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- PDB-7zr2: Crystal structure of a chimeric protein mimic of SARS-CoV-2 Spike... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zr2
タイトルCrystal structure of a chimeric protein mimic of SARS-CoV-2 Spike HR1 in complex with HR2
要素
  • Spike protein S2'
  • Spike protein S2',Chimeric protein mimic of SARS-CoV-2 Spike HR1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Camara-Artigas, A. / Gavira, J.A. / Cano-Munoz, M. / Polo-Megias, D. / Conejero-Lara, F.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Other governmentCV-26565 スペイン
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Novel chimeric proteins mimicking SARS-CoV-2 spike epitopes with broad inhibitory activity.
著者: Cano-Munoz, M. / Polo-Megias, D. / Camara-Artigas, A. / Gavira, J.A. / Lopez-Rodriguez, M.J. / Laumond, G. / Schmidt, S. / Demiselle, J. / Bahram, S. / Moog, C. / Conejero-Lara, F.
履歴
登録2022年5月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike protein S2',Chimeric protein mimic of SARS-CoV-2 Spike HR1
B: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2512
ポリマ－31,2512
非ポリマー00
水5,477304
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area14320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.777, 37.374, 43.911
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.670, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

#1: タンパク質 Spike protein S2',Chimeric protein mimic of SARS-CoV-2 Spike HR1


分子量: 26577.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / プラスミド: pET303 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: タンパク質・ペプチド Spike protein S2'


分子量: 4673.132 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic peptide V39E derived from the S2 HR2 sequence.The amino terminal is acetylated and the carboxyl-terminal is amidated. The peptide was C-terminally tagged with a SGGY sequence to ...詳細: Synthetic peptide V39E derived from the S2 HR2 sequence.The amino terminal is acetylated and the carboxyl-terminal is amidated. The peptide was C-terminally tagged with a SGGY sequence to confer UV absorption at 280 nm.
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M sodium HEPES, 20% (w/v) PEG4000, 10% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→18.92 Å / Num. obs: 46236 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 15.33 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 138163 / Scaling rejects: 18
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.482.40.786460319300.6160.5750.981.275.4
7.67-18.923.10.0299503050.9990.0180.03526.386.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LXT

6lxt


解像度: 1.45→18.8 Å / SU ML: 0.1672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 21.6976
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 2265 4.9 %
Rwork0.174 43922 -
obs0.1757 46187 95.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→18.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2014 0 0 304 2318
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00732036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71692745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046364
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7438767
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.480.31291060.27652149X-RAY DIFFRACTION75.67
1.48-1.520.27971250.23272567X-RAY DIFFRACTION89.38
1.52-1.550.26361510.21722701X-RAY DIFFRACTION96.25
1.55-1.60.26661400.20012819X-RAY DIFFRACTION99.53
1.6-1.640.23871620.17872843X-RAY DIFFRACTION99.5
1.64-1.70.22661620.17672788X-RAY DIFFRACTION98.93
1.7-1.760.22351570.16822794X-RAY DIFFRACTION98.86
1.76-1.830.21541240.16222831X-RAY DIFFRACTION98.7
1.83-1.910.21981370.15812822X-RAY DIFFRACTION99.06
1.91-2.010.22211270.16532814X-RAY DIFFRACTION98.59
2.01-2.140.20271620.14742779X-RAY DIFFRACTION97.55
2.14-2.30.17411440.14832822X-RAY DIFFRACTION98.31
2.3-2.530.18451530.15332781X-RAY DIFFRACTION97.7
2.53-2.90.20761360.16942809X-RAY DIFFRACTION96.68
2.9-3.650.20861430.17272793X-RAY DIFFRACTION96.45
3.65-18.80.19531360.19092810X-RAY DIFFRACTION94.09

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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