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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zqk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Chlamydomonas reinhardtii (CrGAPA) complexed with NAD+ | ||||||
要素 | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Rossman-fold domain / Calvin-Benson cycle (カルビン回路) / pyridin dinucleotide cofactors | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 supramolecular complex / グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / アポプラスト / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / 葉緑体 / kinase binding / glucose metabolic process / NAD binding ...supramolecular complex / グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / アポプラスト / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / 葉緑体 / kinase binding / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Lemaire, S.D. / Falini, G. / Fanti, S. / Rossi, J. | ||||||
資金援助 | イタリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Redox Biol / 年: 2022 タイトル: Structural snapshots of nitrosoglutathione binding and reactivity underlying S-nitrosylation of photosynthetic GAPDH. 著者: Mattioli, E.J. / Rossi, J. / Meloni, M. / De Mia, M. / Marchand, C.H. / Tagliani, A. / Fanti, S. / Falini, G. / Trost, P. / Lemaire, S.D. / Fermani, S. / Calvaresi, M. / Zaffagnini, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zqk.cif.gz | 147.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zqk.ent.gz | 114.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zqk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqk | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7zq3C 7zq4C 1rm4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38021.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) Cell: chloroplast / 遺伝子: GAPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P50362, グリセルアルデヒド-3-リン酸デヒドロゲナーゼ (NADP+) #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2-1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl / PH範囲: 7.5-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.1→102.66 Å / Num. all: 46186 / Num. obs: 46186 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.237 / Rsym value: 0.208 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 186949 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RM4 解像度: 2.2→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.065 / SU ML: 0.201 / SU R Cruickshank DPI: 0.3214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 98.84 Å2 / Biso mean: 38.564 Å2 / Biso min: 19.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→42.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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