carbohydrate esterase family 16 protein
A: Carbohydrate esterase family 16 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,56316
ポリマ－79,0082
非ポリマー2,55614
水13,331740
1
B: Carbohydrate esterase family 16 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4696
ポリマ－39,5041
非ポリマー9655
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Carbohydrate esterase family 16 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,09510
ポリマ－39,5041
非ポリマー1,5919
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.825, 91.825, 162.462
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Carbohydrate esterase family 16 protein


分子量: 39503.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermothelomyces thermophilus (菌類)
株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_40885 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: G2QL32

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 6種, 748分子

#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-B3P / 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / 2,2′-(トリメチレンビスイミノ)ビス[2-(ヒドロキシメチル)プロパン-1,3-ジオ-ル]


分子量: 282.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H26N2O6 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#9: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 740 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Potassium thiocyanate, Bis Tris propane, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→162.4 Å / Num. obs: 140699 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Num. unique obs: 6878 / CC1/2: 0.488

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold

解像度: 1.45→79.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 5.354 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17143 4822 3.4 %RANDOM
Rwork0.13949 ---
obs0.14097 135800 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.439 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0.3 Å2-0 Å2
2---0.61 Å2-0 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.45→79.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5085 0 162 740 5987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0135528
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0154917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.561.687557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4921.60711355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5415677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.39922.655275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.76815812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3871525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021308
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5051.3522666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4881.3512663
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.832.0233349
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8362.0243350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.791.5362862
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.791.5372863
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1882.2424207
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.5318.0286563
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.4217.1456400
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.322310445
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.283 10291 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64710.28220.21350.86390.03080.7765-0.00270.0794-0.1014-0.09140.06370.08020.0586-0.1222-0.0610.1024-0.0208-0.04180.09640.02570.032814.2923-24.6277-30.044
20.60630.2509-0.11661.2812-0.36851.1530.049-0.0847-0.020.1926-0.0068-0.0028-0.0364-0.0029-0.04220.0932-0.0045-0.01770.04920.00240.006732.3515-11.36561.048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B5 - 502
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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