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- PDB-7znp: Structure of AmedSP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7znp
タイトルStructure of AmedSP
要素Sucrose phosphorylase
キーワードHYDROLASE / Enzyme / phosphorylase
機能・相同性
機能・相同性情報


1,4-alpha-oligoglucan phosphorylase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Sucrose/Glucosylglycerate phosphorylase-related / Sucrose phosphorylase / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sucrose phosphorylase
類似検索 - 構成要素
生物種Alteromonas mediterranea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Fredslund, F. / Teze, D. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF20CC0035580 デンマーク
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of AmedSP
著者: Fredslund, F. / Teze, D. / Welner, D.H.
履歴
登録2022年4月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sucrose phosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7203
ポリマ－55,6601
非ポリマー602
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.456, 143.558, 72.797
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Space group name HallC22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z
#8: -x+1/2,-y+1/2,z

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要素

#1: タンパク質 Sucrose phosphorylase


分子量: 55659.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alteromonas mediterranea (バクテリア)
遺伝子: BM525_11180 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1J0SGS2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.43 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 60 % v/v T-mate pH 7.0 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月4日 / 詳細: CRL
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→42.2 Å / Num. obs: 72691 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 60.64 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1465 / Rpim(I) all: 0.04125 / Rrim(I) all: 0.1523 / Net I/σ(I): 11.14
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 11.8 % / Num. unique obs: 3658 / CC1/2: 0.313 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R7A

1r7a


解像度: 2.15→42.2 Å / SU ML: 0.3295 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.6668
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 2040 2.81 %
Rwork0.1854 70651 -
obs0.1866 72691 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3896 0 2 107 4005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00393979
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61445413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0437613
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0045710
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.21631415
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.35761310.36524515X-RAY DIFFRACTION95.79
2.2-2.260.33791390.34974755X-RAY DIFFRACTION99.57
2.26-2.320.35381340.36474687X-RAY DIFFRACTION99.94
2.32-2.380.3591350.31464704X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.460.30071360.2794733X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.550.27441360.24364744X-RAY DIFFRACTION99.94
2.55-2.650.28441390.23414748X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.770.2681320.24054724X-RAY DIFFRACTION99.98
2.77-2.920.26991330.22214707X-RAY DIFFRACTION99.98
2.92-3.10.31191380.20454715X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.340.22071380.19094737X-RAY DIFFRACTION99.94
3.34-3.680.20281370.17984733X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.210.22891380.14664693X-RAY DIFFRACTION99.3
4.21-5.30.18911390.1474729X-RAY DIFFRACTION99.98
5.3-42.20.18561350.1554727X-RAY DIFFRACTION99.75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.608939741920.3524928964460.4246993966661.559860857610.1920765777230.871727874521-0.0180718450838-0.1373425464160.2706045048080.0171436871425-0.06799206047810.175000793404-0.251639106382-0.1264258370434.86924510156E-50.6063366570210.101460435955-0.03565479806550.555532943292-0.07139424097070.68075767838717.39023841770.498427758220.489282715
21.63775002670.357118395679-1.435551968171.86889903477-0.5867568207472.86084841241-0.05515193505950.0281168110803-0.000247988170185-0.0937802820388-0.0859816717057-0.192731450649-0.2156121276640.479983876149-0.000192773530150.630609197968-0.0310461484885-0.09367307983690.762151951804-0.04151632955120.61327778131442.890956925173.000093518612.4763632277
31.003343488030.3093712806310.004897978050780.746428546554-0.1025793044980.8613007801970.0868412236142-0.149689428889-0.09817244775280.0677227349973-0.090600475762-0.1116727523990.02715667602650.221622583643-6.87396577414E-50.5667819359010.0850726950141-0.06659659216540.621088710921-0.03564782211510.5714955736831.045143162953.299229481721.0958637763
40.244270283503-0.1302652224270.2666695858810.448418073581-0.3115927681860.3501144945550.1306518026980.500733964877-0.000717291660032-0.495960138308-0.312770595957-0.2421463896140.3026912201750.2674237808784.82484423366E-50.7328639777150.120333707333-0.01444365619470.644613288157-0.0480937817940.66471582900423.783766067843.91252281373.55752740178
51.19053214970.525685685332-0.3193988120432.21004590362-1.012738216792.532526090020.0222652635157-0.0781289325724-0.08256078221170.0386354631943-0.05491848182840.2058682888890.186166466763-0.09175359323529.97596125323E-50.5498156825380.0467774848249-0.008550886621990.56745863805-0.0556927596610.6203549212839.797560246549.108272521120.4296123129
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 3 through 79 )3 - 791 - 77
22chain 'A' and (resid 80 through 195 )80 - 19578 - 193
33chain 'A' and (resid 196 through 308 )196 - 308194 - 306
44chain 'A' and (resid 309 through 350 )309 - 350307 - 348
55chain 'A' and (resid 351 through 504 )351 - 504349 - 502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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