PDB-7zq2: Crystal structure of Pizza6-RSH-TSH with Silicotungstic Acid (STA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zq2

タイトル

Crystal structure of Pizza6-RSH-TSH with Silicotungstic Acid (STA) polyoxometalate

要素

Pizza6-RSH-TSH

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / beta propeller / synthetic / designer / polyoxometalate / STA / co-crystal / silicotungstic acid

機能・相同性

Keggin (STA)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Wouters, S.M.L. / Kamata, K. / Takahashi, K. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 3件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Mutational study of a symmetry matched protein-polyoxometalate interface
著者: Wouters, S. / Kamata, K. / Takahashi, K. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2022年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zq2.cif.gz	108.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zq2.ent.gz	84.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zq2_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zq2_full_validation.pdf.gz	4.1 MB	表示
XML形式データ	7zq2_validation.xml.gz	12.8 KB	表示
CIF形式データ	7zq2_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zq/7zq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7zcjC 7zphC 7zpzC 7zqgC 3ww9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pizza6-RSH-TSH

ヘテロ分子

37.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.245, 61.893, 69.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Pizza6-RSH-TSH 分子量: 25956.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SIW / Keggin (STA) 分子量: 2874.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₄₀SiW₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.1 % / Mosaicity: 0.06 °
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium acetate pH 4.6, 2.0 M Sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→49.24 Å / Num. obs: 28917 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 15.28 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 18.1 / Num. measured all: 367931 / Scaling rejects: 398

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.6-1.63	8.2	0.694	11488	1399	0.877	0.253	0.741	3.6	99.4
8.76-49.24	9.6	0.057	2066	215	0.995	0.019	0.06	52.9	98.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.25 Å	40.27 Å
Translation	5.25 Å	40.27 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WW9

3ww9

解像度: 1.6→40.27 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2267	2785	5.12 %
R_work	0.1998	51638	-
obs	0.2012	28917	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.77 Å² / B_iso mean: 20.6328 Å² / B_iso min: 10.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→40.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1721	0	318	102	2141
B_iso mean	-	-	28.63	25.28	-
残基数	-	-	-	-	241

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.63	0.3283	155	0.2837	2536	2691	99
1.63-1.66	0.2643	128	0.2531	2574	2702	100
1.66-1.69	0.247	100	0.2151	2617	2717	100
1.69-1.72	0.2305	151	0.2138	2602	2753	100
1.72-1.76	0.2508	126	0.208	2602	2728	100
1.76-1.8	0.2254	144	0.2082	2570	2714	100
1.8-1.85	0.2434	140	0.2104	2551	2691	100
1.85-1.9	0.2316	149	0.2014	2606	2755	100
1.9-1.95	0.2081	154	0.2065	2562	2716	100
1.95-2.02	0.2238	141	0.1921	2562	2703	100
2.02-2.09	0.2402	128	0.2016	2635	2763	100
2.09-2.17	0.2421	131	0.2206	2544	2675	100
2.17-2.27	0.2822	167	0.223	2581	2748	100
2.27-2.39	0.2517	150	0.2118	2588	2738	100
2.39-2.54	0.2833	101	0.2251	2597	2698	100
2.54-2.74	0.2298	158	0.2007	2588	2746	100
2.74-3.01	0.2187	144	0.211	2576	2720	100
3.01-3.45	0.201	144	0.1884	2578	2722	100
3.45-4.34	0.2127	133	0.1901	2588	2721	100
4.34-40.27	0.1908	141	0.1632	2581	2722	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3468	0.0359	0.5141	0.1156	0.1067	0.7993	-0.1002	-0.1575	-0.1443	-0.0079	-0.027	0.015	0.017	-0.0858	-0.2814	0.0652	-0.001	0.0296	0.0708	0.0246	0.1221	21.6061	-0.9364	17.1565
2	0.0603	0.0837	0.0468	0.1391	0.1477	0.4177	-0.0769	-0.1485	-0.0859	0.181	0.1562	-0.0566	0.0004	0.1415	0.0463	0.0899	0.0192	-0.0134	0.1268	0.0239	0.1696	34.4395	-0.349	11.5068
3	0.0152	0.0146	-0.0501	0.3186	0.3486	0.6918	0.0399	0.0309	-0.0966	-0.0502	0.0345	-0.2067	-0.0535	0.3093	0.1023	0.0791	-0.0079	0.0082	0.1386	-0.0111	0.2156	34.873	1.4661	-1.3694
4	0.1384	0.0211	0.1025	0.0151	-0.0093	0.1262	-0.0006	0.2235	0.0278	0.0161	-0.0798	-0.1415	-0.1085	0.0546	-0.0249	0.1059	-0.0206	0.002	0.1273	0.002	0.1363	21.4913	2.6972	-7.4581
5	0.1249	0.234	-0.2221	0.5237	-0.3083	0.5701	-0.0807	0.0815	0.0078	-0.2226	0.0087	0.1092	0.1288	-0.3859	-0.1037	0.1141	-0.0204	-0.002	0.1355	-0.0183	0.105	12.4646	1.602	5.3341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 160 through 207 )	A	160 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 208 through 251 )	A	208 - 251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1 through 51 )	A	1 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 91 )	A	52 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 159 )	A	92 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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