+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7zpn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of IscR from Dinoroseobacter shibae | ||||||
Components | HTH-type transcriptional regulator | ||||||
Keywords | GENE REGULATION / transcription regulator / iron dependent regulator / DNA binding | ||||||
Function / homology | Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / HTH-type transcriptional regulator Function and homology information | ||||||
Biological species | Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.94 Å | ||||||
Authors | Lukat, P. / Ploetzky, L. / Blankenfeldt, W. / Jahn, D. / Haertig, E. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Dinoroseobacter shibae IscR homolog acts as a repressor for iron acquisition genes Authors: Ploetzky, L. / Maass, H. / Behringer, M. / Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Jahn, D. / Haertig, E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7zpn.cif.gz | 168.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7zpn.ent.gz | 137.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7zpn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7zpn_validation.pdf.gz | 457.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7zpn_full_validation.pdf.gz | 458.3 KB | Display | |
Data in XML | 7zpn_validation.xml.gz | 12.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7zpn_validation.cif.gz | 16.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4cicS S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 19733.432 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: HTH-type transcriptional regulator IscR from Dinoroseobacter shibae containing N-terminal Strep-tag II and PreScission protease cleavage site (not cleaved) Source: (gene. exp.) Dinoroseobacter shibae DFL 12 = DSM 16493 (bacteria) Strain: DSM 16493 / NCIMB 14021 / DFL 12 / Gene: iscR, Dshi_1633 / Plasmid: pET52bStrepII / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21CD+(DE3)RIL / References: UniProt: A8LL11 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-GOL / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.3 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 10.5 Details: 30 % (v/v) PEG 200 100 mM CAPS/ NaOH pH 10,5 200 mM Ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, DESY / Beamline: P11 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 20, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.94→56.87 Å / Num. obs: 33461 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 43.51 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 29.7 / Num. measured all: 656968 |
Reflection shell | Resolution: 1.94→2.04 Å / Redundancy: 20 % / Rmerge(I) obs: 1.053 / Num. measured all: 95731 / Num. unique obs: 4798 / CC1/2: 0.871 / Rpim(I) all: 0.241 / Rrim(I) all: 1.081 / Net I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4CIC Resolution: 1.94→56.87 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 23.28 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 174.86 Å2 / Biso mean: 59.26 Å2 / Biso min: 30.13 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.94→56.87 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|