PDB-7zru: Solution structure of Pi6, a low affinity blocking kappa-K+-chann...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zru

タイトル

Solution structure of Pi6, a low affinity blocking kappa-K+-channel peptide from the scorpion Pandinus imperator

要素

Potassium channel toxin kappa-KTx 2.9

キーワード

TOXIN / scorpion toxin potassium channel blocker

機能・相同性

negative regulation of voltage-gated potassium channel activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Potassium channel toxin kappa-KTx 2.9

機能・相同性情報

生物種

Pandinus imperator (サソリ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Delepierre, M. / Olamendi Portugal, T. / Possani, L.D. / Guijarro, J.I.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Not Published
タイトル: Not applicable
著者: guijarro, J.I.

履歴

登録	2022年5月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zru.cif.gz	84.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zru.ent.gz	67.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zru.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zru_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zru_full_validation.pdf.gz	502.6 KB	表示
XML形式データ	7zru_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	7zru_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/7zru ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zr/7zru	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34732Solution structure of Pi6, a low affinity blocking kappa-K+-channel peptide from the scorpion Pandinus imperator

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Potassium channel toxin kappa-KTx 2.9

3.13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: NMR Distance Restraints

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Potassium channel toxin kappa-KTx 2.9 / Potassium channel-blocking toxin 6 / Pi6 分子量: 3134.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pandinus imperator (サソリ) / 器官: venom gland / 参照: UniProt: C0HKB3
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 0.19 mM pi6, 90% H2O/10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.19 mM / 構成要素: pi6 / Isotopic labeling: none
試料状態	イオン強度: 0 mM / Label: 1 / pH: 4 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CNS		Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
ARIA		Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	chemical shift assignment
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	peak picking
TopSpin	4.1	Bruker Biospin	collection

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure ensemble is based on a total of 332 restraints, of which 309 are NOE derived distance restraints, 11 are hydrogen bonds and 12 are phi angle dihedral restraints

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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