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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zs6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Apis mellifera RidA | ||||||
要素 | Reactive intermediate deaminase A | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Deiminase / Ractive intermediate deaminase | ||||||
機能・相同性 | RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Apis mellifera (セイヨウミツバチ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.31 Å | ||||||
データ登録者 | Visentin, C. / Rizzi, G. / Ricagno, S. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022 タイトル: Apis mellifera RidA, a novel member of the canonical YigF/YER057c/UK114 imine deiminase superfamily of enzymes pre-empting metabolic damage. 著者: Visentin, C. / Rizzi, G. / Degani, G. / Digiovanni, S. / Robecchi, G. / Barbiroli, A. / Popolo, L. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zs6.cif.gz | 195 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zs6.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7zs6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zs6_validation.pdf.gz | 413.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zs6_full_validation.pdf.gz | 417.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zs6_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zs6_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zs6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1oniS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15409.731 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7M7GBQ0 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / | #3: 化合物 | ChemComp-MG / | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M MES, 20% PEG 6000 pH 6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.31→43.305 Å / Num. obs: 101696 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.31→1.33 Å / Rmerge(I) obs: 1.236 / Num. unique obs: 4890 / CC1/2: 0.404 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1ONI 解像度: 1.31→43.305 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.977 / SU B: 1.98 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.816 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.31→43.305 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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