PDB-7zqg: Crystal structure of Pizza6-KSH-TSH with Silicotungstic Acid (STA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zqg

タイトル

Crystal structure of Pizza6-KSH-TSH with Silicotungstic Acid (STA) polyoxometalate

要素

Pizza6-KSH-TSH

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / beta propeller / synthetic / designer / polyoxometalate / STA / co-crystal / silicotungstic acid

機能・相同性

Keggin (STA)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wouters, S.M.L. / Kamata, K. / Takahashi, K. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 3件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Mutational study of a symmetry matched protein-polyoxometalate interface
著者: Wouters, S. / Kamata, K. / Takahashi, K. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2022年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zqg.cif.gz	108.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zqg.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zqg_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zqg_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	7zqg_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	7zqg_validation.cif.gz	17.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zcjC 7zphC 7zpzC 7zq2C 3ww9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pizza6-KSH-TSH

ヘテロ分子

28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.092, 70.092, 85.055
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-510- HOH

#1: タンパク質	Pizza6-KSH-TSH 分子量: 25872.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SIW / Keggin (STA) 分子量: 2874.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₄₀SiW₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.07 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Magnesium acetate, 20%(w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→49.56 Å / Num. obs: 20312 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / B_iso Wilson estimate: 20.77 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.201 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.205 / Net I/σ(I): 16.8 / Num. measured all: 519534 / Scaling rejects: 1270

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.84	27.2	1.384	32386	1190	0.948	0.269	1.41	5.1	100
9-49.56	18.9	0.077	4042	214	0.999	0.017	0.078	43.3	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.25 Å	49.56 Å
Translation	5.25 Å	49.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WW9

3ww9

解像度: 1.8→49.56 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 21.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2109	1811	4.83 %
R_work	0.1804	35693	-
obs	0.1819	20312	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.73 Å² / B_iso mean: 21.7724 Å² / B_iso min: 7.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→49.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1762	0	106	111	1979
B_iso mean	-	-	42.17	26.74	-
残基数	-	-	-	-	247

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.85	0.264	135	0.2082	2723	2858
1.85-1.9	0.237	144	0.1922	2745	2889
1.9-1.96	0.258	147	0.1918	2727	2874
1.96-2.03	0.2138	129	0.1652	2770	2899
2.03-2.12	0.2481	171	0.1737	2740	2911
2.12-2.21	0.2195	128	0.1799	2737	2865
2.21-2.33	0.2731	115	0.1842	2767	2882
2.33-2.48	0.2706	154	0.1812	2725	2879
2.48-2.67	0.2172	143	0.1884	2763	2906
2.67-2.93	0.1978	127	0.1827	2749	2876
2.93-3.36	0.2194	129	0.1757	2763	2892
3.36-4.23	0.1809	144	0.1778	2745	2889
4.23-49.56	0.174	145	0.1776	2739	2884

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3078	-0.1988	-0.2353	1.1506	0.278	0.4171	-0.2334	-0.1842	-0.2215	0.7326	0.1614	0.1356	0.219	-0.0299	-0.0907	0.2187	0.0358	0.0493	0.0905	0.0181	0.1996	9.3699	-24.1728	7.724
2	1.1039	-0.1258	-0.66	1.0767	0.4945	1.0291	-0.1414	-0.1724	0.0838	0.2065	0.0809	0.1333	-0.0333	-0.0819	-0.0907	0.1336	0.0318	-0.0007	0.0895	-0.006	0.1244	8.8556	-7.3014	4.8071
3	0.6877	-0.615	-0.0081	1.6859	-0.2937	1.0498	-0.028	0.0047	0.0032	-0.05	0.0086	-0.1201	-0.0406	0.0911	-0.0065	0.0852	-0.0003	0	0.0861	-0.0061	0.1428	16.6221	-17.6088	-7.5967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 195 through 251 )	A	195 - 251
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 2 through 82 )	A	2 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 83 through 194 )	A	83 - 194

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)