PDB-7zpw: Crystal structure of Pizza6-TSK-TSH with Silicotungstic Acid (STA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7zpw

タイトル

Crystal structure of Pizza6-TSK-TSH with Silicotungstic Acid (STA) polyoxometalate

要素

Pizza6-TSK-TSH

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / beta propeller / synthetic / designer / polyoxometalate / STA / co-crystal / silicotungstic acid

機能・相同性

Keggin (STA)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Wouters, S.M.L. / Kamata, K. / Takahashi, K. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

資金援助

ベルギー, 3件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Mutational study of a symmetry matched protein-polyoxometalate interface.
著者: Wouters, S.M.L. / Kamata, K. / Takahashi, K. / Vandebroek, L. / Parac-Vogt, T.N. / Tame, J.R.H. / Voet, A.R.D.

履歴

登録	2022年4月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7zpw.cif.gz	199.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7zpw.ent.gz	160.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7zpw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7zpw_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7zpw_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	7zpw_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	7zpw_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ww9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pizza6-TSK-TSH

D: Pizza6-TSK-TSH

ヘテロ分子

54.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Pizza6-TSK-TSH

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
28.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Pizza6-TSK-TSH

登録者が定義した集合体
25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.777, 44.904, 119.921
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.030, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Pizza6-TSK-TSH 分子量: 25761.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SIW / Keggin (STA) 分子量: 2874.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₄₀SiW₁₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.47 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→39.97 Å / Num. obs: 37885 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 19.6 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.104 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 488930 / Scaling rejects: 547

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.8-1.84	9.6	0.226	19312	2022	0.99	0.075	0.239	6.5	92.5
9-39.97	7.5	0.103	2076	278	0.948	0.05	0.117	20.1	84.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.23 Å	39.97 Å
Translation	4.23 Å	39.97 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2-4158	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WW9

3ww9

解像度: 1.8→39.97 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 30.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	3947	5.38 %
R_work	0.1943	69446	-
obs	0.196	37885	97.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.06 Å² / B_iso mean: 22.4857 Å² / B_iso min: 7.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.8→39.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3527	0	212	301	4040
B_iso mean	-	-	20.21	28.83	-
残基数	-	-	-	-	502

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3315	158	0.3016	2164	2322	91
1.82-1.85	0.3002	190	0.2876	2299	2489	92
1.85-1.87	0.2993	132	0.2653	2410	2542	93
1.87-1.89	0.2078	199	0.2264	2278	2477	94
1.89-1.92	0.2879	122	0.2435	2453	2575	95
1.92-1.95	0.3277	124	0.2288	2567	2691	97
1.95-1.98	0.2099	141	0.2136	2376	2517	97
1.98-2.01	0.258	138	0.2088	2520	2658	98
2.01-2.05	0.3125	186	0.1751	2536	2722	98
2.05-2.09	0.222	156	0.1863	2354	2510	99
2.09-2.13	0.2615	114	0.1982	2583	2697	99
2.13-2.17	0.236	119	0.2042	2557	2676	99
2.17-2.22	0.2912	176	0.1847	2398	2574	99
2.22-2.27	0.1511	139	0.1755	2524	2663	99
2.27-2.32	0.3122	100	0.193	2495	2595	99
2.32-2.39	0.2341	124	0.1881	2628	2752	99
2.39-2.46	0.2828	126	0.1999	2564	2690	99
2.46-2.54	0.2037	126	0.2138	2464	2590	99
2.54-2.63	0.2674	131	0.1857	2617	2748	99
2.63-2.73	0.2273	198	0.1979	2429	2627	99
2.73-2.86	0.1856	114	0.1989	2564	2678	99
2.86-3.01	0.2027	141	0.2125	2588	2729	100
3.01-3.2	0.3065	140	0.1961	2511	2651	100
3.2-3.44	0.2513	128	0.1871	2525	2653	100
3.44-3.79	0.261	112	0.1908	2559	2671	100
3.79-4.33	0.1625	149	0.1697	2530	2679	100
4.34-5.45	0.1595	125	0.1512	2546	2671	100
5.46-39.97	0.1669	139	0.2063	2407	2546	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2555	-0.1332	-0.2048	0.5399	0.3889	1.2888	0.0471	-0.2553	-0.1873	0.0316	0.2203	-0.0368	0.7867	0.2508	0.703	0.1757	-0.0268	-0.0676	-0.0321	-0.022	0.128	-12.0935	2.0702	15.318
2	0.6762	0.2345	0.0574	0.3669	-0.2482	1.6074	0.0867	0.112	-0.0725	0.068	0.1079	-0.0819	-0.2094	0.4901	0.5744	0.0865	-0.0313	0.0342	0.1156	-0.037	0.1209	-4.3928	17.9426	15.1359
3	0.4715	-0.3024	0.4289	0.5687	-0.0193	1.6143	0.2253	-0.1493	0.0336	-0.0163	0.0474	0.0978	-0.156	-0.6972	0.7493	0.0548	0.0779	0.0092	0.0729	0.051	0.1319	-22.1211	17.022	14.9533
4	0.9367	-0.2334	0.021	0.2953	-0.4751	1.2426	0.1522	-0.1565	-0.1471	-0.1912	0.0403	0.013	0.6142	0.2254	0.499	0.1634	0.0517	-0.0634	0.0958	0.0019	0.137	-8.1248	1.5862	44.2786
5	0.6409	0.2538	0.2126	0.2104	-0.1162	1.2586	0.0735	0.2109	-0.2022	-0.1584	0.1382	0.0329	0.5598	-0.1055	0.7461	0.1151	-0.1409	-0.0546	0.0733	0.0633	0.1488	-19.2987	2.5835	44.7523
6	0.6374	0.2296	-0.249	0.1786	0.2367	1.82	0.3182	-0.039	0.0505	0.0069	0.0291	0.0975	-0.0491	-0.7058	1.0292	0.0535	0.0062	0.01	0.2001	0.0657	0.1408	-24.8043	12.9594	44.7801
7	0.2028	-0.1116	-0.1893	0.9979	-0.4172	1.5105	0.0145	0.1736	-0.0124	-0.228	0.1964	0.0948	-0.2695	-0.4066	1.142	0.2167	0.065	0.0848	-0.0174	-0.028	0.1405	-18.401	22.9204	44.7564
8	0.2806	0.1557	0.4669	0.9515	0.0325	2.0592	0.0364	0.1923	0.1873	0.1756	0.3185	-0.0891	-0.6674	0.4565	0.9383	0.1432	-0.0652	0.0463	0.0199	-0.0843	0.1192	-6.7485	22.3936	44.9541
9	0.6112	-0.2066	-0.1637	0.147	-0.0814	0.8818	0.231	0.0526	0.2428	-0.0489	0.0806	-0.126	-0.2394	0.5303	0.8592	-0.0837	0.063	-0.1478	0.2198	-0.0853	0.1038	-1.1774	11.9076	45.2275

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 82 )	A	2 - 82
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 166 )	A	83 - 166
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 252 )	A	167 - 252
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 2 through 40 )	D	2 - 40
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 41 through 82 )	D	41 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 83 through 124 )	D	83 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 125 through 166 )	D	125 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 167 through 208 )	D	167 - 208
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 209 through 252 )	D	209 - 252

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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