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- PDB-7zpf: Three-dimensional structure of AIP56, a short-trip single chain A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zpf
タイトルThree-dimensional structure of AIP56, a short-trip single chain AB toxin from Photobacterium damselae subsp. piscicida.
要素Aip56
キーワードTOXIN / Apoptosis-inducing protein of 56 kDa / AB-toxin / zinc-metalloprotease / NF-kB p65 target
機能・相同性NFkB-p65-degrading zinc protease / NFkB-p65-degrading zinc protease / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Aip56
機能・相同性情報
生物種Photobacterium damselae subsp. piscicida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.54 Å
データ登録者Lisboa, J. / Pereira, P.J.B. / dos Santos, N.M.S.
資金援助 ポルトガル, 1件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia268319 - PTDC/BIA-MIC/29910/2017-029910 ポルトガル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Unconventional structure and mechanisms for membrane interaction and translocation of the NF-kappa B-targeting toxin AIP56.
著者: Lisboa, J. / Pereira, C. / Pinto, R.D. / Rodrigues, I.S. / Pereira, L.M.G. / Pinheiro, B. / Oliveira, P. / Pereira, P.J.B. / Azevedo, J.E. / Durand, D. / Benz, R. / do Vale, A. / Dos Santos, N.M.S.
履歴
登録2022年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月31日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22023年6月28日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年5月1日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aip56
B: Aip56
C: Aip56
D: Aip56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,00517
ポリマ－236,0484
非ポリマー95713
水3,729207
1
A: Aip56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,2284
ポリマ－59,0121
非ポリマー2163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Aip56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4466
ポリマ－59,0121
非ポリマー4345
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Aip56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1363
ポリマ－59,0121
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Aip56
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1954
ポリマ－59,0121
非ポリマー1833
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.129, 193.85, 91.616
Angle α, β, γ (deg.)90, 113.24, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Aip56


分子量: 59011.941 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Photobacterium damselae subsp. piscicida (バクテリア)
遺伝子: aip56, E4T25_16935 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2VL32
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 400 mM sodium acetate, 100 mM Tris pH 8.5, 15 % PEG 4K, 10 mM Taurine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.54→46.28 Å / Num. obs: 52848 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 48.9 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.54→2.78 Å / Rmerge(I) obs: 1.036 / Num. unique obs: 2640 / CC1/2: 0.488 / Rpim(I) all: 0.509 / Rrim(I) all: 1.158

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4精密化
PHENIX1.2精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold2

解像度: 2.54→46.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU Rfree Blow DPI: 0.411
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2823 2563 -RANDOM
Rwork0.2396 ---
obs0.2417 52848 69.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.2802 Å20 Å22.0531 Å2
2---0.254 Å20 Å2
3----1.0262 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.54→46.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14635 0 38 207 14880
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00915071HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9620419HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5071SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2599HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15071HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1891SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11423SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.73
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.99
LS精密化 シェル解像度: 2.54→2.71 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3297 62 -
Rwork0.3211 --
obs0.3216 1057 7.95 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4597-1.7886-0.90181.3669-0.11011.3469-0.11650.4591-0.19480.4591-0.22850.2617-0.19480.26170.3449-0.0374-0.14070.1314-0.133-0.0306-0.0382.9087-2.2785-26.1396
23.18820.54470.70910.3649-0.19521.866-0.1237-0.21360.2917-0.2136-0.14140.43680.29170.43680.26510.0150.0945-0.0835-0.08760.0461-0.029913.171249.3065-12.7641
32.86741.3928-0.85490.23850.49383.77510.1298-0.4391-0.9128-0.4391-0.2781-0.9153-0.9128-0.91530.14830.06810.28760.2461-0.025-0.0512-0.18787.84842.1898-66.9423
42.4-0.75381.27020.14670.15693.81960.01240.19610.73240.1961-0.2476-0.64770.7324-0.64770.23520.0489-0.1153-0.1024-0.0276-0.1021-0.1629-17.733545.4114-56.1217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 504
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A507
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B4 - 504
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B507
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C4 - 504
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C507
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D3 - 504
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D507

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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