+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zs1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Diheme cytochrome c Kustd1711 from Kuenenia stuttgartiensis, M292C mutant | ||||||
要素 | Hypothetical (Diheme) protein | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / anaerobic ammonium oxidation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Candidatus Kuenenia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Akram, M. / Barends, T. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Redox potential tuning by calcium ions in a novel c-type cytochrome from an anammox organism 著者: Akram, M. / Barends, T. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zs1.cif.gz | 91.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7zs1.ent.gz | 55.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zs1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zs1_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7zs1_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7zs1_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zs1_validation.cif.gz | 20.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zs1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zs/7zs1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zs0C 7zs2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34267.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Candidatus Kuenenia (バクテリア) 遺伝子: KsCSTR_07890, KSMBR1_1466, kustd1711 / 発現宿主: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q1PZE6 | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.2 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M imidazole/HCl pH 8.0 and 20% PEG 1K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年9月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99988 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 35153 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 30.11 Å2 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2567 / Rpim(I) all: 1.057 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: WT Structure 解像度: 1.7→47.57 Å / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.9863 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.57 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|