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- PDB-7zp0: Crystal structure of CusS histidine kinase catalytic core from Es... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zp0
タイトルCrystal structure of CusS histidine kinase catalytic core from Escherichia coli
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / histidine kinase / two-component signal transduction system / copper resistance
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CusS sensor domain / Heavy metal sensor kinase / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain ...: / CusS sensor domain / Heavy metal sensor kinase / : / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli 'BL21-GoldpLysS AG'
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.398 Å
データ登録者Cociurovscaia, A. / Bujacz, G. / Pietrzyk-Brzezinska, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli CusS kinase core.
著者: Cociurovscaia, A. / Bujacz, G. / Pietrzyk-Brzezinska, A.J.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年4月10日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
C: Sensor protein
D: Sensor protein
E: Sensor protein
F: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,96910
ポリマ－143,7216
非ポリマー2484
水23,3111294
1
A: Sensor protein
B: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9072
ポリマ－47,9072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22650 Å2
2
C: Sensor protein
D: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9693
ポリマ－47,9072
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area22350 Å2
3
E: Sensor protein
F: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0935
ポリマ－47,9072
非ポリマー1863
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22950 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.757, 129.095, 69.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.090, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Sensor protein


分子量: 23953.525 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: First four amino acid residues at the N-terminus (GAMA) were retained after tag cleavage. The protein represents the fragment of CusS involving the residues 268-480.
由来: (組換発現) Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株: DE3 / 遺伝子: cusS, CWS33_25405, GNZ05_00640, NCTC8985_02504
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A2J1D710, histidine kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.74 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 7.5 % Tacsimate pH 7.0, 0.1 M HEPES pH 7.0, 10 % mmePEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.398→36.628 Å / Num. obs: 240118 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.75 % / Biso Wilson estimate: 20.24 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 15.48
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
1.4-1.481.43383960.98198.1
1.48-1.586.6252.71364520.88599
1.58-1.717.034.88340900.9699.60.3080.332
1.71-1.876.6818.52312190.98698.80.1740.189
1.87-2.16.82816.97282900.995990.10.109
2.1-2.426.55426.83248770.99798.60.0630.068
2.42-2.966.97137.9212820.99899.70.0470.05
2.96-4.186.43544.92163890.99898.80.040.044
4.18-36.6286.62248.3591230.999990.0360.039

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2c2a

2c2a


解像度: 1.398→36.628 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2186 2520 1.05 %
Rwork0.1768 237511 -
obs0.1773 240031 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 200.88 Å2 / Biso mean: 36.8444 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.398→36.628 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10066 0 16 1294 11376
Biso mean--52.5 38.62 -
残基数----1300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00610332
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05813994
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041643
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051849
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2443942
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.398-1.42480.30821360.27351274696
1.4248-1.45390.3451400.28041320299
1.4539-1.48550.33131380.2751313599
1.4855-1.520.27161400.22881318299
1.52-1.55810.29221400.21191313699
1.5581-1.60020.21991400.18471319799
1.6002-1.64730.24771410.18113331100
1.6473-1.70040.24631410.18111328999
1.7004-1.76120.24161400.1831319299
1.7612-1.83170.23681400.18391319099
1.8317-1.91510.28261390.19681304498
1.9151-2.0160.21841400.19181321099
2.016-2.14230.22181410.17761323899
2.1423-2.30770.23041400.17741319698
2.3077-2.53990.19141400.17681323099
2.5399-2.90730.22541420.178513359100
2.9073-3.66240.21071400.16691324199
3.6624-36.6280.18461420.15621339399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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