+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zq7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of RpF-1 | ||||||
要素 | Crotonase/enoyl-CoA hydratase family protein | ||||||
キーワード | LIPID TRANSPORT / Enoyl coA Hydratase / lipid / pathogenic regulation | ||||||
機能・相同性 | enoyl-CoA hydratase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / lyase activity / Crotonase/enoyl-CoA hydratase family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Sanchez-Alba, L. / Reverter, D. / Conchillo, O. / Yero, D. / Daura, X. / Gibert, I. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of RpF-1 著者: Sanchez-Alba, L. / Reverter, D. / Conchillo, O. / Yero, D. / Daura, X. / Gibert, I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zq7.cif.gz | 311.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7zq7.ent.gz | 254.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zq7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zq7_validation.pdf.gz | 486.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7zq7_full_validation.pdf.gz | 541.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zq7_validation.xml.gz | 59.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zq7_validation.cif.gz | 80.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zq7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zq7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3m6nS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33910.848 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア) 遺伝子: rpfF, B9Y74_06275, DUW70_13565, FEO86_10500, FEO88_11330, FEO89_10240, FLFIOBJN_02527, HKK60_11705, WP1W18C01_20950 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q19VG8, enoyl-CoA hydratase |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% 2-propanol, 100mM HEPES, 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→81.37 Å / Num. obs: 38043 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.97 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.047 Å / Num. unique obs: 1888 / CC1/2: 0.63 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3M6N 解像度: 3→81.37 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.35 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 138.34 Å2 / Biso mean: 71.8003 Å2 / Biso min: 26.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→81.37 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
|