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- PDB-7zro: The spatial structure of amyloidogenic SEM1(68-107) peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zro
タイトルThe spatial structure of amyloidogenic SEM1(68-107) peptide
要素Semenogelin-1
キーワードPROTEIN FIBRIL / semenogelin 1 / amyloid fibril of human semen / HIV enhancer
機能・相同性
機能・相同性情報


coagulation / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of flagellated sperm motility / insemination / negative regulation of calcium ion import / sperm capacitation / Antimicrobial peptides / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism ...coagulation / positive regulation of serine-type endopeptidase activity / negative regulation of flagellated sperm motility / insemination / negative regulation of calcium ion import / sperm capacitation / Antimicrobial peptides / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / antibacterial humoral response / killing of cells of another organism / Amyloid fiber formation / protein-containing complex / extracellular space / zinc ion binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleus
類似検索 - 分子機能
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sanchugova, D.A. / Blokhin, D.S.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Science Foundation20-73-10034 ロシア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The spatial structure of amyloidogenic SEM1(68-107) peptide
著者: Sanchugova, D.A. / Blokhin, D.S.
履歴
登録2022年5月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semenogelin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6291
ポリマ－4,6291
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Semenogelin-1


分子量: 4629.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: We obtained the problems with overlap signals of SEM1(68-107) caused by high mobility of disordered fragments. The structure of SEM1(68-107) was determined by combining the results obtained ...詳細: We obtained the problems with overlap signals of SEM1(68-107) caused by high mobility of disordered fragments. The structure of SEM1(68-107) was determined by combining the results obtained for the peptide fragments (SEM1(68-85) and SEM1(86-107)).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEMG1, SEMG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04279

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D CBCA(CO)NH
121isotropic13D C(CO)NH
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D HNCO
151isotropic13D HN(CA)CO
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.3 mM [U-13C; U-15N] SEM1(68-107) peptide, 90% H2O/10% D2O
Label: sample _1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.3 mM / 構成要素: SEM1(68-107) peptide / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: condition_1 / pH: 8.8 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
TopSpin3.6Bruker Biospin解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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