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万見
- PDB-7zqk: Crystal structure of photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zqk
タイトルCrystal structure of photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Chlamydomonas reinhardtii (CrGAPA) complexed with NAD+
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossman-fold domain / Calvin-Benson cycle / pyridin dinucleotide cofactors
機能・相同性
機能・相同性情報


supramolecular complex / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / reductive pentose-phosphate cycle / chloroplast / kinase binding / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 ...Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Lemaire, S.D. / Falini, G. / Fanti, S. / Rossi, J.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Not funded イタリア
引用ジャーナル: Redox Biol / 年: 2022
タイトル: Structural snapshots of nitrosoglutathione binding and reactivity underlying S-nitrosylation of photosynthetic GAPDH.
著者: Mattioli, E.J. / Rossi, J. / Meloni, M. / De Mia, M. / Marchand, C.H. / Tagliani, A. / Fanti, S. / Falini, G. / Trost, P. / Lemaire, S.D. / Fermani, S. / Calvaresi, M. / Zaffagnini, M.
履歴
登録2022年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,94710
ポリマ－76,0432
非ポリマー1,9038
水2,918162
1
O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
ヘテロ分子

O: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
R: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,89320
ポリマ－152,0874
非ポリマー3,80616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_455-x-1/2,-y+1/2,z1
Buried area21410 Å2
ΔGint-303 kcal/mol
Surface area45810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.340, 147.100, 75.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic / NADP-dependent glyceraldehydephosphate dehydrogenase subunit A


分子量: 38021.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Cell: chloroplast / 遺伝子: GAPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50362, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.2-1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl / PH範囲: 7.5-8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→102.66 Å / Num. all: 46186 / Num. obs: 46186 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.11 / Rrim(I) all: 0.237 / Rsym value: 0.208 / Net I/av σ(I): 2 / Net I/σ(I): 3.3 / Num. measured all: 186949
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.214.20.5591.22793766920.2910.6330.5591.699.6
2.21-2.354.20.4831.42702063620.2480.5450.483299.4
2.35-2.514.20.4071.52466258860.2090.460.4072.498.5
2.51-2.713.80.3291.82139155580.1780.3760.3292.899
2.71-2.973.30.2442.51683350480.1470.2860.2443.498.3
2.97-3.324.20.21131962746590.1090.2390.2114.699.3
3.32-3.834.40.19931833141310.10.2230.1995.299.4
3.83-4.73.80.1853.31332034920.1010.2120.185598.4
4.7-6.643.70.1793.31011027500.0990.2060.1794.999.3
6.64-42.3884.80.1533.5771816080.0750.1710.1535.799.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.1 Å42.39 Å
Translation2.1 Å42.39 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RM4

1rm4


解像度: 2.2→42.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 8.065 / SU ML: 0.201 / SU R Cruickshank DPI: 0.3214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2659 1978 4.9 %RANDOM
Rwork0.2491 ---
obs0.25 38233 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.84 Å2 / Biso mean: 38.564 Å2 / Biso min: 19.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å2-0 Å20 Å2
2---1.39 Å2-0 Å2
3---2.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→42.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5149 0 118 162 5429
Biso mean--50.56 36.56 -
残基数----675
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5191.6367305
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4221.58211815
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7845677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.64422.735234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.03615918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.1711528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021043
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 154 -
Rwork0.288 2799 -
all-2953 -
obs--99.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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