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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zos | |||||||||
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タイトル | Class 1 Phytoglobin from Sugar beet (BvPgb1.2) | |||||||||
![]() | Non-symbiotic hemoglobin class 1 | |||||||||
![]() | OXYGEN BINDING / Plant Hemoglobin / Phytoglobin / Nitrogen Metabolism / Redox balance | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nyblom, M. / Christensen, S. / Eriksson, N. / Bulow, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Oxidative Implications of Substituting a Conserved Cysteine Residue in Sugar Beet Phytoglobin BvPgb 1.2. 著者: Christensen, S. / Groth, L. / Leiva-Eriksson, N. / Nyblom, M. / Bulow, L. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 838 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 839.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7z1uC ![]() 3zhwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19253.303 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-CYN / |
#4: 化合物 | ChemComp-FC6 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.75 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG6000, 0.1 M Citrate, pH 5.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→68.413 Å / Num. obs: 18443 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 38.56 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 23.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.901→1.934 Å / Num. unique obs: 907 / CC1/2: 0.727 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3zhw 解像度: 1.9→47.9 Å / SU ML: 0.1629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.2442 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.94 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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