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- PDB-7zob: Metagenomic cytidine deaminase Cdd -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zob
タイトルMetagenomic cytidine deaminase Cdd
要素Metagenomic cytidine deaminase Cdd
キーワードHYDROLASE
機能・相同性Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種uncultured bacterium (環境試料)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Urbeliene, N. / Meskys, R.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Other government01.2.2-LMT-K-718-03-0082リトアニア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cytidine deaminases catalyze the conversion of N ( S , O ) 4 -substituted pyrimidine nucleosides.
著者: Urbeliene, N. / Tiskus, M. / Tamulaitiene, G. / Gasparaviciute, R. / Lapinskaite, R. / Jauniskis, V. / Sudzius, J. / Meskiene, R. / Tauraite, D. / Skrodenyte, E. / Urbelis, G. / Vaitekunas, J. / Meskys, R.
履歴
登録2022年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
B: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
C: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
D: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
E: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
F: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
G: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
H: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,67234
ポリマ－123,0668
非ポリマー2,60626
水12,863714
1
A: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
B: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
C: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
D: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,74016
ポリマ－61,5334
非ポリマー1,20712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15020 Å2
ΔGint-355 kcal/mol
Surface area17350 Å2
2
E: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
F: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
ヘテロ分子

E: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
F: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,12420
ポリマ－61,5334
非ポリマー1,59116
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area15280 Å2
ΔGint-364 kcal/mol
Surface area17650 Å2
3
G: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
H: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
ヘテロ分子

G: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
H: Metagenomic cytidine deaminase Cdd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,74016
ポリマ－61,5334
非ポリマー1,20712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area15080 Å2
ΔGint-345 kcal/mol
Surface area17430 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)97.484, 128.899, 97.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-306-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Metagenomic cytidine deaminase Cdd


分子量: 15383.194 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: cdd / プラスミド: pLATE3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 28% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.02 M magnesium acetate, 0.1 M Na-MES, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→77.752 Å / Num. all: 371946 / Num. obs: 371946 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 12.97 Å2 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.076 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 18.8 / Num. measured all: 2430277
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.2-1.266.60.3052.2357179541190.140.3660.3057.199.4
1.26-1.346.40.2113.2327759512570.1010.2590.2119.199.8
1.34-1.436.30.1474.6302875483800.0730.1860.14711.6100
1.43-1.556.60.0927.3298139449830.0460.120.09216.5100
1.55-1.76.60.0659.8273892414190.0340.090.06521.5100
1.7-1.96.40.05211.7239133374550.0290.0730.05225.599.9
1.9-2.1970.04712.6232725331060.0230.0620.04730.999.9
2.19-2.6870.04513.2194810279520.0210.0570.04532.999.9
2.68-3.796.30.05110135204215150.0280.0680.05132.299.5
3.79-77.7525.80.0639.468561117600.0370.0860.0633198.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXphenix-1.19.2-4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSVERSION Feb 5, 2021データ削減
SCALA6.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model using 1jtk as a template

1jtk


解像度: 1.2→60.72 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.69 / 位相誤差: 13.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1614 72696 9.92 %
Rwork0.1455 660091 -
obs0.1471 371871 98.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.54 Å2 / Biso mean: 18.0733 Å2 / Biso min: 9.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→60.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8073 0 146 714 8933
Biso mean--13.49 26.37 -
残基数----1075
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.2-1.210.19524810.1745217762425798
1.21-1.230.187124570.1606220592451699
1.23-1.240.17524260.1593219492437599
1.24-1.260.169324120.1557220412445399
1.26-1.280.165323730.1497220702444399
1.28-1.290.164123410.1449221962453799
1.29-1.310.167124430.1456221242456799
1.31-1.330.172223120.1524221022441499
1.33-1.350.167623860.1504221172450399
1.35-1.370.157224530.1467220522450599
1.37-1.40.159525020.1385219762447899
1.4-1.420.141225270.1241220642459199
1.42-1.450.139824570.1212221512460899
1.45-1.480.140924610.1216219272438899
1.48-1.510.137324930.1164219362442999
1.51-1.550.133624350.1117222572469299
1.55-1.590.140823790.1175220132439299
1.59-1.630.140423930.1218219632435699
1.63-1.680.144624250.1234220692449499
1.68-1.730.141325180.1222219542447299
1.73-1.790.142723520.1251220102436299
1.79-1.860.142424370.1283220522448999
1.86-1.950.158724290.1335221622459199
1.95-2.050.148124360.13522206124497100
2.05-2.180.140525020.13122218124683100
2.18-2.350.152624250.13262206724492100
2.35-2.590.157223560.14122225724613100
2.59-2.960.172422970.1555222292452699
2.96-3.730.164924140.1529215482396297
3.73-60.720.202923740.1939207282310293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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