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- PDB-7zp6: Crystal structure of evolved photoenzyme EnT1.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zp6
タイトルCrystal structure of evolved photoenzyme EnT1.3
要素Diisopropyl-fluorophosphatase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Designed photoenzyme / [2+2]-cyclase / genetic code expansion / Engineered enzyme
機能・相同性diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / : / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / SMP-30/Gluconolactonase/LRE-like region / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / calcium ion binding / Diisopropyl-fluorophosphatase
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hardy, F.J. / Levy, C.
資金援助European Union, 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)757991European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M027023/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/023755/1 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: A designed photoenzyme for enantioselective [2+2] cycloadditions.
著者: Trimble, J.S. / Crawshaw, R. / Hardy, F.J. / Levy, C.W. / Brown, M.J.B. / Fuerst, D.E. / Heyes, D.J. / Obexer, R. / Green, A.P.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diisopropyl-fluorophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2431
ポリマ－36,2431
非ポリマー00
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area13430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.894, 75.596, 78.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Diisopropyl-fluorophosphatase / DFPase


分子量: 36242.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7SIG4, EC: 3.1.8.2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M HEPES, pH = 7.0, 20% w/v PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→54.66 Å / Num. obs: 24554 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 18.41 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 8.95
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 13.8 % / Rmerge(I) obs: 0.873 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / Num. unique obs: 2405 / CC1/2: 0.872 / CC star: 0.965 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3i1c

3i1c


解像度: 1.9→54.66 Å / SU ML: 0.1813 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.4506
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 1239 5.04 %
Rwork0.169 23327 -
obs-24554 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→54.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2524 0 0 274 2798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00542646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89673601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0563375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008478
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.1808363
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.980.26021380.21012544X-RAY DIFFRACTION99.7
1.98-2.070.24771390.18632527X-RAY DIFFRACTION100
2.07-2.170.22181280.17562569X-RAY DIFFRACTION99.96
2.17-2.310.23331590.17342550X-RAY DIFFRACTION99.96
2.31-2.490.20211410.16662542X-RAY DIFFRACTION99.96
2.49-2.740.22911320.16672586X-RAY DIFFRACTION99.96
2.74-3.140.2381100.17382633X-RAY DIFFRACTION100
3.14-3.950.19891310.15772644X-RAY DIFFRACTION100
3.95-42.720.1841610.16032732X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 13.2208068339 Å / Origin y: 2.27477042219 Å / Origin z: 10.8412021876 Å
111213212223313233
T0.0969273240475 Å2-0.00234936648741 Å20.00512800323622 Å2-0.0883843379429 Å20.0022869065888 Å2--0.12061088249 Å2
L0.662312069352 °2-0.0220439192111 °20.209693612802 °2-0.53670843024 °2-0.214352213231 °2--1.5916491937 °2
S0.00108542374866 Å °-0.0289360162077 Å °-0.00930990481549 Å °0.0265967911765 Å °0.00782959501522 Å °-0.0136062367547 Å °-0.101818068337 Å °-0.00827343218686 Å °-0.0104210733523 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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