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- PDB-7zpn: Crystal Structure of IscR from Dinoroseobacter shibae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zpn
タイトルCrystal Structure of IscR from Dinoroseobacter shibae
要素HTH-type transcriptional regulator
キーワードGENE REGULATION / transcription regulator / iron dependent regulator / DNA binding
機能・相同性Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / HTH-type transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Lukat, P. / Ploetzky, L. / Blankenfeldt, W. / Jahn, D. / Haertig, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dinoroseobacter shibae IscR homolog acts as a repressor for iron acquisition genes
著者: Ploetzky, L. / Maass, H. / Behringer, M. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Jahn, D. / Haertig, E.
履歴
登録2022年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator
B: HTH-type transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,23110
ポリマ－39,4672
非ポリマー7658
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-109 kcal/mol
Surface area12900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.971, 70.971, 149.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-349-

HOH

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator


分子量: 19733.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HTH-type transcriptional regulator IscR from Dinoroseobacter shibae containing N-terminal Strep-tag II and PreScission protease cleavage site (not cleaved)
由来: (組換発現) Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (バクテリア)
株: DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12 / 遺伝子: iscR, Dshi_1633 / プラスミド: pET52bStrepII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21CD+(DE3)RIL / 参照: UniProt: A8LL11
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 30 % (v/v) PEG 200 100 mM CAPS/ NaOH pH 10,5 200 mM Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→56.87 Å / Num. obs: 33461 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 43.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 29.7 / Num. measured all: 656968
反射 シェル解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 1.053 / Num. measured all: 95731 / Num. unique obs: 4798 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.241 / Rrim(I) all: 1.081 / Net I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2-4158精密化
autoPROC1.0.5 (20190301)data processing
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CIC

4cic


解像度: 1.94→56.87 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 1706 5.11 %
Rwork0.194 31704 -
obs0.195 33410 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 174.86 Å2 / Biso mean: 59.26 Å2 / Biso min: 30.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.94→56.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1970 0 48 97 2115
Biso mean--82.97 54.78 -
残基数----256
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.94-1.990.33281550.311725622717
1.99-2.060.2771330.267426072740
2.06-2.130.24681330.212326262759
2.13-2.220.20941370.187326112748
2.22-2.320.20621410.196926122753
2.32-2.440.23241600.200325922752
2.44-2.590.25861330.234326202753
2.59-2.790.27531310.198826422773
2.79-3.070.2371390.212226622801
3.07-3.520.22071420.197826582800
3.52-4.430.19091700.161826732843
4.43-56.870.20461320.1928392971
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19780.14960.0690.24480.07150.0928-0.02990.5832-0.61730.0086-0.283-0.52130.46331.0865-0.00020.9113-0.076-0.04591.04360.03920.740621.677421.450359.607
23.04410.2377-0.05291.4316-0.10341.9031-0.06671.2481.1047-0.42760.22180.4511-0.8164-0.42190.02780.4299-0.1335-0.01380.41380.01650.3757.87514.961657.1512
30.0949-0.08550.07020.0788-0.0630.05170.19-0.39870.48172.0614-0.29970.72930.1706-1.1168-0.01080.9145-0.22480.13240.7367-0.0820.4408-3.24354.895560.0473
40.3157-0.3776-0.01440.5330.09990.2674-0.2970.29860.2158-0.6020.15071.0541-0.3927-0.8543-0.00030.4758-0.1126-0.07580.6350.04120.56731.089811.932149.9229
50.1393-0.0420.22390.40760.20610.52430.00720.8086-0.09-0.5567-0.1342-0.39320.04160.8788-0.00090.4152-0.1279-0.01120.5194-0.01350.397412.34795.819352.7393
61.9275-0.7561-0.31481.04930.57310.43650.2847-0.253-0.31620.536-0.2863-0.23090.6773-0.30740.00020.5459-0.2125-0.00970.39370.00060.29366.19813.175762.5255
70.70090.4133-0.50241.12580.35180.83470.1429-0.29220.11870.1848-0.23410.22890.04550.2449-0.00030.3969-0.1213-0.02560.4087-0.0320.40514.458714.111861.1991
80.67310.77450.1330.81070.13940.4726-0.13810.04820.6993-0.2984-0.01280.8118-0.3026-0.10880.00010.4565-0.0924-0.03010.3797-0.02410.540211.231828.58464.0318
92.26980.7758-1.0721.6833-0.37960.5073-0.1014-1.1666-0.85861.2373-0.1941-0.3376-0.05370.5651-0.020.6529-0.202-0.05320.58620.10010.423431.192537.501574.3276
100.34030.33060.05990.34020.00160.13920.12871.2310.0209-0.5378-0.1731-0.0142-0.0282-0.13070.00040.9888-0.0374-0.02260.895-0.10410.827422.91830.441158.3186
111.8568-0.4632-0.3221.1470.1290.9411-0.10070.5952-0.8661-0.06290.2858-0.78820.62721.10530.01770.415-0.09540.02150.42730.00420.493635.968636.882362.1371
120.66970.1927-0.26511.4458-0.98070.90570.0967-0.2328-0.24080.66690.0181-1.0074-0.06890.87860.0020.5104-0.14190.04630.63820.01130.668845.442642.724562.4136
132.38151.33680.29692.957-0.28473.2454-0.08390.22510.0672-0.40030.04960.0576-0.38740.2017-0.00810.4761-0.16560.00150.39440.02870.36434.250345.909959.5185
140.2812-0.002-0.49991.67680.2941.39090.1556-0.0621-0.62730.0988-0.2299-0.81070.15560.2752-0.00010.4685-0.1548-0.06460.40880.1020.465427.274426.374769.8767
150.42930.24110.09990.25370.20810.4218-0.3564-0.32660.2760.46570.04820.7876-0.5901-0.4090.00020.5592-0.06830.00190.4462-0.02240.46774.747719.356968.9285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID -7 THROUGH 4 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 5 THROUGH 19 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 20 THROUGH 27 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 28 THROUGH 38 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 39 THROUGH 51 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 52 THROUGH 75 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 76 THROUGH 103 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 104 THROUGH 126 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 127 THROUGH 137 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID -7 THROUGH 4 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 19 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 20 THROUGH 38 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 39 THROUGH 103 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 104 THROUGH 126 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 127 THROUGH 137 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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