ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19.2-4158 | 精密化 | XDS | | データ削減 | Aimless | 0.7.7データスケーリング | PHASER | 2.8.3位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WW9 解像度: 1.57→42.76 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.52 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2167 | 2870 | 5.08 % |
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Rwork | 0.1893 | 53606 | - |
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obs | 0.1906 | 30288 | 99.97 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 53.72 Å2 / Biso mean: 20.6314 Å2 / Biso min: 8.08 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→42.76 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1773 | 0 | 159 | 120 | 2052 |
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Biso mean | - | - | 23.77 | 27.35 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 250 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 % 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all |
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1.57-1.6 | 0.2678 | 161 | 0.2454 | 2711 | 2872 | 1.6-1.63 | 0.3057 | 150 | 0.2371 | 2664 | 2814 | 1.63-1.66 | 0.2935 | 128 | 0.2318 | 2678 | 2806 | 1.66-1.69 | 0.2843 | 136 | 0.2243 | 2718 | 2854 | 1.69-1.73 | 0.2867 | 153 | 0.2119 | 2667 | 2820 | 1.73-1.77 | 0.2721 | 129 | 0.2253 | 2669 | 2798 | 1.77-1.81 | 0.2546 | 154 | 0.2032 | 2663 | 2817 | 1.81-1.86 | 0.2613 | 141 | 0.1964 | 2703 | 2844 | 1.86-1.92 | 0.2145 | 156 | 0.1912 | 2639 | 2795 | 1.92-1.98 | 0.241 | 162 | 0.1807 | 2694 | 2856 | 1.98-2.05 | 0.2601 | 145 | 0.178 | 2677 | 2822 | 2.05-2.13 | 0.2093 | 153 | 0.1832 | 2659 | 2812 | 2.13-2.23 | 0.2324 | 136 | 0.1918 | 2655 | 2791 | 2.23-2.35 | 0.2072 | 149 | 0.1806 | 2706 | 2855 | 2.35-2.49 | 0.2374 | 150 | 0.1932 | 2664 | 2814 | 2.49-2.68 | 0.2127 | 118 | 0.1794 | 2710 | 2828 | 2.68-2.95 | 0.2136 | 135 | 0.1804 | 2669 | 2804 | 2.95-3.38 | 0.2079 | 139 | 0.1756 | 2687 | 2826 | 3.38-4.26 | 0.1862 | 152 | 0.1921 | 2664 | 2816 | 4.26-42.76 | 0.1737 | 123 | 0.1802 | 2709 | 2832 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.1992 | -0.0776 | -0.1547 | 0.6206 | 0.0466 | 0.3448 | -0.093 | -0.174 | -0.0234 | 0.2687 | 0.0941 | 0.1472 | -0.1176 | -0.0572 | -0.0099 | 0.1851 | 0.0422 | 0.0025 | 0.1331 | 0.0064 | 0.1105 | 8.7772 | -7.643 | 5.8386 | 2 | 0.263 | -0.2844 | -0.0365 | 0.5229 | -0.351 | 0.6941 | -0.0245 | 0.0302 | 0.0336 | -0.0164 | 0.0209 | -0.0353 | -0.0709 | 0.0318 | -0.001 | 0.0883 | -0.0073 | -0.0101 | 0.0669 | -0.0048 | 0.0953 | 15.7814 | -13.7095 | -9.0773 | 3 | 0.6454 | -0.2905 | -0.0967 | 0.7034 | -0.1532 | 0.3827 | -0.0876 | 0.0511 | -0.1422 | 0.1623 | 0.0809 | 0.0297 | 0.0715 | -0.0322 | 0.0164 | 0.1283 | 0.0267 | 0.0157 | 0.0591 | 0.0153 | 0.1202 | 11.5683 | -24.8388 | 4.3424 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 5 through 79 )A5 - 79 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 80 through 169 )A80 - 169 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 170 through 254 )A170 - 254 | | | | | | |
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