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- PDB-7zom: Crystal structure of N-terminal catalytic domain of human PLAAT3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zom
タイトルCrystal structure of N-terminal catalytic domain of human PLAAT3
要素Phospholipase A and acyltransferase 3
キーワードHYDROLASE / NlpC/P60 / catalytic domain / phospholipase A and acyltransferase / enterovirus host factor / membrane remodelling
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane disassembly / regulation of adipose tissue development / ether lipid metabolic process / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS ...membrane disassembly / regulation of adipose tissue development / ether lipid metabolic process / organelle disassembly / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PC / Acyl chain remodelling of PI / Acyl chain remodelling of PS / Acyl chain remodelling of PE / phospholipase A1 activity / peroxisome organization / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity / lens fiber cell differentiation / phospholipid biosynthetic process / phospholipase A2 / peroxisomal membrane / triglyceride metabolic process / acyltransferase activity / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / response to bacterium / mitochondrial membrane / peroxisome / nuclear envelope / lysosome / lysosomal membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / mitochondrion / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Lecithin retinol acyltransferase / LRAT domain / LRAT domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A and acyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者von Castelmur, E. / Perrakis, A.
資金援助 スイス, オランダ, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO) オランダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of N-terminal catalytic domain of human PLAAT3
著者: von Castelmur, E. / Perrakis, A.
履歴
登録2022年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phospholipase A and acyltransferase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1804
ポリマ－14,8261
非ポリマー3553
水91951
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area830 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area6450 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)60.638, 60.638, 74.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Phospholipase A and acyltransferase 3 / Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / Group XVI phospholipase A1/A2 / H-rev 107 protein ...Adipose-specific phospholipase A2 / AdPLA / Group XVI phospholipase A1/A2 / H-rev 107 protein homolog / H-REV107 / HREV107-1 / HRAS-like suppressor 1 / HRAS-like suppressor 3 / HRSL3 / HREV107-3 / Renal carcinoma antigen NY-REN-65


分子量: 14825.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLAAT3, HRASLS3, HREV107, PLA2G16 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P53816, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの, phospholipase A1, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.61 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Hepes-NaOH pH7.0-7.5, 45-70% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97632 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97632 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→42.84 Å / Num. obs: 21212 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.033 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 21.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.651 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 999 / Rpim(I) all: 0.423 / Rrim(I) all: 0.779 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 1.601→42.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.076
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2091 1038 4.9 %
Rwork0.1846 20146 -
all0.186 --
obs-21184 99.671 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.056 Å20.528 Å20 Å2
2--1.056 Å2-0 Å2
3----3.426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数853 0 24 51 928
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.012968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.6571326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6755121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.11122.45353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65915175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.212156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02733
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1860.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1140.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.4643.309438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.2214.904549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it11.0474.042530
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.6645.765767
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.34745.3091371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.601-1.6420.281860.2791420X-RAY DIFFRACTION98.1747
1.642-1.6870.295920.2581419X-RAY DIFFRACTION99.8018
1.687-1.7360.264680.2421408X-RAY DIFFRACTION99.7972
1.736-1.7890.296780.2371335X-RAY DIFFRACTION100
1.789-1.8480.201640.2071318X-RAY DIFFRACTION99.9277
1.848-1.9130.234630.191263X-RAY DIFFRACTION99.6243
1.913-1.9850.232780.191229X-RAY DIFFRACTION99.8472
1.985-2.0660.223530.1921174X-RAY DIFFRACTION99.6751
2.066-2.1580.212500.1841160X-RAY DIFFRACTION99.7527
2.158-2.2630.204560.1761094X-RAY DIFFRACTION99.9131
2.263-2.3850.183470.1711056X-RAY DIFFRACTION99.9094
2.385-2.5290.229430.184992X-RAY DIFFRACTION99.8071
2.529-2.7030.192490.185908X-RAY DIFFRACTION99.7915
2.703-2.9190.187370.185899X-RAY DIFFRACTION99.7868
2.919-3.1970.212460.182801X-RAY DIFFRACTION100
3.197-3.5730.181340.174738X-RAY DIFFRACTION99.4845
3.573-4.1220.148340.149641X-RAY DIFFRACTION99.1189
4.122-5.0410.196290.147569X-RAY DIFFRACTION100
5.041-7.0960.223200.214444X-RAY DIFFRACTION100
7.096-42.840.34110.241278X-RAY DIFFRACTION98.9726

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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