PDB-7zse: Molybdenum storage protein in complex with polyoxotungstates in t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zse

タイトル

Molybdenum storage protein in complex with polyoxotungstates in the in-vitro state

要素

(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Molybdenum storage protein / polyoxotungstate clusters

機能・相同性

機能・相同性情報

nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Azotobacter vinelandii (窒素固定)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Ermler, U. / Aziz, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J Inorg Biochem / 年: 2022
タイトル: The molybdenum storage protein forms and deposits distinct polynuclear tungsten oxygen aggregates.
著者: Iram Aziz / Susann Kaltwasser / Kanwal Kayastha / Radhika Khera / Janet Vonck / Ulrich Ermler /

要旨: Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, ...

履歴

登録	2022年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zse.cif.gz	308.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zse.ent.gz	251.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zse.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zse ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zse	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	14522C 7z5jC 7zqqC 7zr4C 4ndoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

B: Molybdenum storage protein subunit beta

ヘテロ分子

61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

B: Molybdenum storage protein subunit beta

ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

B: Molybdenum storage protein subunit beta

ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha

B: Molybdenum storage protein subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法
184 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.390, 115.390, 234.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- UNL
2	1	A-304- UNL
3	1	A-310- UNL
4	1	A-310- UNL
5	1	B-302- UNL

-
Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha 分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosA, Avin_43200 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P84308
#2: タンパク質	Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta 分子量: 28247.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定) 遺伝子: mosB, Avin_43210 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P84253

-
非ポリマー , 5種, 358分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子量: 280.387 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 M NaAc, pH 4.6, 1.1 M NH4H2 citrate, 10% glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1.213 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.213 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→45.961 Å / Num. obs: 343224 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.326 % / B_iso Wilson estimate: 29.681 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.082 / Χ²: 0.913 / Net I/σ(I): 14.16 / Num. measured all: 2857837 / Scaling rejects: 32053

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.4-1.5	7.791	3.051	0.91	496763	64273	63760	0.423	3.27	99.2
1.5-1.7	8.24	1.171	2.77	720767	87514	87476	0.855	1.25	100
1.7-2	8.7	0.33	8.84	644611	74100	74094	0.987	0.352	100
2-2.5	8.333	0.094	22.83	479576	57552	57551	0.998	0.1	100
2.5-3.2	8.761	0.051	37.79	276872	31602	31602	0.999	0.054	100
3.2-4.3	7.987	0.039	46.32	135292	16939	16938	0.999	0.042	100
4.3-6	9.059	0.04	53.06	67941	7501	7500	0.999	0.042	100
6-8	9.172	0.04	53.05	23224	2535	2532	0.999	0.043	99.9
8-12	7.524	0.038	47.25	9541	1303	1268	0.998	0.041	97.3
12-45.961	6.461	0.041	42.41	3250	560	503	0.994	0.046	89.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NDO

4ndo

解像度: 1.4→45.961 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.09 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2122	17006	4.96 %
R_work	0.2	326114	-
obs	0.2006	343120	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 409.7 Å² / B_iso mean: 34.9302 Å² / B_iso min: 13.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→45.961 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3777	0	182	344	4303
B_iso mean	-	-	71.17	38.54	-
残基数	-	-	-	-	507

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.4507	546	0.4282	10396	10942	96
1.4159-1.4325	0.3992	542	0.4009	10923	11465	100
1.4325-1.45	0.373	609	0.3818	10850	11459	100
1.45-1.4684	0.3608	571	0.3708	10897	11468	100
1.4684-1.4877	0.3666	545	0.3465	10884	11429	100
1.4877-1.5081	0.3371	564	0.3271	10862	11426	100
1.5081-1.5296	0.3323	597	0.3123	10818	11415	100
1.5296-1.5524	0.292	513	0.2999	10972	11485	100
1.5524-1.5767	0.2956	534	0.2905	10948	11482	100
1.5767-1.6026	0.3328	585	0.292	10924	11509	100
1.6026-1.6302	0.2875	518	0.277	10838	11356	100
1.6302-1.6598	0.2849	656	0.2658	10816	11472	100
1.6598-1.6918	0.2898	586	0.2627	10880	11466	100
1.6918-1.7263	0.258	614	0.2472	10843	11457	100
1.7263-1.7638	0.2577	543	0.2375	10909	11452	100
1.7638-1.8049	0.2368	587	0.2183	10893	11480	100
1.8049-1.85	0.2498	579	0.2217	10830	11409	100
1.85-1.9	0.2382	542	0.2105	10914	11456	100
1.9-1.9559	0.2289	594	0.199	10894	11488	100
1.9559-2.0191	0.1974	551	0.1908	10891	11442	100
2.0191-2.0912	0.2258	590	0.1868	10881	11471	100
2.0912-2.175	0.1739	605	0.1746	10866	11471	100
2.175-2.2739	0.1797	538	0.1667	10900	11438	100
2.2739-2.3938	0.197	557	0.1754	10901	11458	100
2.3938-2.5438	0.1963	525	0.1811	10926	11451	100
2.5438-2.7402	0.199	576	0.1782	10897	11473	100
2.7402-3.0159	0.2074	538	0.1865	10941	11479	100
3.0159-3.4522	0.1876	545	0.1874	10878	11423	100
3.4522-4.3488	0.1662	608	0.1568	10881	11489	100
4.3488-45.9856	0.205	548	0.2006	10861	11409	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.7814	-0.5443	0.7895	0.0558	-0.2271	4.9528	-0.1315	-0.1937	-0.6538	0.2125	0.1555	0.2237	0.536	0.1017	0.0175	0.2341	-0.0416	0.0186	0.1947	0.0144	0.2354	44.4055	17.5285	47.3229
2	0.6352	0.0513	0.4068	0.5239	-0.0526	1.661	0.0099	-0.0171	-0.0134	-0.0018	0.0172	0.0378	-0.028	-0.0659	-0.0227	0.1927	0.0029	0.008	0.2031	-0.003	0.2001	39.3829	33.9248	39.3423
3	0.3008	-0.1879	0.2883	1.0665	0.0436	1.8275	0.0037	0.0274	-0.0314	-0.1417	0.019	0.1613	0.0873	-0.1862	-0.0282	0.1792	-0.0235	-0.0026	0.2131	-0.0011	0.1995	34.3469	23.8817	37.1356
4	9.3134	-5.5192	-1.7049	7.6616	2.7317	2.3924	-0.0302	0.3577	-0.5153	-0.1413	-0.1188	0.8527	0.2791	-0.6741	-0.0055	0.2398	-0.1262	0.0026	0.4626	0.0091	0.4235	18.7099	17.3728	43.3047
5	1.676	-1.5846	-0.1435	3.8074	0.9042	2.3648	-0.0063	0.0236	-0.134	-0.0155	0.0553	0.2036	0.2151	-0.2745	-0.0606	0.1646	-0.0705	0.0288	0.2403	0.028	0.2223	30.7713	19.4334	44.3884
6	7.0944	-0.7637	-3.3499	3.4487	4.0099	5.5472	-0.3377	-0.2599	-0.8151	0.8131	0.167	-0.0208	0.897	-0.0445	0.1337	0.3546	-0.0415	0.0286	0.2876	0.0632	0.323	30.1324	14.1292	50.7874
7	6.5847	0.3964	-5.1632	0.5693	-0.4343	7.6343	0.0922	0.3986	0.2902	-0.0793	0.0765	0.2725	-0.0443	-0.942	-0.174	0.2183	-0.0104	-0.0719	0.3356	-0.0078	0.3011	25.4406	27.4707	19.8186
8	7.5046	-2.1415	1.6191	1.1496	-0.3003	4.135	-0.0091	0.1404	0.0569	-0.1753	0.0181	-0.0255	0.1019	0.2253	-0.0107	0.2784	-0.0383	0.0015	0.1436	-0.0793	0.1769	59.8854	10.645	9.1788
9	0.35	0.2728	-0.7087	1.0165	-1.4231	5.1881	-0.0086	0.0283	-0.0379	-0.0376	-0.0249	-0.0121	0.0411	-0.0422	0.008	0.2378	-0.0026	-0.0035	0.1998	-0.0368	0.2043	57.9604	13.4789	22.9249
10	4.8336	-5.2793	5.1648	5.9713	-5.1852	6.4684	-0.0616	-0.0637	0.2965	-0.0385	0.0241	0.0483	-0.6718	-0.3711	0.1829	0.3355	0.0033	-0.0062	0.2817	-0.0405	0.3304	55.2607	27.3016	9.1719
11	7.8546	0.647	-6.1606	0.6672	-0.7395	4.8511	-0.0331	0.1281	-0.1653	-0.1369	0.0304	-0.0818	0.0966	-0.0788	0.0255	0.2212	-0.0068	-0.0091	0.1116	-0.0355	0.1654	50.9364	19.8343	21.8225
12	3.2933	-1.7646	2.5251	1.0967	-2.012	6.8558	-0.0466	0.0411	-0.1284	0.0149	-0.0773	0.0933	0.0425	-0.0874	0.1197	0.2357	-0.0344	-0.0066	0.1448	-0.0647	0.2087	44.2225	13.0455	24.2089
13	4.6517	-2.8743	-0.9239	6.9815	3.3585	1.8039	-0.1826	-0.2204	-0.2477	-0.0255	0.2109	0.1174	0.3443	-0.0757	0.0086	0.2989	-0.0512	-0.0096	0.2799	-0.0299	0.1671	47.8323	3.598	11.2285
14	8.0324	-0.3423	-2.5754	8.7063	3.2685	7.9608	-0.2852	-0.3772	-0.7887	0.6781	-0.0961	0.3176	0.8721	0.201	0.3333	0.4674	-0.0873	0.0512	0.2567	0.0254	0.337	42.2394	-5.8304	13.2328
15	8.0863	0.0629	-1.5252	8.6425	5.6438	3.993	-0.2773	-0.615	-1.0004	0.9078	0.2674	0.0804	1.16	0.2422	0.1186	0.5381	0.0023	0.0307	0.3458	0.0131	0.3055	40.5662	2.9708	20.2215
16	1.2073	-1.288	-1.606	1.8779	1.0882	3.4176	-0.0289	0.1518	-0.1501	-0.2158	-0.1017	0.2332	0.103	-0.3166	0.13	0.3173	-0.0194	-0.0344	0.2367	-0.0695	0.2685	45.336	6.8774	6.2945

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 47 )	A	31 - 47
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 143 )	A	48 - 143
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 144 through 204 )	A	144 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 205 through 220 )	A	205 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 221 through 261 )	A	221 - 261
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 262 through 276 )	A	262 - 276
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 3 through 37 )	B	3 - 37
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 38 through 68 )	B	38 - 68
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 69 through 121 )	B	69 - 121
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 122 through 140 )	B	122 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 141 through 155 )	B	141 - 155
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 156 through 180 )	B	156 - 180
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 181 through 198 )	B	181 - 198
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 199 through 218 )	B	199 - 218
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 219 through 235 )	B	219 - 235
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 236 through 270 )	B	236 - 270

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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