ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.19.2-4158 | 精密化 | XDS | | データ削減 | Aimless | 0.7.7データスケーリング | PHASER | 2.8.3位相決定 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3WW9 解像度: 1.66→42.94 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.59 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2237 | 2376 | 4.92 % |
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Rwork | 0.2042 | 45892 | - |
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obs | 0.2052 | 25993 | 99.89 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 58.37 Å2 / Biso mean: 24.8999 Å2 / Biso min: 11.04 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.66→42.94 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1718 | 0 | 159 | 122 | 1999 |
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Biso mean | - | - | 34.75 | 30.13 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 243 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.66-1.69 | 0.4165 | 133 | 0.2877 | 2647 | 2780 | 99 | 1.69-1.73 | 0.2627 | 129 | 0.274 | 2721 | 2850 | 100 | 1.73-1.77 | 0.3205 | 129 | 0.2756 | 2717 | 2846 | 100 | 1.77-1.82 | 0.2931 | 147 | 0.2417 | 2700 | 2847 | 100 | 1.82-1.86 | 0.3135 | 152 | 0.2467 | 2694 | 2846 | 100 | 1.86-1.92 | 0.2835 | 139 | 0.2248 | 2691 | 2830 | 100 | 1.92-1.98 | 0.2523 | 151 | 0.2083 | 2713 | 2864 | 100 | 1.98-2.05 | 0.2516 | 120 | 0.193 | 2709 | 2829 | 100 | 2.05-2.13 | 0.2311 | 154 | 0.1967 | 2691 | 2845 | 100 | 2.13-2.23 | 0.2557 | 138 | 0.211 | 2687 | 2825 | 100 | 2.23-2.35 | 0.2059 | 161 | 0.1904 | 2700 | 2861 | 100 | 2.35-2.5 | 0.266 | 130 | 0.211 | 2696 | 2826 | 100 | 2.5-2.69 | 0.211 | 115 | 0.2082 | 2737 | 2852 | 100 | 2.69-2.96 | 0.2637 | 131 | 0.2226 | 2709 | 2840 | 100 | 2.96-3.39 | 0.2391 | 125 | 0.1878 | 2705 | 2830 | 100 | 3.39-4.27 | 0.1873 | 190 | 0.1892 | 2663 | 2853 | 100 | 4.27-42.94 | 0.1718 | 132 | 0.1868 | 2712 | 2844 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.1299 | -0.067 | -0.0075 | 0.2283 | -0.1925 | 0.3217 | -0.0193 | -0.0304 | -0.1083 | -0.057 | -0.1044 | 0.111 | 0.1111 | -0.2025 | -0.0048 | 0.1161 | -0.0065 | 0.015 | 0.162 | -0.0033 | 0.1095 | 4.0697 | 10.4894 | 19.9144 | 2 | 0.9453 | 0.6874 | 0.1817 | 0.5767 | -0.0609 | 0.5214 | 0.081 | 0.089 | 0.239 | 0.0397 | -0.0454 | 0.1262 | -0.0937 | -0.1011 | -0.0071 | 0.0886 | 0.0059 | 0.0141 | 0.112 | 0.0062 | 0.1253 | 16.0598 | 16.8745 | 11.9737 | 3 | 0.0843 | -0.0802 | -0.2311 | 0.8867 | 0.1748 | 0.6429 | 0.167 | -0.3763 | -0.1614 | 0.0256 | -0.1086 | -0.1797 | 0.0307 | 0.1524 | 0.1798 | 0.1201 | -0.0434 | -0.0448 | 0.256 | 0.0511 | 0.1764 | 25.0368 | 10.2874 | 27.3677 | 4 | 0.6598 | 0.2868 | -0.0224 | 0.3481 | 0.0759 | 0.1541 | 0.0891 | -0.3721 | -0.0668 | 0.1431 | -0.1165 | -0.1365 | -0.0338 | 0.1329 | -0.1088 | 0.1935 | -0.0804 | -0.0244 | 0.2692 | 0.028 | 0.1276 | 10.8732 | 7.3289 | 31.157 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 4 through 39 )A4 - 39 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 40 through 132 )A40 - 132 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 133 through 207 )A133 - 207 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 208 through 251 )A208 - 251 | | | | | | | | |
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