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- PDB-7zo6: L1 metallo-beta-lactamase in complex with hydrolysed cefoxitin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7zo6
タイトルL1 metallo-beta-lactamase in complex with hydrolysed cefoxitin
要素Metallo-beta-lactamase L1
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / antibiotic / ligand / zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JNX / Metallo-beta-lactamase L1 type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Hinchliffe, P. / Spencer, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI100560 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Interactions of hydrolyzed beta-lactams with the L1 metallo-beta-lactamase: Crystallography supports stereoselective binding of cephem/carbapenem products.
著者: Hinchliffe, P. / Calvopina, K. / Rabe, P. / Mojica, M.F. / Schofield, C.J. / Dmitrienko, G.I. / Bonomo, R.A. / Vila, A.J. / Spencer, J.
履歴
登録2022年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5675
ポリマ－28,8951
非ポリマー6724
水3,207178
1
A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,26820
ポリマ－115,5784
非ポリマー2,68916
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area10110 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area38610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.345, 105.345, 97.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-578-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase L1 / Class B3 metallo-beta-lactamase L1 / Beta-lactamase type II / Penicillinase


分子量: 28894.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SoluBL21 / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-JNX / (2~{R},5~{S})-5-(aminocarbonyloxymethyl)-2-[(1~{S})-1-methoxy-2-oxidanyl-2-oxidanylidene-1-(2-thiophen-2-ylethanoylamino)ethyl]-5,6-dihydro-2~{H}-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / hydrolysed cefoxitin


分子量: 445.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19N3O8S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Hepes pH 7.75, 2.0 M ammonium sulphate, 1.5% PEG400. 1 ul protein (15 mg/ml) mixed with 1 ul reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→66.74 Å / Num. obs: 42005 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.9 % / Biso Wilson estimate: 33.65 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 1.61→1.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / Num. unique obs: 2063 / CC1/2: 0.566 / Rpim(I) all: 1.058 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7O0O

7o0o


解像度: 1.61→45.62 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.188 2120 5.05 %
Rwork0.164 39820 -
obs0.1653 41940 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.28 Å2 / Biso mean: 45.8766 Å2 / Biso min: 25.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.61→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1994 0 99 178 2271
Biso mean--54.75 45.89 -
残基数----266
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.61-1.650.35631350.379526072742
1.65-1.690.36961600.339925742734
1.69-1.730.29731430.299726012744
1.73-1.790.28921200.25826362756
1.79-1.840.30011250.232526292754
1.84-1.910.27181290.219526112740
1.91-1.990.24221320.186426452777
1.99-2.080.19821510.166326152766
2.08-2.190.18391350.153526392774
2.19-2.320.19061330.153326542787
2.32-2.50.2091590.150526432802
2.5-2.750.1851450.148826522797
2.75-3.150.16791450.156926952840
3.15-3.970.16931430.143927342877
3.97-45.620.17031650.158828853050
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5615-0.32420.19992.59341.71291.85180.0316-0.02180.172-0.0081-0.06810.0664-0.1445-0.33020.04940.36440.06970.03820.32910.03270.317633.428515.31339.5995
27.44974.70172.03247.4074.8515.03670.14020.23920.4802-0.2407-0.13150.2636-0.6006-0.2981-0.04640.41810.11740.05060.33530.06720.344535.191221.22922.9704
32.98090.09390.62288.7044-3.28566.53960.0337-0.02310.1177-0.1927-0.1009-0.5818-0.32150.160.05550.28110.06060.0680.2273-0.04870.266143.038315.5617.0729
41.983-0.33840.04831.18020.09451.53770.04820.02650.1248-0.0454-0.0349-0.00870.0506-0.0382-0.00350.31580.02030.01970.2534-0.01020.291546.82947.96189.4467
51.9051.3009-0.16128.72460.16341.42780.0469-0.21430.12090.3246-0.0018-0.0892-0.137-0.1273-0.02490.29080.04870.02180.278-0.01280.228241.9168.727321.8383
69.42657.58126.61786.17655.96576.38510.1067-0.5722-0.0260.4803-0.23590.29390.0764-0.26750.06650.3810.06030.03810.3830.01190.253243.25182.508629.2748
72.63711.44434.25892.9770.69338.7634-0.0385-0.20350.15390.25740.1907-0.0189-0.2792-0.5873-0.19560.36010.09390.06440.3629-0.01840.324732.619519.237623.5927
86.88754.6643-3.38913.7615-3.43823.2989-0.0078-0.2727-0.13130.3877-0.02020.0795-0.0228-0.230.0320.35910.04110.03240.39890.00610.284533.27180.83930.8175
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 56 )A2 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 57 through 70 )A57 - 70
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 71 through 92 )A71 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 93 through 156 )A93 - 156
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 157 through 201 )A157 - 201
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 202 through 215 )A202 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 216 through 245 )A216 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 246 through 267 )A246 - 267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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