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- PDB-7zqq: Molybdenum storage protein - LB131H -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zqq
タイトルMolybdenum storage protein - LB131H
要素(Molybdenum storage protein subunit ...) x 2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / polyoxotungstate / metal storage / Keggin ion
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / molybdenum ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Molybdenum storage protein subunit alpha/beta / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Unknown ligand / Molybdenum storage protein subunit beta / Molybdenum storage protein subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Ermler, U. / Aziz, I.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: J Inorg Biochem / 年: 2022
タイトル: The molybdenum storage protein forms and deposits distinct polynuclear tungsten oxygen aggregates.
著者: Iram Aziz / Susann Kaltwasser / Kanwal Kayastha / Radhika Khera / Janet Vonck / Ulrich Ermler /
要旨: Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, ...Some N-fixing bacteria store Mo to maintain the formation of the vital FeMo-cofactor dependent nitrogenase under Mo depleting conditions. The Mo storage protein (MoSto), developed for this purpose, has the unique capability to compactly deposit molybdate as polyoxometalate (POM) clusters in a (αβ) hexameric cage; the same occurs with the physicochemically related tungstate. To explore the structural diversity of W-based POM clusters, MoSto loaded under different conditions with tungstate and two site-specifically modified MoSto variants were structurally characterized by X-ray crystallography or single-particle cryo-EM. The MoSto cage contains five major locations for POM clusters occupied among others by heptanuclear, Keggin ion and even Dawson-like species also found in bulk solvent under defined conditions. We found both lacunary derivatives of these archetypical POM clusters with missing WO units at positions exposed to bulk solvent and expanded derivatives with additional WO units next to protecting polypeptide segments or other POM clusters. The cryo-EM map, unexpectedly, reveals a POM cluster in the cage center anchored to the wall by a WO linker. Interestingly, distinct POM cluster structures can originate from identical, highly occupied core fragments of three to seven WO units that partly correspond to those found in MoSto loaded with molybdate. These core fragments are firmly bound to the complementary protein template in contrast to the more variable, less occupied residual parts of the visible POM clusters. Due to their higher stability, W-based POM clusters are, on average, larger and more diverse than their Mo-based counterparts.
履歴
登録2022年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,82415
ポリマ－57,5182
非ポリマー3,30513
水5,999333
1
A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子

A: Molybdenum storage protein subunit alpha
B: Molybdenum storage protein subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,47145
ポリマ－172,5546
非ポリマー9,91639
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area41270 Å2
ΔGint-315 kcal/mol
Surface area46110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.040, 115.040, 234.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

UNL

21B-303-

UNL

31A-430-

HOH

-
要素

-
Molybdenum storage protein subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit alpha / Mo storage protein subunit alpha / MoSto subunit alpha


分子量: 29245.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: mosA, Avin_43200
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P84308
#2: タンパク質 Molybdenum storage protein subunit beta / MoSto subunit beta


分子量: 28272.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azotobacter vinelandii (窒素固定)
遺伝子: mosB, Avin_43210
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P84253

-
非ポリマー , 6種, 346分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子量: 324.400 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 0.7 M NH4H2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.214 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.214 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.845 Å / Num. obs: 173868 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.449 % / Biso Wilson estimate: 32.12 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rrim(I) all: 0.123 / Χ2: 1.993 / Net I/σ(I): 7.96 / Num. measured all: 599725 / Scaling rejects: 5815
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.75-1.853.310.9391.878855426881267550.6571.11699.5
1.85-2.053.5430.4463.7213825739255390240.910.52499.4
2.05-2.43.3720.1787.0213705341052406470.9730.21199
2.4-2.93.5210.10110.9610299529374292510.9860.11999.6
2.9-3.43.5730.0814.085198814599145500.9870.09499.7
3.4-4.23.3690.07315.553748811197111260.9870.08699.4
4.2-63.4310.07316.2528419834582830.9860.08799.3
6-83.7040.07616.929267251525020.9860.08999.5
8-123.3830.07616.464256129212580.9830.09197.4
12-45.8453.0680.07315.8714485584720.9810.08984.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ndo

4ndo


解像度: 1.75→45.845 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.11 / 位相誤差: 22.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2201 8619 4.96 %
Rwork0.2065 165208 -
obs0.2072 173827 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 996.88 Å2 / Biso mean: 34.1146 Å2 / Biso min: 13.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→45.845 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3815 0 122 337 4274
Biso mean--131.81 39.58 -
残基数----514
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.75-1.76990.35132320.33275596100
1.7699-1.79070.2872860.3207551599
1.7907-1.81260.30712940.3055549299
1.8126-1.83550.32312920.29655477100
1.8355-1.85970.31052540.28155572100
1.8597-1.88520.2652720.2716557199
1.8852-1.91210.24633180.2539547199
1.9121-1.94060.24922890.2453548499
1.9406-1.9710.2363050.2414547899
1.971-2.00330.25592790.2331551099
2.0033-2.03780.22553010.2284550599
2.0378-2.07490.2563370.2217544699
2.0749-2.11480.21842430.2143551599
2.1148-2.15790.22892780.2058556299
2.1579-2.20490.21792720.2042550299
2.2049-2.25610.20093050.2022547399
2.2561-2.31260.21922920.1961546399
2.3126-2.37510.21242990.1936543299
2.3751-2.4450.19612830.2012554999
2.445-2.52390.22253280.2122544099
2.5239-2.61410.21933010.20575514100
2.6141-2.71870.21523070.21595520100
2.7187-2.84250.22692600.21245533100
2.8425-2.99230.24443150.2125504100
2.9923-3.17970.20872980.20175543100
3.1797-3.42520.23582740.19715525100
3.4252-3.76970.17852810.1663553699
3.7697-4.31480.18062870.1596550399
4.3148-5.43480.16372830.1631550999
5.4348-45.8450.27112540.2452546898
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4711-1.7020.66950.59960.38684.8162-0.2034-0.1507-0.49960.25810.17360.14480.47560.14950.0110.1837-0.03560.03260.16240.01820.195944.198817.364947.5364
20.48380.09990.73930.41180.16313.23270.0004-0.00050.0021-0.00340.01710.0672-0.0208-0.0707-0.01780.15260.00780.00070.17180.00070.172635.91734.988438.5746
37.5757-3.81791.25943.54991.74443.71340.28720.4618-0.3245-0.3375-0.1727-0.19860.07620.3811-0.0920.2671-0.02810.03910.30080.02130.297551.158529.463442.4913
40.5788-0.21440.90820.61380.09372.6585-0.010.0422-0.0069-0.1160.03460.03910.05860.0811-0.02710.1778-0.01960.01040.1975-0.00770.178338.771723.103536.1602
52.4941-0.7961-0.32.83380.8571.8818-0.07080.0461-0.2603-0.04580.02690.44080.2426-0.368-0.01320.1599-0.0760.01310.25180.02190.21326.122419.095344.7538
66.2510.4847-2.38978.74091.44977.23040.05870.34010.357-0.3633-0.04880.9384-0.4352-1.2547-0.03580.18880.0115-0.07350.4752-0.00970.353120.596928.652124.266
73.5142-2.2153-0.45621.85990.29690.89760.06220.2027-0.0358-0.2079-0.0520.00840.0613-0.0047-0.01910.2615-0.0363-0.01860.1896-0.0520.177454.398813.81749.0378
80.6767-0.23990.15111.1624-1.23282.12550.03360.0882-0.0618-0.1275-0.050.0510.2765-0.0388-0.02850.236-0.00930.00050.1707-0.0430.182855.521510.531424.7274
90.50320.9781-1.01662.4474-3.82426.7990.0971-0.0380.06790.09320.07220.1438-0.40960-0.21940.2606-0.0157-0.01020.1756-0.04140.216457.975819.954917.6849
101.1328-0.5223-0.67690.5374-0.87656.34110.014-0.0136-0.081-0.1288-0.07340.02540.00930.13610.01560.2262-0.012-0.01160.1494-0.04440.206347.062616.004521.996
113.3189-1.1591-1.5093.26931.37772.0154-0.2111-0.189-0.33020.1690.04090.21330.373-0.10350.1580.3189-0.0278-0.0140.2145-0.0330.197243.93552.485411.59
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 31 through 47 )A31 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 123 )A48 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 124 through 143 )A124 - 143
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 144 through 190 )A144 - 190
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 191 through 276 )A191 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 3 through 28 )B3 - 28
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 29 through 68 )B29 - 68
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 69 through 95 )B69 - 95
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 96 through 137 )B96 - 137
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 138 through 180 )B138 - 180
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 181 through 270 )B181 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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