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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zqu | ||||||
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タイトル | A fast recovering full-length LOV protein (DsLOV) from the marine phototrophic bacterium Dinoroseobacter shibae (Dark state) - C72A mutant | ||||||
![]() | Putative blue-light photoreceptor | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / LOV domain / short LOV / PAS domain / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor | ||||||
機能・相同性 | PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / nucleotide binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Putative blue-light photoreceptor![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Batra-Safferling, R. / Granzin, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A fast recovering full-length LOV protein (DsLOV) from the marine phototrophic bacterium Dinoroseobacter shibae (Dark state) - C72A mutant 著者: Batra-Safferling, R. / Granzin, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4kukS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16828.855 Da / 分子数: 1 / 変異: C72A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C72A ENGINEERED MUTATION 由来: (組換発現) ![]() 株: DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12 / 遺伝子: Dshi_2006 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A8LP63 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.6 Å3/Da |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M Tris, 0.2 M MgCl2, 20% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月6日 |
放射 | モノクロメーター: microfocus beam / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8726 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→41.84 Å / Num. obs: 11015 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 26.3 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.136 / Net I/σ(I): 7.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 593 / CC1/2: 0.462 / Rpim(I) all: 0.912 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4KUK 解像度: 1.75→41.84 Å / SU ML: 0.2961 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9122 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.81 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→41.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A
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