PDB-7zs6: Crystal structure of Apis mellifera RidA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zs6

タイトル

Crystal structure of Apis mellifera RidA

要素

Reactive intermediate deaminase A

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Deiminase / Ractive intermediate deaminase

機能・相同性

RidA, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0076 signature. / RidA family / YjgF/YER057c/UK114 family / Endoribonuclease L-PSP / RutC-like superfamily / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Visentin, C. / Rizzi, G. / Ricagno, S.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: Apis mellifera RidA, a novel member of the canonical YigF/YER057c/UK114 imine deiminase superfamily of enzymes pre-empting metabolic damage.
著者: Visentin, C. / Rizzi, G. / Degani, G. / Digiovanni, S. / Robecchi, G. / Barbiroli, A. / Popolo, L. / Vanoni, M.A. / Ricagno, S.

履歴

登録	2022年5月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zs6.cif.gz	195 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zs6.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zs6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zs6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zs6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oniS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Reactive intermediate deaminase A

BBB: Reactive intermediate deaminase A

CCC: Reactive intermediate deaminase A

ヘテロ分子

46.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.499, 109.499, 141.092
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-502- MG
2	1	AAA-333- HOH

#1: タンパク質	Reactive intermediate deaminase A 分子量: 15409.731 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7M7GBQ0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M MES, 20% PEG 6000 pH 6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→43.305 Å / Num. obs: 101696 / % possible obs: 99.44 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.31→1.33 Å / R_merge(I) obs: 1.236 / Num. unique obs: 4890 / CC_1/2: 0.404

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ONI

1oni

解像度: 1.31→43.305 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.983 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.977 / SU B: 1.98 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.045 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1644	5097	5.012 %
R_work	0.1305	96599	-
all	0.132	-	-
obs	-	101696	99.381 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.032 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.032 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→43.305 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3105	0	6	420	3531

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.059	1.643	5141
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.485	1.574	8829
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.963	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.167	25.298	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.405	15	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.613	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	545
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	3661
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.091	0.2	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	294
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.142	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.778	2.087	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.748	2.084	1793
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.047	3.134	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.051	3.136	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.629	2.578	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.629	2.578	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.058	3.685	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.055	3.684	2782
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.579	26.538	4254
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.479	25.906	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.323	3	7481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.344	0.322	358	0.303	7001	X-RAY DIFFRACTION	98.3035
1.344-1.38	0.303	347	0.277	6886	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.38-1.42	0.275	354	0.243	6737	X-RAY DIFFRACTION	99.4949
1.42-1.464	0.232	294	0.202	6573	X-RAY DIFFRACTION	99.5506
1.464-1.512	0.201	329	0.17	6275	X-RAY DIFFRACTION	98.8771
1.512-1.565	0.211	305	0.14	6176	X-RAY DIFFRACTION	99.5392
1.565-1.624	0.169	293	0.114	5926	X-RAY DIFFRACTION	99.5837
1.624-1.69	0.161	312	0.109	5707	X-RAY DIFFRACTION	99.7018
1.69-1.766	0.155	291	0.1	5483	X-RAY DIFFRACTION	99.7754
1.766-1.852	0.165	290	0.099	5239	X-RAY DIFFRACTION	99.7654
1.852-1.952	0.147	264	0.102	4977	X-RAY DIFFRACTION	99.6009
1.952-2.07	0.146	250	0.105	4772	X-RAY DIFFRACTION	99.8807
2.07-2.213	0.141	250	0.103	4449	X-RAY DIFFRACTION	99.9149
2.213-2.39	0.132	237	0.101	4166	X-RAY DIFFRACTION	99.9319
2.39-2.618	0.159	206	0.104	3865	X-RAY DIFFRACTION	99.755
2.618-2.927	0.157	209	0.115	3451	X-RAY DIFFRACTION	99.2408
2.927-3.379	0.175	165	0.134	3094	X-RAY DIFFRACTION	99.3901
3.379-4.137	0.156	149	0.127	2604	X-RAY DIFFRACTION	98.6385

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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