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- PDB-7zoe: IPNS H270E variant in complex with Fe and ACV under anaerobic con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zoe
タイトルIPNS H270E variant in complex with Fe and ACV under anaerobic conditions
要素Isopenicillin N synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Isopenicillin N synthase / Active site mutations / anaerobic conditions / antibiotic biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


isopenicillin-N synthase / isopenicillin-N synthase activity / penicillin biosynthetic process / L-ascorbic acid binding / iron ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isopenicillin N synthase signature 1. / Isopenicillin N synthase, conserved site / Isopenicillin N synthase signature 2. / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / : / Isopenicillin N synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Rabe, P. / Schofield, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
Wellcome Trust106244/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: IPNS H270E variant in complex with Fe and ACV under anaerobic conditions
著者: Rabe, P. / Schofield, C.J.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isopenicillin N synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1665
ポリマ－37,5551
非ポリマー6114
水8,341463
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area14220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)41.410, 74.732, 101.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Isopenicillin N synthase / IPNS


分子量: 37554.805 Da / 分子数: 1 / 変異: H270E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aspergillus nidulans FGSC A4 (カビ)
株: FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139 / 遺伝子: ipnA, ips, AN2622 / プラスミド: pCOLD_IPNS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P05326, isopenicillin-N synthase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-ACV / L-D-(A-AMINOADIPOYL)-L-CYSTEINYL-D-VALINE / δ-(L-α-アミノアジポイル)-L-システイニル-D-バリン


分子量: 363.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H25N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 % / 解説: needle, 4 um x 4 um x 120 um
結晶化温度: 298 K / 手法: batch mode / pH: 8 / 詳細: 1.7 M Li2SO4, 0.1 M Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→60.15 Å / Num. obs: 51282 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 14.62 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.171 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 687457
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.5-1.5313.71.23481425400.660.4191.57199.9
4.07-60.212.545.43476627920.0150.053100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZAE

6zae


解像度: 1.5→60.15 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1867 2550 4.98 %
Rwork0.1565 48658 -
obs0.158 51208 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.46 Å2 / Biso mean: 19.5166 Å2 / Biso min: 8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→60.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2614 0 35 463 3112
Biso mean--19.78 29.26 -
残基数----329
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.5-1.530.24181330.253426852818
1.53-1.560.30611280.245126462774
1.56-1.590.24171520.221526772829
1.59-1.630.26141430.205326292772
1.63-1.670.2221510.195126612812
1.67-1.720.22071220.194126922814
1.72-1.770.22491410.183826762817
1.77-1.820.23041170.180927142831
1.82-1.890.21191390.169826732812
1.89-1.970.19371400.16526992839
1.97-2.050.1941470.143926482795
2.06-2.160.17041290.146327282857
2.16-2.30.181610.143126852846
2.3-2.480.17851530.135626982851
2.48-2.730.16791530.139627192872
2.73-3.120.16521490.144627272876
3.12-3.930.13991460.135727842930
3.93-60.150.1961460.149129173063
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1751-0.42940.65573.3098-2.43073.51040.06730.1206-0.0359-0.1934-0.1307-0.04670.14530.19930.05630.10720.00980.02430.1334-0.03880.098615.8544-4.0411-14.9589
22.00760.7631-0.18421.07090.46143.66970.03210.0163-0.0210.03850.0492-0.1183-0.09250.3745-0.09660.07660.041-0.01230.07230.01390.131322.67251.14031.669
36.6133-1.1-2.08846.2377-0.50215.42970.1567-0.14460.24710.1307-0.0862-0.0238-0.29130.0849-0.04890.1362-0.0008-0.0010.0741-0.00240.031910.9286.69523.9849
40.8209-0.46480.41052.4772-1.2891.9162-0.0878-0.10820.06880.25440.10010.0422-0.2393-0.1665-0.01920.1030.0080.01020.0983-0.01540.09489.40526.786614.707
55.3137-0.4750.99281.0944-0.07291.9349-0.0828-0.45570.22920.08590.1024-0.0233-0.3202-0.07970.01490.17070.00250.02150.0913-0.02940.08649.263415.440613.095
61.55591.43962.4561.86862.99847.8398-0.00530.06970.0383-0.02410.037-0.0131-0.28550.1853-0.03290.08920.0030.01570.0839-0.00060.099315.5319.5652-2.5329
70.32130.13880.63921.37792.46818.51530.00480.05840.067-0.1958-0.03250.0966-0.5476-0.3260.03750.10010.02420.00290.12450.0210.12764.66659.937-9.5017
81.06180.03150.43980.8416-0.20421.63140.02720.0206-0.10010.0191-0.0081-0.03690.1314-0.004-0.0290.0930.00030.01330.0893-0.01550.113712.5199-8.90123.9527
91.63670.41040.58371.56860.36612.45110.03140.4007-0.1373-0.2512-0.07180.20810.0808-0.54890.04590.15980.0132-0.03210.3426-0.04260.1778-6.01071.7254-10.6324
102.5401-2.86082.83956.4948-5.41764.6839-0.1336-0.1839-0.1020.20180.32460.3274-0.0087-0.4814-0.23010.1229-0.00690.02220.1705-0.010.1458-0.7193-1.27898.3743
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 37 )A3 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 64 )A38 - 64
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 82 )A65 - 82
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 83 through 114 )A83 - 114
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 115 through 137 )A115 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 138 through 163 )A138 - 163
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 164 through 183 )A164 - 183
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 184 through 286 )A184 - 286
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 287 through 312 )A287 - 312
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 313 through 331 )A313 - 331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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