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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zq4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of photosynthetic glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Chlamydomonas reinhardtii (CrGAPA) complexed with NADP+ and the oxidated catalytic cysteine | ||||||
![]() | Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase A, chloroplastic | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fermani, S. / Zaffagnini, M. / Lemaire, S.D. / Falini, G. / Fanti, S. / Rossi, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural snapshots of nitrosoglutathione binding and reactivity underlying S-nitrosylation of photosynthetic GAPDH. 著者: Mattioli, E.J. / Rossi, J. / Meloni, M. / De Mia, M. / Marchand, C.H. / Tagliani, A. / Fanti, S. / Falini, G. / Trost, P. / Lemaire, S.D. / Fermani, S. / Calvaresi, M. / Zaffagnini, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 126.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7zq3C ![]() 7zqkC ![]() 1rm4S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 OR
#1: タンパク質 | 分子量: 38069.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Oxidation of the catalytic cysteine 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() Cell: chloroplasts / 遺伝子: GAPA / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P50362, ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 583分子 ![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ![]() #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.2 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 1.2-1.6 M (NH4)2SO4, 0.1 M Bicine pH 9.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.7→46.43 Å / Num. obs: 84958 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 24.88 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 1108041 / Scaling rejects: 452 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 1RM4 解像度: 1.7→45.18 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 26.56 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.52 Å2 / Biso mean: 31.5611 Å2 / Biso min: 12.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→45.18 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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