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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zpf | ||||||
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タイトル | Three-dimensional structure of AIP56, a short-trip single chain AB toxin from Photobacterium damselae subsp. piscicida. | ||||||
要素 | Aip56 | ||||||
キーワード | TOXIN / Apoptosis-inducing protein of 56 kDa / AB-toxin / zinc-metalloprotease / NF-kB p65 target | ||||||
機能・相同性 | NFkB-p65-degrading zinc protease / NFkB-p65-degrading zinc protease / localization / NICKEL (II) ION / Aip56 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Photobacterium damselae subsp. piscicida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å | ||||||
データ登録者 | Lisboa, J. / Pereira, P.J.B. / dos Santos, N.M.S. | ||||||
資金援助 | ポルトガル, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Unconventional structure and mechanisms for membrane interaction and translocation of the NF-kappa B-targeting toxin AIP56. 著者: Lisboa, J. / Pereira, C. / Pinto, R.D. / Rodrigues, I.S. / Pereira, L.M.G. / Pinheiro, B. / Oliveira, P. / Pereira, P.J.B. / Azevedo, J.E. / Durand, D. / Benz, R. / do Vale, A. / Dos Santos, N.M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zpf.cif.gz | 743.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zpf.ent.gz | 620.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zpf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7zpf_validation.pdf.gz | 480.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7zpf_full_validation.pdf.gz | 510.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7zpf_validation.xml.gz | 63.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7zpf_validation.cif.gz | 87.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zp/7zpf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59011.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Photobacterium damselae subsp. piscicida (バクテリア) 遺伝子: aip56, E4T25_16935 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VL32 #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-NI / #4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 400 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8.5, 15 % PEG 4K, 10 mM Taurine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.972 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.54→46.28 Å / Num. obs: 52848 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.54→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 1.036 / Num. unique obs: 2640 / CC1/2: 0.488 / Rpim(I) all: 0.509 / Rrim(I) all: 1.158 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: AlphaFold2 解像度: 2.54→46.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.411
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原子変位パラメータ | Biso mean: 65.95 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.42 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.54→46.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.54→2.71 Å
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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